SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MSG15.12 (Universal genetic code) : 350 aa
 vs  library
 searching atac0036731 library

   1412 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAC0036731, 1412 bases, 44D checksum.             (1412)1176

>>ATAC0036731, 1412 bases, 44D checksum.             (1412 aa)
Smith-Waterman score: 1176;   49.589% identity in 365 aa overlap

ATAC00 MSKEVGATPGLVPTHSPEVQGPKSYANVVSSRPSLTKFNVDVSVVDGKSMVVVPDVVLED
               10        20        30        40        50        60

ATAC00 SVPLWDDFLVGRFPSSAPHIAKIHVIVNKIWNLGDKSIRIDVFAVNDNTVKFRIRNASAR
               70        80        90       100       110       120

ATAC00 LRALRRGMWNICDLPMIVSKWTPIVEDAQPEIKSMPMWVVIKNVPYSMFTWPGLVAVGND
              130       140       150       160       170       180

ATAC00 LVESVPLVDSQALEVVKGDIAEEVEEGEIASNSNQKSVQGEKIQEEGDWLTVSSSGGKKY
              190       200       210       220       230       240

ATAC00 ISKVRKDFNLWSILEEVQNEDSVGKETEDSVKGVLEVVVVEGKEEMALNKTQQVKSCFDG
              250       260       270       280       290       300

ATAC00 ASTRVSIPRSSKKAHKFVSVPNQKATDVLPRQFGCVLETRVIESKVPVIFAKVFKDWQMV
              310       320       330       340       350       360

ATAC00 SNYEFNRLGRIWVVWSSSVQLQVIFKSSQMIVCLVRVEHYDVEFICSFIYASNFVEERKK
              370       380       390       400       410       420

ATAC00 LWQDLHNLQNSVAFRNKPWLLFGDFNETLKMEEHSSYAVSPMVTPGMRDFQIVVRYCSLE
              430       440       450       460       470       480

ATAC00 DMRTHGPLFTWGNKRNEGLICKKLDRVLLNPEYNSAYPHSYCIMDSGGCSDHLRGRFHLR
              490       500       510       520       530       540

ATAC00 SAIQKPKGPFKFTNVIAAHPEFMPKVEDFWKNTTELFPSTSTLFRFSKKLKELKPILKDL
              550       560       570       580       590       600

ATAC00 SRNNLSDLTRRATYAYEELCRCQTKSLTTLNPHDIVDESLAFERWEKERHLLNAIHEVMD
              610       620       630       640       650       660

ATAC00 PQGTRPPNQDDIKIEAVRFFSDLLSSQPSDFTGISVDELKGILQYRYSLHEQNLLVAEIT
              670       680       690       700       710       720

ATAC00 EAEVMKVFFSIPLNKSPGPDGYTVEFFRETWSVIGQEVTMAIKSFFTYGFLPKGLNSTIL
              730       740       750       760       770       780

ATAC00 ALIPKRTYAKEMKDYRPISCCNVLYKAISKLLANRLKCLLPEFIAPNQSAFISDRLLMEN
              790       800       810       820       830       840

ATAC00 LLLASELVKDYHKDGLSPRCAMKIDLSKAFDSVQWPFLLNTLAALDIPEKFIHWINLCIS
              850       860       870       880       890       900

ATAC00 TASFSVQVNGLRQGCSLSPYLFVICMNVLSAMLDKGAVEKRFGYHPRCRNMGLTHLCFAD
              910       920       930       940       950       960

                                                      10        20 
MSG15.                                        MAGIDPTTQAAIQSSFPFATG
                                              ::.:.  : :.: . ::: .:
ATAC00 DIMVFSAGSAHSLEGVLAIFKDFAAFSGLNISLEKSTLFMASISSETCASILARFPFDSG
              970       980       990      1000      1010      1020

              30        40        50        60        70        80 
MSG15. KLPVRYLGLPLMTKAMSAHDYLPLVEKIRTRISSWTCRFLSYAGRLQLIRAVLMSITNFW
       .::::::::::::: :.  : :::.::::.:::::  :::::::::::. .:. :.:.::
ATAC00 SLPVRYLGLPLMTKRMTLADCLPLLEKIRSRISSWKNRFLSYAGRLQLLNSVISSLTKFW
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

              90       100       110        120       130       140
MSG15. SSTFSLPDACIKEIQQLCSAFLWSGPDLNPSKAKISW-DVVCLPIREGGLGLRPLKETNK
        :.: :: :::.::.:. .:::::: :::: :::..: :: : :  ::::::: : ..::
ATAC00 ISAFRLPRACIREIEQISAAFLWSGTDLNPHKAKVAWHDV-CKPKSEGGLGLRSLVDANK
             1090      1100      1110      1120       1130         

              150       160        170       180       190         
MSG15. VCGLKLIWRLFAAPTSLWRC-IDLGITKEATVGDVLASHRGRRHRVETLNRVEEVIRETR
       .: .:::::: .:  :::   :. .. .  ::...:.::: : :: . :: .:: . :  
ATAC00 ICCFKLIWRLVSAKHSLWVNWIQNNLIR--TVAEALSSHRRRSHRDDILNDIEEEL-EKL
    1140      1150      1160        1170      1180      1190       

     200        210         220       230        240       250     
MSG15. VRRKV-EEEDLILWKWKTG--FKHNFSSNETWKMLRVEKPICR-WAKGIWFSEATPKFSF
       . : .  :.:  : . . :  :: .: : : :...: :. . . : :.:::: :::::.:
ATAC00 LCRGICTEQDRSLCR-SIGGQFKAKFFSPEIWHQIR-EQGLVKQWHKAIWFSGATPKFTF
       1200      1210       1220      1230       1240      1250    

         260       270       280       290       300       310     
MSG15. ITWLAIHDRLTTGARMRSWNTQVDTTCKFCAEPVETRNHLFFQCPYSTQVWEKLMKGLLQ
       :.::: ::::::: .: :::  ....: .:   .:.:.::::.: .:...:..: . :: 
ATAC00 ISWLAAHDRLTTGDKMASWNRGISSVCVLCNISAESRDHLFFSCNFSSHIWDRLTRRLLL
         1260      1270      1280      1290      1300      1310    

         320       330              340         350                
MSG15. GHYTSSWDRIVTLLT----SSTAEI---YISNNGTHHM--ERKE                
        .::...  .. ::.    :.: ..   :. .   : .  ::..                
ATAC00 CRYTTNFPALLLLLSGQDFSGTKRFLLRYVFQATIHTLWRERNKRRHGDLPIPSDHIIKF
         1320      1330      1340      1350      1360      1370    

ATAC00 IDRQTRNRLSTITKQGLHKYADGLRIWFAARDNLTPNH
         1380      1390      1400      1410  

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:00