SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >MSI17.P2 (Universal genetic code) : 1329 aa vs library searching atfca715 library 1184 residues in 1 sequences The best scores are: s-w ATFCA715, 1184 bases, 2059 checksum. (1184)2540 >>ATFCA715, 1184 bases, 2059 checksum. (1184 aa) Smith-Waterman score: 2540; 38.502% identity in 1322 aa overlap 10 20 30 40 50 60 MSI17. MDSSFLSSFCATAIIFFTLFGTIYFMFYRKVKSHQENKTIASSLALPTIPSSLSRKYDVF :: ::.:::: ATFCA7 MEIASSSGSRRYDVF 10 70 80 90 100 110 120 MSI17. PSFHGADVRKTFLSHMLKEFKRKGIVPFIDNDIDRSKSIGPELDEAIRGSKIAIVMLSKN :::.: ::: .::::.:::.. :.:. :::..:.::.:::::: ::. :.::::..::: ATFCA7 PSFRGEDVRDSFLSHLLKELRGKAIT-FIDDEIERSRSIGPELLSAIKESRIAIVIFSKN 20 30 40 50 60 70 130 140 150 160 170 180 MSI17. YASSSWCLNELVEITKCRKDLNQTVMTIFYGVDPTDVKKQTGEFGKVFERTCESKTEEQV ::::.::::::::: :: .::: :. ::. :: ..:::::::::::::.::..:.:.. ATFCA7 YASSTWCLNELVEIHKCYTNLNQMVIPIFFHVDASEVKKQTGEFGKVFEETCKAKSEDEK 80 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 MSI17. KTWREVLDGAATIAGEHWHIWDNEASMIEKISIDVSNILNRS-SPSRDFDDLIGMEAHME ..:...: ..:..:: . : .::.:::... :: : .. .:: :: ::.:.: :.: ATFCA7 QSWKQALAAVAVMAGYDLRKWPSEAAMIEELAEDV---LRKTMTPSDDFGDLVGIENHIE 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 MSI17. KMKSLLSLHSNEVK-MIGIWGPSGIGKTTIARVLYNRFSGDFGLSVFMDNIKELMHTRPV .::.: :.:.:.. :.:::: :::::.::.:.::...: .: .:. . : : ATFCA7 AIKSVLCLESKEARIMVGIWGQSGIGKSTIGRALYSKLSIQFHHRAFI-TYK---STS-- 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 350 MSI17. GSDDYSAKLHLQNQLMSEITNHKETKITHLGVVPDRLKDNKVLIVLDSIDQSIQ-LDAIA ::: . ::. ...:.::: ..:. :: :.::: .:::..::::.::..: :.. : ... ATFCA7 GSDVSGMKLRWEKELLSEILGQKDIKIEHFGVVEQRLKQQKVLILLDDVD-SLEFLKTLV 250 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 MSI17. KETQWFGPGSRIIITTQDQKLLEAHDINNIYKVEFPSKYEAFQIFCTYAFGQNFPKDGFE ...::: :::::. :::..::.::.:. ::.:::::.. :. ..: :::.. : : :. ATFCA7 GKAEWFGSGSRIIVITQDRQLLKAHEIDLIYEVEFPSEHLALTMLCRSAFGKDSPPDDFK 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 470 MSI17. KLAWEVTDLLGELPLGLRVMGSHFR-RMSKDDWVIALPRLKTRLDANIQSILKFSYDALS .::.::. : :.::::: :.:: .. : .:. :. .:::.. :...:.. :. ::: : ATFCA7 ELAFEVAKLAGNLPLGLSVLGSSLKGR-TKEWWMEMMPRLRNGLNGDIMKTLRVSYDRLH 370 380 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 MSI17. PEDKDLFLHIACLFNNEEIVKVEDYLALDFLDARHGLHLLAEKSLIDL--EGVNYKVLKM .:.:.::.::::::. :. :.: : : .. :. .:.::::: . .: : ..: ATFCA7 QKDQDMFLYIACLFNGFEVSYVKDLLK-D--NV--GFTMLTEKSLIRITPDG--Y--IEM 430 440 450 460 470 540 550 560 570 580 590 MSI17. HNLLEQLGKEIVRYHPAHHSIREPEKRQFLVDTKDICEVLADGTGSKSIKGICFDLDN-L :::::.::.:: : :. : .: ::.::.. .:: ::... ::.... :: . ... . ATFCA7 HNLLEKLGREIDR---AK-SKGNPGKRRFLTNFEDIHEVVTEKTGTETLLGIRLPFEEYF 480 490 500 510 520 530 600 610 620 630 640 650 MSI17. SGR-LNISERAFEGMTNLKFLRVLRDRSEKLY--LPQGLNYLPKKLRLIEWDYFPMKSLP : : : :....:.:: ::..:.. : :::.: ::: ::::..:: :.:::: ATFCA7 STRPLLIDKESFKGMRNLQYLEI------GYYGDLPQSLVYLPLKLRLLDWDDCPLKSLP 540 550 560 570 580 660 670 680 690 700 710 MSI17. SNFCTTYLVNLHMRKSKLEKLWEGKQPLGNLKWMNLSNSRNLKELPDLSTATKLQDLNLT :.: . ::::: :. ::::::::: :::.:: ::: : ::::.:::: : .:..:.:. ATFCA7 STFKAEYLVNLIMKYSKLEKLWEGTLPLGSLKEMNLRYSNNLKEIPDLSLAINLEELDLV 590 600 610 620 630 640 720 730 740 750 760 MSI17. RCSSLVEIPFSIGNTTNLEKLNLVMCTSLVELPSSIGSLHKLRELRLRGCSKLEVLP--- :.::: .: :: :.:.: :.. : .: .:... .:..:. : : :: .:. .: ATFCA7 GCKSLVTLPSSIQNATKLIYLDMSDCKKLESFPTDL-NLESLEYLNLTGCPNLRNFPAIK 650 660 670 680 690 700 770 780 790 800 810 820 MSI17. ---TNISL-ESLDNLDITDCSLLKSFPDISTNIKHLS-LARTAINEVPSRIKSWSRLRYF ..... :. ... . :: :..: ... .:. :.: .: ... .: .. ATFCA7 MGCSDVDFPEGRNEIVVEDCFWNKNLP---AGLDYLDCLTRC----MPCEFRP-EQLAFL 710 720 730 740 750 830 840 850 860 870 MSI17. VV-SY-NENLKESPHALDTIT-M-LSSNDTKMQELPRWVKKISRLETLMLEGCKNLVTLP : .: .:.: :. ..: .. : :: ... . :.: ..: ..::.:.:..::.::::: ATFCA7 NVRGYKHEKLWEGIQSLGSLEGMDLSESEN-LTEIPD-LSKATKLESLILNNCKSLVTLP 760 770 780 790 800 810 880 890 900 910 920 930 MSI17. ELPDSLSNIGVINCESLERLD---CSFYK-HPNMFIGFVNCLKLNKEARELIQTSSSTCS :.:: : . : ::. :. . :. :: .: :. .: : :: ATFCA7 ------STIG--NLHRLVRLEMKECTGLEVLPTD----VNLSSL--ETLDL-----SGCS 820 830 840 850 940 950 960 970 980 MSI17. ILPGRRVP---SNFT--Y-RKTG----GSVLVNLNQSPLSTTLVFKACV-LLVNKDDKKK : : : .:.. : ..:. :.. ::.. : . : .: :. : : : ATFCA7 SL--RSFPLISTNIVWLYLENTAIEEIPSTIGNLHR--L-VRLEMKKCTGLEVLPTD--- 860 870 880 890 900 990 1000 1010 1020 1030 1040 MSI17. EANGTSFQVYYRIMDKRKL-GVIVPWRSAHGFVVPPILAEHLLTFELEADVKTNEFFFEF .: .:... .: : : :: : :...: . . :: .. .:. ATFCA7 -VNLSSLET----LD---LSGC-SSLRS---F---PLISESIKWLYLE-NTAIEEIP--- 910 920 930 940 1050 1060 1070 1080 1090 1100 MSI17. EVNRYEVFLYNIHGTALLQCVFPNNHRLKAEKETRFDQHSSLLSFYSFDYPRWRVYKRMN .... :... : .: . : . : . ..: .. ::.. . .. ATFCA7 DLSKAT----NLKNLKLNNC-----KSL-VTLPTTI---GNLQKLVSFEM---KECTGLE 950 960 970 980 990 1110 1120 1130 1140 1150 MSI17. VLRSRSIKKSLRHQM--DSSFLSGFCAAAITFFTLFGT-IYFMFYRKGKSHQENKTIASS :: : .: : : ::: :.. :: :..: : ... :: .: ATFCA7 VL---PIDVNLSSLMILD---LSG-CSSLRTF-PLISTNIVWLYL-------ENTAIEE- 1000 1010 1020 1030 1160 1170 1180 1190 1200 MSI17. LISISSTPSSLPR--K--RKH----DVFPSFHGADVRKTFLAHILKEFKGKGVV---PFI : :: ..: : : :. .:.:. :: . : :: ...: . . :.: ATFCA7 ---IPSTIGNLHRLVKLEMKECTGLEVLPT----DVNLSSLM-IL-DLSGCSSLRTFPLI 1040 1050 1060 1070 1080 1210 1220 1230 1240 1250 MSI17. DNDIE----RSKSIG--PELIEAIRGSKIAIVLL---SR-NYASSS-WCLN--ELVEIMK .. :: .. .: : :: . ........ .: . : . . :. ::... ATFCA7 STRIECLYLQNTAIEEVPCCIEDF--TRLTVLMMYCCQRLKTISPNIFRLTRLELADFTD 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1260 1270 1280 1290 1300 1310 MSI17. CREQLGQTVMTIFYDVDPTDVKKQTGDFGKVFKKTCKGKP-KEEIKR-WQKVLEDVATIA :: : :. . :. : : . : .: .: : .:.:. :.:. ATFCA7 CR---G--VIKALSDA--TVVATME-D--HV---SCV--PLSENIEYIWDKLYPL 1150 1160 1170 1180 1320 MSI17. GEHSRNWLAFWIYILL Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:09