SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MQD22.15 (Universal genetic code) : 862 aa
 vs  library
 searching d85610 library

    875 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
D85610, 875 bases, 25CC checksum.                  (875)4435

>>D85610, 875 bases, 25CC checksum.                  (875 aa)
Smith-Waterman score: 4435;   77.511% identity in 876 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MQD22. MAETVELPSRLAILPFRNKVLLPGAIIRIRCTSHSSVTLVEQELWQKEEKGLIGILPVRD
       :::.:::::::.:: :::::::::::::::::: ::: ::::::::.::::::::.::::
D85610 MAEAVELPSRLGILAFRNKVLLPGAIIRIRCTSPSSVKLVEQELWQREEKGLIGIVPVRD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100        110         
MQD22. DAEGSSIGTMINPGAGSDSGERSLKFLVGTTDAQKSDAKDQQD-LQWHTRGVAARALHLS
        .:..:.. .. ::.:.:::::..:   : .:..:.:.:.::. ..::::::::::::::
D85610 ASESASVAPVLYPGGGTDSGERNVKSQPGLSDSRKADGKSQQEAVHWHTRGVAARALHLS
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
MQD22. RGVEKPSGRVTYVVVLEGLSRFNVQELGKRGPYSVARITSLEMTKAELEQVKQDPDFVAL
       ::::::::::::.:::::: :: :.::..:: : .:::. :..:::..::..::::::.:
D85610 RGVEKPSGRVTYTVVLEGLCRFRVMELNSRGNYYTARISPLDITKADMEQAQQDPDFVSL
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
MQD22. SRQFKTTAMELVSVLEQKQKTGGRTKVLLETVPIHKLADIFVASFEMSFEEQLSMLDSVD
       .::::.::.::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::: ::::.:
D85610 ARQFKVTAVELISVLEQKQKTGGRTKVLLETVPVHKLADIFVASFEISFEEQLCMLDSID
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
MQD22. LKVRLSKATELVDRHLQSIRVAEKITQKVEGQLSKSQKEYLLRQQMRAIKEELGDNDDDE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::
D85610 LKVRLSKATELVDRHLQSIRVAEKITQKVEGQLSKSQREFLLRQQMRAIKEELGDNDDDE
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
MQD22. DDVAALERKMQAAGMPSNIWKHAQRELRRLKKMQPQQPGYNSSRVYLELLADLPWDKASE
       ::::.::::::.::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::..:.:
D85610 DDVAVLERKMQSAGMPANIWKHAQRELRRLKKMQPQQPGYSSSRVYLELLADLPWQNATE
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
MQD22. EHELDLKAAKERLDSDHYGLAKVKQRIIEYLAVRKLKPDARGPVLCFVGPPGVGKTSLAS
       :..:::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.
D85610 EQKLDLRAAKERLDSDHYGLVKVKQRIIEYLAVRKLKPDARGPILCFVGPPGVGKTSLAA
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
MQD22. SIAAALGRKFVRLSLGGVKDEADIRGHRRTYIGSMPGRLIDGLKRVGVCNPVMLLDEIDK
       ::.:::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.::::: :::::::::::
D85610 SISAALGRKFIRISLGGVKDEADIRGHRRTYIGSMPGRLIDGIKRVGVSNPVMLLDEIDK
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500                               510     
MQD22. TGSDVRGDPASALLEVLDPEQNKSFNDQY------------------------PIM--ME
       :::::::::::::::::::::::.:::.:                        :..  ::
D85610 TGSDVRGDPASALLEVLDPEQNKTFNDHYLNVPYDLSKVIFVATANKVQPIPPPLLDRME
              490       500       510       520       530       540

           520       530       540       550       560       570   
MQD22. LIELPGYTQEEKLKIAMRHLIPRVLDQHGLSSEFLKIPEAMVKNIIQRYTREAGVRSLER
       .::::::: ::: .:::..:::::.::::::::::.: : ::: ::::::::::::.:::
D85610 VIELPGYTPEEKARIAMQYLIPRVMDQHGLSSEFLQISEDMVKLIIQRYTREAGVRNLER
              550       560       570       580       590       600

           580       590       600       610       620       630   
MQD22. NLAALARAAAVMVAEHEQSLPLSKDVQKLTSPLLNGRMAEGGEVEMEVIPMGVNDHEIGG
       ::.:::::::: :::....  .::: ...:::. ..:.:::.:::::::::::...::..
D85610 NLSALARAAAVKVAEQDNATAVSKDFHQFTSPVEESRLAEGAEVEMEVIPMGVDNREISN
              610       620       630       640       650       660

           640       650       660       670       680       690   
MQD22. TFQSPSALVVDETMLEKILGPPRFDDSEAADRVASAGVSVGLVWTTFGGEVQFVEATSMV
       ..:  : :.:::::::..:::::.:: :.:.::.. :::::::::.::::::::::. :.
D85610 ALQVMSPLIVDETMLENVLGPPRYDDRETAERVSNPGVSVGLVWTAFGGEVQFVEASVMA
              670       680       690       700       710       720

           700       710       720       730       740       750   
MQD22. GKGEMHLTGQLGDVIKESAQLALTWVRARASDFKLALAGDMNVLDGRDIHIHFPAGAVPK
       ::::..::::::::::::::.::::::::: ...:. .:..:...:::::::::::::::
D85610 GKGELRLTGQLGDVIKESAQIALTWVRARAMELNLVATGEINLMEGRDIHIHFPAGAVPK
              730       740       750       760       770       780

           760       770       780       790       800       810   
MQD22. DGPSAGVTLVTALVSLFSQKRVRADTAMTGEMTLRGLVLPVGGIKDKILAAHRYGIKRVI
       ::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::
D85610 DGPSAGVTLVTALVSLLSQKRMRADTAMTGEMTLRGLVLPVGGVKDKVLAAHRYGIKRVI
              790       800       810       820       830       840

           820       830       840       850       860  
MQD22. LPQRNSKDLVEVPAAVLSSLEVILAKRMEDVLENAFEGGCPWRNNYSKL
       ::.:: :::::::.::::.::.: :::::  . ..:             
D85610 LPERNLKDLVEVPSAVLSNLEIIYAKRME-CIGTSF             
              850       860        870                  

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