SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MUF9.10 (Universal genetic code) : 338 aa
 vs  library
 searching piaemb7r library

    320 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
PIAEMB7R, 320 bases, 1316 checksum.                (320) 856

>>PIAEMB7R, 320 bases, 1316 checksum.                (320 aa)
Smith-Waterman score: 856;   42.136% identity in 337 aa overlap

                     10        20        30        40        50    
MUF9.1      MLRVL-VTIIVLVSVSSVSATEKGKKLKKGAYDAASTNYNVLYPLGSGQERVQCL
            .. :. :.. :.: :...::.  ::        :  :.    ::      :  : 
PIAEMB MAANKLMNVVAVAVCVMVMVNAASAV--GK--------AKCTDK--WYP------R--C-
               10        20                  30                    

           60        70        80        90       100       110    
MUF9.1 ARGSCNQKILTCPKECPERKPKMNKKKKACFIDCSSKCEVTCKWRKANCNGYGSLCYDPR
         :   :    :: .::     .:     : .::.. :...:      :.  :..: :::
PIAEMB -YGY--Q--YDCPANCP-----YN-----CDMDCKT-CKTVCP-----CDKPGGVCQDPR
       40            50                  60              70        

          120       130       140       150       160        170   
MUF9.1 FVGGDGVMFYFHGNKDGNFAIVSDENLQINAHFIGTRPAGRTRDFTWVQAFSVMF-DSHN
       :.::::.::::::..: .: ..:: ::.::::::: :  :  :::::::...:.. :...
PIAEMB FIGGDGIMFYFHGKRDQDFCLISDSNLHINAHFIGKRGQGMGRDFTWVQSIGVLLEDGRQ
       80        90       100       110       120       130        

           180       190       200        210         220       230
MUF9.1 LVIAAKKVASWDDSVDSLVVRWNGEEVEVPT-EGEAEWRI--DLDEREVIVERTDERNNV
       . ..::::..::.:::.:..  ::. . .:  :: : :     :.     : :.:. :.:
PIAEMB FYLGAKKVSTWDNSVDQLTMALNGQTLTLPPGEG-ATWATASGLN-----VTRSDRANEV
      140       150       160       170        180            190  

              240       250        260       270       280         
MUF9.1 RVTVSGIVQIDIQVRPIGKEEDRVHKYQL-PKDDAFAHLETQFKFFNLSDLVEGVLGKTY
        : :   ..:. .: ::..::.:::.: .   .: ::::: .:::..::  : ::::.::
PIAEMB VVQVEDKLKISARVVPISEEESRVHNYGIIAGEDCFAHLELSFKFYSLSPNVSGVLGQTY
            200       210       220       230       240       250  

     290       300       310       320       330                   
MUF9.1 RPGYVSPVKTGVPMPMMGGEDKYQTPSLFSPLCNVCRFQGKTGPGVAKY           
          : :::: :: ::.::::..: : .::.  :.: :: ...                  
PIAEMB GAEYRSPVKMGVAMPIMGGESNYVTSNLFAADCKVARFASSSDDEYAITSALDCNSGRGS
            260       270       280       290       300       310  

PIAEMB GHGIVSRR
            320

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