SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MRA19.15 (Universal genetic code) : 564 aa
 vs  library
 searching af017056 library

   1196 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
AF017056, 1196 bases, 25FB checksum.               (1196) 853

>>AF017056, 1196 bases, 25FB checksum.               (1196 aa)
Smith-Waterman score: 853;   32.406% identity in 611 aa overlap

AF0170 MKTFSSFFLSVTTLFFFSFFSLSFQASPSQSLYREIHQLISFKDVLPDKNLLPDWSSNKN
               10        20        30        40        50        60

AF0170 PCTFDGVTCRDDKVTSIDLSSKPLNVGFSAVSSSLLSLTGLESLFLSNSHINGSVSGFKC
               70        80        90       100       110       120

AF0170 SASLTSLDLSRNSLSGPVTTLTSLGSCSGLKFLNVSSNTLDFPGKVSGGLKLNSLEVLDL
              130       140       150       160       170       180

AF0170 SANSISGANVVGWVLSDGCGELKHLAISGNKISGDVDVSRCVNLEFLDVSSNNFSTGIPF
              190       200       210       220       230       240

AF0170 LGDCSALQHLDISGNKLSGDFSRAISTCTELKLLNISSNQFVGPIPPLPLKSLQYLSLAE
              250       260       270       280       290       300

AF0170 NKFTGEIPDFLSGACDTLTGLDLSGNHFYGAVPPFFGSCSLLESLALSSNNFSGELPMDT
              310       320       330       340       350       360

AF0170 LLKMRGLKVLDLSFNEFSGELPESLTNLSASLLTLDLSSNNFSGPILPNLCQNPKNTLQE
              370       380       390       400       410       420

AF0170 LYLQNNGFTGKIPPTLSNCSELVSLHLSFNYLSGTIPSSLGSLSKLRDLKLWLNMLEGEI
              430       440       450       460       470       480

AF0170 PQELMYVKTLETLILDFNDLTGEIPSGLSNCTNLNWISLSNNRLTGEIPKWIGRLENLAI
              490       500       510       520       530       540

AF0170 LKLSNNSFSGNIPAELGDCRSLIWLDLNTNLFNGTIPAAMFKQSGKIAANFIAGKRYVYI
              550       560       570       580       590       600

                     10        20        30        40          50  
MRA19.       MPGLVSVNLSRNRFGGSIRVIPVNGSVLSAVKELNLSFNR-FK-HAVNFTGFTN
                    :: .  : : ::   .:   ::. .  :.. .: .  :. . : : :
AF0170 KNDGMKKECHGAGNLLE--FQG-IRSEQLN--RLSTRNPCNIT-SRVYGGHT-SPT-FDN
              610         620          630        640         650  

                60         70        80        90         100      
MRA19. ---LTTLDLSHNSL-GVLPLGLGSLSGLRHLDISRCKINGSVKP--ISGLKSLDYLDLSE
          .  ::.:.: : : .:  .::.  :  :....  :.::. :  .. :..:. :::: 
AF0170 NGSMMFLDMSYNMLSGYIPKEIGSMPYLFILNLGHNDISGSI-PDEVGDLRGLNILDLSS
            660       670       680       690        700       710 

        110       120       130        140       150       160     
MRA19. NSMNGSFPVDFPNLNHLQFLNLSANRFSGSVG-FDKYRKFGKSAFLHGGDFVFNDSKIPY
       :...: .:  .  :. :  ..:: : .:: .  . ... :  . ::.      : .   :
AF0170 NKLDGRIPQAMSALTMLTEIDLSNNNLSGPIPEMGQFETFPPAKFLN------NPGLCGY
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         170       180       190          200         210       220
MRA19. HHRIHRLPHRHPPPVRQRNVKTHRTNH--TPLVI-GLSSSLGALI--IVIFAAAIILIRR
             :: :  :     .   :. .:   :  . : : ..: :.  . ::.  .::. :
AF0170 P-----LP-RCDPS-NADGYAHHQRSHGRRPASLAG-SVAMGLLFSFVCIFG--LILVGR
               770        780       790        800         810     

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MRA19. RMKSARTKSRWAISNPTPLDFKMEKSGPFEFG--TESGSSW-VADIKEPTAAPVVMAS--
       .:.. : : . :      :..  :  :  . :  : ....: .. .::  :  . .:.  
AF0170 EMRKRRRK-KEA-----ELEMYAEGHG--NSGDRTANNTNWKLTGVKE--ALSINLAAFE
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MRA19. KPLMNLTFKDLIVATSHFGTESVISDGTCGPLYRAVLP-GDLHVAIKVLERIRDVDQND-
       ::: .::: ::. ::. : ..:.:..:  : .:.:.:  :.  :::: : ..    :.: 
AF0170 KPLRKLTFADLLQATNGFHNDSLIGSGGFGDVYKAILKDGSA-VAIKKLIHVS--GQGDR
         870       880       890       900        910         920  

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MRA19. AVTA-FEALTRLKHPNLLTLSGYCIAGKEKLILYEFMANGDLHRWLHELP--AGETNVED
          : .:.. ..:: ::. : ::: .: :.:..::::  :.:.  ::. :  ::   :  
AF0170 EFMAEMETIGKIKHRNLVPLLGYCKVGDERLLVYEFMKYGSLEDVLHD-PKKAG---V--
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              400       410       420       430          440       
MRA19. WSADTWESHVGDSSPEKTNWLIRHRIAIGVARGLAYLHHVGTTHG-H--LVATNILLTET
                       : ::  :..:::: :::::.:::  . :  :  . ..:.:: :.
AF0170 ----------------KLNWSTRRKIAIGSARGLAFLHHNCSPHIIHRDMKSSNVLLDEN
                        980       990      1000      1010      1020

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MRA19. LEPRISDFGINNIARTGD-----DT---NKNNV--EF----------DVYSFGVILFELL
       :: :.::::.  .  . :     .:   . . :  :.          ::::.::.:.:::
AF0170 LEARVSDFGMARLMSAMDTHLSVSTLAGTPGYVPPEYYQSFRCSTKGDVYSYGVVLLELL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

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MRA19. TGKQGSD-----EN--VKSVRRLVKERRGEEALDSRLRLAAGESVN-EMVESLRIGYFCT
       :::. .:     .:  :  :.. .: : .. ..: .: .    ... :... :...  : 
AF0170 TGKRPTDSPDFGDNNLVGWVKQHAKLRISD-VFDPEL-MKEDPALEIELLQHLKVAVACL
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MRA19. AETPVKRPTMQQVLGLLKDIRTVSR                                 
        .   .:::: ::....:.:.. :                                  
AF0170 DDRAWRRPTMVQVMAMFKEIQAGSGIDSQSTIRSIEDGGFSTIEMVDMSIKEVPEGKL
     1140      1150      1160      1170      1180      1190      

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:02