SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MTE17.12 (Universal genetic code) : 439 aa
 vs  library
 searching sr40_yeast library

    406 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
SR40_YEAST, 406 bases, 2591 checksum.              (406) 201

>>SR40_YEAST, 406 bases, 2591 checksum.              (406 aa)
Smith-Waterman score: 201;   24.242% identity in 396 aa overlap

               10        20        30         40            50     
MTE17. MSLLDVQVSNNRLYLHVLILIGLHLLQDCLLGFTMDS-PQSVVSPFKIGE----SENENS
                                         .:  :.  :.  .: :    : . .:
SR40_Y                            MASKKIKVDEVPKLSVKEKEIEEKSSSSSSSSS
                                          10        20        30   

          60        70        80        90       100       110     
MTE17. NSVQSSGNQSNGINSNGKDSKSCGRQDLVGALEVYVHQARDIHNICIYHKQDVYAKLCLT
       .: .::...:.. .:.:..:.: . ..  .. .    .. : ..     ...  ..   .
SR40_Y SSSSSSSSSSSSSSSSGESSSSSSSSSSSSSSDS--SDSSDSESSS--SSSSSSSSSSSS
            40        50        60          70          80         

         120       130       140       150       160       170     
MTE17. SDPDKSVSTKIINGGGRNPVFDDNVKLDVRVLDTSLKCEIYMMSRVKNYLEDQLLGFTLV
       :: ..: : .  ...: .   ... . :    ..  . :    .: ..  ::        
SR40_Y SDSESS-SESDSSSSGSSS--SSSSSSDESSSESESEDETKKRARESDN-EDA-------
      90        100         110       120       130                

         180       190       200       210       220       230     
MTE17. PMSELLFKNGKLEKEFSLSSTDLYHSPAGFVQLSLSYYGSYPDVMAIPSMPSSVSIDETT
         .:   :..: : : : ::..   : .:  . : :  ::  :     :  :: : . ..
SR40_Y --KET--KKAKTEPE-SSSSSE--SSSSGSSSSSESESGSESD-----S-DSSSS-SSSS
        140          150         160       170             180     

         240       250       260       270       280       290     
MTE17. KDPEGSESVPGELDKIEFPDPNVANENEKMVSEYFGISCSTIDSETSDSLVTSDAENHVT
       .:   :::     :. :  : . .. . .  :.    : :  :: .:::  .::...  .
SR40_Y SD---SES-----DS-E-SDSQSSSSSSS--SD----SSSDSDSSSSDS--SSDSDSSSS
                  190         200             210         220      

         300        310       320       330       340       350    
MTE17. NSVTSILKQDSP-ESSNATNGAASPHASAHSATETPNHEHLSVVNSKASSQESESEASGE
       .: .:   .::  .::. .....:  .:  :.... . :  :   : .:...:.:. :: 
SR40_Y SSSSSS-DSDSDSDSSSDSDSSGSSDSS--SSSDSSSDESTS---SDSSDSDSDSD-SGS
        230        240       250         260          270          

          360       370       380       390        400          410
MTE17. TSEEKTVKSVLTVKVEPESKVVQQDIVDMYMKSMQQFTDSLA-KMKLP--LD-IDSPTKS
       .:: .: : . :.    :::. ..  ..   .. .  ..: : :...:   : :    ..
SR40_Y SSELET-KEA-TAD---ESKA-EETPASSNESTPSASSSSSANKLNIPAGTDEIKEGQRK
     280         290           300       310       320       330   

              420       430                                        
MTE17. ENSSSDSQKLPTPKSNNGSRVFYGSRPFF                               
       . :  : .:.                                                  
SR40_Y HFSRVDRSKINFEAWELTDNTYKGAAGTWGEKANEKLGRVRGKDFTKNKNKMKRGSYRGG
           340       350       360       370       380       390   

SR40_Y SITLESGSYKFQD
           400      

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