SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MRB17.9 (Universal genetic code) : 860 aa
 vs  library
 searching atfca37 library

    645 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATFCA37, 645 bases, 1BC2 checksum.                 (645)1671

>>ATFCA37, 645 bases, 1BC2 checksum.                 (645 aa)
Smith-Waterman score: 1671;   45.957% identity in 705 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MRB17. MVGMIRGGMGDQNWSRLVFWLILFSGLLVITLEENPEKDEIFLSQFMAPSTGQVNEHMEE
                                                                   
ATFCA3                                                 KSVRSFSAWRFV
                                                               10  

               70        80        90           100       110      
MRB17. TSWAQRCWQDSDCVKEAVAEFNLCFPGSKD-SRELFG---LNHTNLKQTLLDCIQE----
                               ::  .: .:.:.:   :    .. ... :..:    
ATFCA3 SGEDQALQISPFPQKSFERKLYSVFP--RDEKRKLMGRLRLAFLAISLVVFVCVSEEIFS
             20        30          40        50        60        70

                             120         130         140           
MRB17. KGKLN-------G---------H-NPKYLELLS--SMLDI--PRRNLATKPGSS--PSPS
       .: ::       :         : ::.  .:.:  . ...  :  :::  :. :  :.:.
ATFCA3 RGGLNLLRFSVYGEDVAEQTWIHQNPRR-KLISYPKKFSVSAP--NLAFGPAPSFAPGPG
               80        90        100       110         120       

     150       160                170           180       190      
MRB17. PSRPPKRSRGP---PR------PPTRPKSPP---PRKSSFP-PSRSPPPPPAKKNASKNS
       ::  :    ::   ::      : . :. ::   : .:: : ::.  :   :    :.. 
ATFCA3 PSFAP----GPAPNPRSYDWLAPASSPNEPPAETPDESS-PSPSEETPSVVAP---SQSV
       130           140       150       160        170            

        200         210       220       230        240         250 
MRB17. TSAPVSPAK--KKEDHEKTIIIAVVVTAVSTFLLAALFFLCC-SRVCGNGSGGRKN--DE
        . :  : .  ::.:    .::::. ::: ::...::.:::: .: :.:. :.: .  ::
ATFCA3 PGPPRPPPQREKKDDILMKLIIAVASTAVLTFVFVALMFLCCFKRNCNNAVGSRDGPRDE
     180       190       200       210       220       230         

             260       270       280       290       300       310 
MRB17. RPLLSLSSSDYSVGSSINYGGSVKGDKQGHQSFNIYSNQGKMSSFDGSNSDTSDSLEERL
        ::: ::.     ::. : . .: . ..  . :.. :.  :  ::    : .:  :. : 
ATFCA3 GPLLRLST-----GSTEN-SPTVASTSR--KMFSVASS--KKRSF---LSRVS--LK-RN
     240            250        260           270            280    

             320       330       340       350       360       370 
MRB17. SHEGLRNNSITNHGLPPLKPPPGRTASVLSGKSFSGKVEPLPPEPPKFLKVSSKKASAPP
       .::    .: .  :::::: ::::.:             : :: ::         :.:::
ATFCA3 GHEFSTAESSSAAGLPPLKLPPGRSA-------------P-PP-PP---------AAAPP
           290       300                    310                    

             380       390       400       410        420          
MRB17. PPVPAPQMPSSAGPPRPPPPAPPPGSGGPKPPPPPGPKGPRPPP-PMSLGPK--APR---
       :     :         :::: :::    :.::::  ::  :::: :    ::  ::.   
ATFCA3 P-----Q---------PPPP-PPPK---PQPPPP--PKIARPPPAP----PKGAAPKRQG
     320                         330         340           350     

          430         440       450       460       470       480  
MRB17. -PPSGPADALDDD--APKTKLKPFFWDKVQANPEHSMVWNDIRSGSFQFNEEMIESLFGY
          :: :. .:..  :::::::::::::. :::...:::..: .:::::::: .::::::
ATFCA3 NTSSGDASDVDSETGAPKTKLKPFFWDKM-ANPDQKMVWHEISAGSFQFNEEAMESLFGY
         360       370       380        390       400       410    

            490        500        510       520       530       540
MRB17. AAADKNKNDKKGS-SGQAALP-QFVQILEPKKGQNLSILLRALNATTEEVCDALREGNEL
         ..:::: .:.. :.    : :..::.. .:.:::::::::::.::::: ::..:::::
ATFCA3 NDGNKNKNGQKSTDSSLRESPLQYIQIIDTRKAQNLSILLRALNVTTEEVVDAIKEGNEL
          420       430       440       450       460       470    

              550       560       570       580       590       600
MRB17. PVEFIQTLLKMAPTPEEELKLRLYCGEIAQLGSAERFLKAVVDIPFAFKRLEALLFMCTL
       :::..::::::::: ::::::::: :..  ::            :    : :.:::: .:
ATFCA3 PVELLQTLLKMAPTSEEELKLRLYSGDLHLLG------------P----RSESLLFMISL
          480       490       500                       510        

              610       620       630       640       650       660
MRB17. HEEMAFVKESFQKLEVACKELRGSRLFLKLLEAVLKTGNRMNDGTFRGGAQAFKLDTLLK
       .::.. .::..  ::::::.::.::::::::::::::::::: ::::: :::::::::::
ATFCA3 QEEVSGLKEALGTLEVACKKLRNSRLFLKLLEAVLKTGNRMNVGTFRGDAQAFKLDTLLK
      520       530       540       550       560       570        

              670       680       690          700       710       
MRB17. LADVKGTDGKTTLLHFVVQEIIRTEGKVSGL---SSELEHVKKSANIDADGLTGTVLKMG
       :.:::::::::::::::: ::::.:: : .:   :  .  :: . . .::.   .:    
ATFCA3 LSDVKGTDGKTTLLHFVVLEIIRSEG-VRALRLQSRSFSSVK-TDDSNADSSPQSV----
      580       590       600        610        620       630      

       720       730       740       750       760       770       
MRB17. HALSKARDFVNSEMKSSGEESGFREALEDFIQNAEGSIMSILEEEKRIMALVKSTGDYFH
         .. :: :                                                   
ATFCA3 -DVTAARVFKWLRG                                              
             640                                                   

       780       790       800       810       820       830       
MRB17. GKAGKDEGLRLFVIVRDFLIILDKSCKEVREARGRPVRMARKQGSTASASSETPRQTPSL

       840       850       860
MRB17. DPRQKLFPAITERRVDQSSSDSD

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:00