SSEARCH searches a sequence database
using the Smith-Waterman algorithm
version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197;
W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650
>MTE17.10 (Universal genetic code) : 537 aa
vs library
searching mlp1_yeast library
1875 residues in 1 sequences
The best scores are: s-w
MLP1_YEAST, 1875 bases, C5C checksum. (1875) 378
>>MLP1_YEAST, 1875 bases, C5C checksum. (1875 aa)
Smith-Waterman score: 378; 24.631% identity in 609 aa overlap
MLP1_Y MSDHDTPMESIQNGENSDERLNAIASFFGCSLEQVKSFDGDVVKHLNDKLLQFNELKSEN
10 20 30 40 50 60
MLP1_Y LKVTVSFDELKASSLKKIDGLKTEMENVIRENDKIRKERNDTFVKFESVENEKMKLSSEL
70 80 90 100 110 120
MLP1_Y EFVKRKLDDLTEEKKETQSNQQRTLKILDERLKEIELVRVENNRSNSECKKLRSTIMDLE
130 140 150 160 170 180
MLP1_Y TKQQGYITNDLNSRTELERKTQELTLLQSNNDWLEKELRSKNEQYLSYRQKTDKVILDIR
190 200 210 220 230 240
MLP1_Y NELNRLRNDFQMERTNNDVLKQKNNELSKSLQEKLLEIKGLSDSLNSEKQEFSAEMSLKQ
250 260 270 280 290 300
MLP1_Y RLVDLLESQLNAVKEELNSIRELNTAKVIADDSKKQTPENEDLLKELQLTKEKLAQCEKE
310 320 330 340 350 360
MLP1_Y CLRLSSITDEADEDNENLSAKSSSDFIFLKKQLIKERRTKEHLQNQIETFIVELEHKVPI
370 380 390 400 410 420
MLP1_Y INSFKERTDMLENELNNAALLLEHTSNEKNAKVKELNAKNQKLVECENDLQTLTKQRLDL
430 440 450 460 470 480
MLP1_Y CRQIQYLLITNSVSNDSKGPLRKEEIQFIQNIMQEDDSTITESDSQKVVTERLVEFKNII
490 500 510 520 530 540
MLP1_Y QLQEKNAELLKVVRNLADKLESKEKKSKQSLQKIESETVNEAKEAIITLKSEKMDLESRI
550 560 570 580 590 600
MLP1_Y EELQKELEELKTSVPNEDASYSNVTIKQLTETKRDLESQVQDLQTRISQITRESTENMSL
610 620 630 640 650 660
MLP1_Y LNKEIQDLYDSKSDISIKLGKEKSSRILAEERFKLLSNTLDLTKAENDQLRKRFDYLQNT
670 680 690 700 710 720
MLP1_Y ILKQDSKTHETLNEYVSCKSKLSIVETELLNLKEEQKLRVHLEKNLKQELNKLSPEKDSL
730 740 750 760 770 780
10 20 30
MTE17. MEVFSDQKAVQVLENKLVGL---TSCWQNAYSYLLAGCKET
: :: .. ::. : : :: :. . .. :.
MLP1_Y RIMVTQLQTLQKEREDLLEETRKSCQKKIDELEDALSELKKETS--QKDH-HI----KQL
790 800 810 820 830
40 50 60 70 80 90
MTE17. IATEEKRKRFAWYLSDCFIKDSGRPAFPTCKD-ESVMMSCLKKLDDHE---HKIY-L---
:.. . . :: . :. :. :: :::. : .: : : .:. :
MLP1_Y --EEDNNSNIEWYQNK--IE-----ALK--KDYESVITSVDSKQTDIEKLQYKVKSLEKE
840 850 860 870 880
100 110 120 130 140
MTE17. ---DFL-LET-NTICQQLQSNAFKNEIERL-VNELKNT-AQYTEDKLDILESKSDALIQT
: . :.: :.. . ........:.:. .: : .. .: : : :. :. :..: ::
MLP1_Y IEEDKIRLHTYNVMDETINDDSLRKELEKSKIN-LTDAYSQIKEYK-DLYETTSQSLQQT
890 900 910 920 930 940
150 160 170 180 190 200
MTE17. SSMIHDSLGSLDVRVQNVASVTNTLETSVSGLSQQTVEISQE---QKNIAESQLALRDGQ
.: . .:. .. ...:... ..:: ..: :..: ....: ::. :.. : : .
MLP1_Y NSKLDESFKDFTNQIKNLTDEKTSLEDKISLLKEQMFNLNNELDLQKKGMEKEKA--DFK
950 960 970 980 990
210 220 230 240 250
MTE17. VKMKETLKDGMDMFLDAYTNIQEG-VDKLKSDTEQIEVEISVLGNNLSTKMIDLQSTTDD
... :... . ..: . :. ..:...: .: . .. :: .::. .:
MLP1_Y KRIS-ILQNN-NKEVEAVKSEYESKLSKIQNDLDQQTIYANTAQNNYEQ---ELQKHAD-
1000 1010 1020 1030 1040 1050
260 270 280 290 300 310
MTE17. IGTKTRSSLDKQQKLLDGQTVALDGIQFLTRFQSE-ALQESRNTL--QR--LKE---FSQ
. .:: : : .: . ::. .:. :.: : : ::.:.... :. : : .:.
MLP1_Y V-SKTISELREQLHTYKGQVKTLN----LSRDQLENALKENEKSWSSQKESLLEQLDLSN
1060 1070 1080 1090 1100
320 330 340
MTE17. EQQEDLAKRQEKL---Q-EVH---DHLFENS----------------KSMLEAQVAFEAK
. :::.. :.:: : ... :. .:: ...:...:. .
MLP1_Y SRIEDLSS-QNKLLYDQIQIYTAADKEVNNSTNGPGLNNILITLRRERDILDTKVTVAER
1110 1120 1130 1140 1150 1160
350 360 370 380 390 400
MTE17. QANMF---VAL-DKLFALHNAML-LE-SRVIKAFVIYFLSIFVIY--MFTSTKQTYIIRP
.:.:. ..: : :..: :. ::: : ::. . .. . .: ..:
MLP1_Y DAKMLRQKISLMD--VELQDARTKLDNSRVEKE---NHSSIIQQHDDIMEKLNQLNLLRE
1170 1180 1190 1200 1210 1220
410 420 430 440 450
MTE17. RLYIGLCVTLALEVASLRYVNDTER--QAWMINLIRSLFALLASAQLLHAALSY----RD
.:: : :. :. .. :. . .: ... : . : .: .::.: ..
MLP1_Y S-----NITLRNE---LENNNNKKKELQSELDKLKQNV-APIES-EL--TALKYSMQEKE
1230 1240 1250 1260
460 470 480 490 500 510
MTE17. YEV-LNHQILLRLVDKVNDMQSKKE-LSY-D-EDTESEVDWTSWVDTDLTDDDDNLADPD
:. : .. . : . .:. :.: :: : : :::.. . . .: . . . :. .
MLP1_Y QELKLAKEEVHRWKKRSQDILEKHEQLSSSDYEKLESEIE--N-LKEELENKERQGAEAE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
520 530
MTE17. YKIPLL-------IKDNPVTTSSLTRRLYNFRPR
:. : .: . .. .:::... ..:
MLP1_Y EKFNRLRRQAQERLKTSKLSQDSLTEQVNSLRDAKNVLENSLSEANARIEELQNAKVAQG
1330 1340 1350 1360 1370 1380
MLP1_Y NNQLEAIRKLQEDAEKASRELQAKLEESTTSYESTINGLNEEITTLKEEIEKQRQIQQQL
1390 1400 1410 1420 1430 1440
MLP1_Y QATSANEQNDLSNIVESMKKSFEEDKIKFIKEKTQEVNEKILEAQERLNQPSNINMEEIK
1450 1460 1470 1480 1490 1500
MLP1_Y KKWESEHEQEVSQKIREAEEALKKRIRLPTEEKINKIIERKKEELEKEFEEKVEERIKSM
1510 1520 1530 1540 1550 1560
MLP1_Y EQSGEIDVVLRKQLEAKVQEKQKELENEYNKKLQEELKDVPHSSHISDDERDKLRAEIES
1570 1580 1590 1600 1610 1620
MLP1_Y RLREEFNNELQAIKKKSFDEGKQQAMMKTTLLERKLAKMESQLSETKQSAESPPKSVNNV
1630 1640 1650 1660 1670 1680
MLP1_Y QNPLLGLPRKIEENSNSPFNPLLSGEKLLKLNSKSSSGGFNPFTSPSPNKHLQNDNDKRE
1690 1700 1710 1720 1730 1740
MLP1_Y SLANKTDPPTHLEPSFNIPASRGLISSSSTLSTDTNDEELTSNNPAQKDSSNRNVQSEED
1750 1760 1770 1780 1790 1800
MLP1_Y TEKKKEGEPVKRGEAIEEQTKSNKRPIDEVGELKNDEDDTTENINESKKIKTEDEEEKET
1810 1820 1830 1840 1850 1860
MLP1_Y DKVNDENSI
1870
Library scan: 0:00:00 total CPU time: 0:00:00