SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MUD21.9 (Universal genetic code) : 479 aa
 vs  library
 searching atap2116 library

    541 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAP2116, 541 bases, 569 checksum.                 (541)1982

>>ATAP2116, 541 bases, 569 checksum.                 (541 aa)
Smith-Waterman score: 1982;   60.251% identity in 478 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MUD21. MKMASRKTTSLLNHLLLLGALTLLSSLVIVKGESPYKFYTWTVTYGIISPLGVPQQVILI
             : :.::   :..:::  :.: :.:..:.:: :::::::::  ::::::::::::
ATAP21      MKQTNLLVCKLFIGALFWLGS-VLVNAEDPYMFYTWTVTYGTRSPLGVPQQVILI
                    10        20         30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
MUD21. NGQFPGPKLEVVTNDNIILNLINKLDQPFLLTWNGIKQRKNSWQDGVLGTNCPIQPNSNF
       ::::::: .:.:::.::..:::::::.:::.::::.:::..::::::::::::::::::.
ATAP21 NGQFPGPAIEAVTNNNIVVNLINKLDEPFLITWNGVKQRRTSWQDGVLGTNCPIQPNSNW
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150       160       170       180
MUD21. TYKFQTKDQIGTFNYFPSTAFHKAAGGFGAINVYARPGIPIPYPLPTADFTLLVGDWFKT
       ::.:: ::::::..:: ::..:.:.:.:::.:.  :  :  ::: : .::::::.::: .
ATAP21 TYQFQLKDQIGTYTYFASTSLHRASGAFGALNINQRSVITTPYPTPDGDFTLLVSDWF-S
          120       130       140       150       160       170    

                190       200       210        220       230       
MUD21. N--HKTLQQRLDSGGVLPFPDGMLINGQTQST-FSGDQGKTYMLRISNVGLSSTFNFRIQ
       :  :: :.. ::.:..::.::..:::: ...  :.:.::::: .:.::::.....:::::
ATAP21 NMTHKDLRKSLDAGSALPLPDALLINGVSKGLIFTGQQGKTYKFRVSNVGIATSINFRIQ
           180       190       200       210       220       230   

       240       250       260       270       280       290       
MUD21. GHTMKVVEVEGSHVIQTDYDSLDIHVGQSLAVLVTLNQSPKDYYIVASTRFIRSKLSVMG
       .:::...::::.:..: .:.:::.:::::..:::::. : .::.::::::: .  :.. .
ATAP21 NHTMSLIEVEGAHTLQESYESLDVHVGQSMTVLVTLKASVRDYFIVASTRFTKPVLTTTA
           240       250       260       270       280       290   

       300       310        320       330       340       350      
MUD21. LLRYSNSRVPASGDP-PALPPGELVWSMRQARTFRWNLTANAARPNPQGSFHYGMISP-T
        :::..:.  : : : :  :  .. :::.::::.: :::::::::::::::::: : : .
ATAP21 SLRYQGSKNAAYG-PLPIGPTYHIHWSMKQARTIRMNLTANAARPNPQGSFHYGTI-PIN
           300        310       320       330       340        350 

         360       370       380       390       400       410     
MUD21. KTFVFSNSAPLINGKQRYAVNGVSYVKSETPLKLADHFGISGVFSTNAIQSVPSNSPPTV
       .:.:..:.: :: :: ::.:: .::..  ::::::: ..:::::. ..: :.:...:  .
ATAP21 RTLVLANAATLIYGKLRYTVNRISYINPTTPLKLADWYNISGVFDFKTIISTPTTGPAHI
             360       370       380       390       400       410 

         420       430       440       450       460       470     
MUD21. ATSVVQTSHHDFLEIVFQNNEKSMQSWHLDGYDFWVVGFGSGQWTPAKRSLHNLVDALTR
       .:::...  :.:.::::::.:.:.::::.:: . ..::.::: :. . :. .:::::. :
ATAP21 GTSVIDVELHEFVEIVFQNDERSIQSWHMDGTSAYAVGYGSGTWNVTMRKRYNLVDAVPR
             420       430       440       450       460       470 

                                                                   
MUD21. HTTQ                                                        
       :: :                                                        
ATAP21 HTFQVYPLSWTTILVSLDNKGMWNLRSQIWSRRYLGQELYVRVWNDEKSLYTEAEPPLNV
             480       490       500       510       520       530 

ATAP21 LYCGKAKRPL
             540 

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:01