SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MSG15.10 (Universal genetic code) : 505 aa
 vs  library
 searching att12h1717 library

    491 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATT12H1717, 491 bases, 1BA6 checksum.              (491)1066

>>ATT12H1717, 491 bases, 1BA6 checksum.              (491 aa)
Smith-Waterman score: 1066;   36.571% identity in 525 aa overlap

                  10        20        30         40        50      
MSG15. MSQSNRVR--D-EVTLPLLQKTSHLKNHSSVLSVFLNE-AISICKISYPLVLTGLFLYVR
       ::.... .  : ::.  : .::  :   .:.  :  .:  ... .:. :::. .: :.  
ATT12H MSETSKSESLDPEVSEGLCSKT--L--MQSI--V--HELKLQM-RIGLPLVVMNL-LWFG
               10        20                30         40         50

         60         70        80        90       100       110     
MSG15. SFVSLS-FLGGLGDATLAGGSLAAAFANITGYSLFSGLTMGVESICSQAFGARRYNYVCA
       .... : :::  :. .::::::. .:::.::.:.. :.. ..: ::.:::::. .. .  
ATT12H KMTTTSVFLGRQGELNLAGGSLGFSFANVTGFSVLYGISAAMEPICGQAFGAKNFKLLHK
               60        70        80        90       100       110

         120       130       140       150       160       170     
MSG15. SVKRGIILLLVTSLPVTLLWMNMEKILLILKQDKKLASEAHIFLLYSVPDLVAQSFLHPL
       ..  ...:::. :.:...::.:..:::  . : . ..  :. .::: .:.:   ::: ::
ATT12H TLFMAVLLLLLISVPISFLWLNVHKILTGFGQREDISFIAKKYLLYLLPELPILSFLCPL
              120       130       140       150       160       170

         180       190       200       210       220        230    
MSG15. RVYLRTQSKTLPLSICTVIASFLHLPITFFLVSYLGLGIKGIALSGV-VSNFNLVAFLFL
       ..:: .:. :::. . :. :. ::.::.. : :  . ::.:.:.. : ...: .: .:  
ATT12H KAYLSSQGVTLPIMFTTAAATSLHIPINIVL-SK-ARGIEGVAMA-VWITDFIVVILLTG
              180       190       200         210        220       

          240       250        260       270       280       290   
MSG15. YICFFEDKLSVNEDEKITEET-CEDSVREWKKLLCLAIPSCISVCLEWWCYEIMILLCGF
       :.   : ...  :. :  .    ..:...:  :. :. : :..::::::::::..:: : 
ATT12H YVIVVE-RMK--EN-KWKQGGWLNQSAQDWLTLIKLSGPCCLTVCLEWWCYEILVLLTGR
       230           240       250       260       270       280   

           300       310        320         330       340          
MSG15. LLDPKASVASMGILIQITSLVYI-FPHSLSLG--VSTRVGNELGSNQPKRARRAA----I
       : .:   : ...::: . .. :. .   ::::  :.:::.::::.:.:: : :::    :
ATT12H LPNP---VQAVSILIIVFNFDYLLYAVMLSLGTCVATRVSNELGANNPKGAYRAAYTTLI
              290       300       310       320       330       340

        350       360       370        380        390       400    
MSG15. VGLGLSIALGFTAFAFTVSVRNTWAMFFTD-DKEIMK-LTAMALPIVGLCELGNCPQTTG
       ::. .:  .:  :... .. :. :. ..:  :. :.. .  : : :... :. : :  . 
ATT12H VGI-ISGCIG--ALVM-IAFRGFWGSLYTHHDQLILNGVKKMML-IMAVIEVVNFPLMV-
                 350        360       370       380        390     

           410         420       430       440       450           
MSG15. CG-VLRGSARPKIG--ANINGVAFYAVGIPVGAVLAFWFGFGFKGLWLGMLAAQIT-CV-
       :: ..::.:.:..:  ::..:  :: ...:.::.:::    :..:. .:.... :. :. 
ATT12H CGEIVRGTAKPSLGMYANLSG--FYLLALPLGATLAFKAKQGLQGFLIGLFVG-ISLCLS
          400       410         420       430       440        450 

     460       470       480       490       500       
MSG15. IGMMAATCRTDWELEAERAKVLTTAVDCGSSDDDAKEDMEAGMVDK  
       : ..    : ::: :: .:..::    :.. :.....   .:. :.  
ATT12H I-LLIFIARIDWEKEAGKAQILT----CNTEDEQTSQG--SGQ-DSHS
              460       470           480          490 

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