SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >MQD22.13 (Universal genetic code) : 1044 aa vs library searching ac003972 library 1118 residues in 1 sequences The best scores are: s-w AC003972, 1118 bases, 14FC checksum. (1118)3908 >>AC003972, 1118 bases, 14FC checksum. (1118 aa) Smith-Waterman score: 3908; 54.991% identity in 1142 aa overlap 10 20 30 40 50 MQD22. MDSQQSDLFDTASQPDTVAD--EYTFLEFNTQGDSEFDYQDFGSPTAWPTPSDSISIADV . .:: : : : .: .::: :::.. :: :. :: . . AC0039 MSVEAYGPSSQTLTFLDTEEAELLGADTQG-SEFEFTDFTLPSQTQTPPGGPG---- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 MQD22. ADRGEGGAAADHHSEASSPSSLSAGAGNG---AKVGRGGVGGSGGVSSS-SQVDALAAGV : ::..: ..:.. .:::. : :.:: :. .:.:..: .... : : AC0039 ---GPGGGGA------GGPGGAGAGAAAGQLDAQVGPEGILQNGAVDDSVAKTSQLLA-- 60 70 80 90 100 120 130 MQD22. GNLNFEETGDD-----D---------GF-D-----Y----------GK-N---------- .::::: .: : :. : : :. : AC0039 -ELNFEEDEEDTYYTKDLPIHACSYCGIHDPACVVYCNTSKKWFCNGRGNTSGSHIVNHL 110 120 130 140 150 160 140 150 160 MQD22. ------DFTEHA--------------------------SKTDSVVVLLCRDPCLNVNALK . : : .:.:::::::::.:: . ..:: AC0039 VRAKCKEVTLHKDGPLGETVLECYNCGCRNVFLLGFIPAKADSVVVLLCRQPCASQSSLK 170 180 190 200 210 220 170 180 190 200 210 220 MQD22. DMNWDLSQWCPLIDDRCFLPWLVKVPSEQEQLRARQISAQQINKIEELWKTNPDATLEDL :.::: ::: :::.::::: ::::.::::::::::::.::::::.::::: ::.:::::: AC0039 DINWDSSQWQPLIQDRCFLSWLVKIPSEQEQLRARQITAQQINKLEELWKENPSATLEDL 230 240 250 260 270 280 230 240 250 260 270 280 MQD22. EKPGVDDEPQPVQPKYEDAYQYQNVFAPLIKLEADYDKMMKESQSKENLTVRWDIGLNKK ::::::.::: : .:::::::::.:.::.:::::::: .::::...:.:::::.::::: AC0039 EKPGVDEEPQHVLLRYEDAYQYQNIFGPLVKLEADYDKKLKESQTQDNITVRWDLGLNKK 290 300 310 320 330 340 290 300 310 320 330 MQD22. RVAYFVFPKEENELRLVPGDELRLRYSGDAVHPSWQSVGHVIKLTAQ--EEVALELRANQ :.:::..:: ....::. :::. :::.:: . : :...:::::. . .:.:.:::.. AC0039 RIAYFTLPKTDSDMRLMQGDEICLRYKGD-LAPLWKGIGHVIKVPDNYGDEIAIELRSSV 350 360 370 380 390 340 350 360 370 380 390 MQD22. GVPIDVNHGFSVDFVWKSTSFDRMQGAMKNFAVDETSVSGYIYHQLLGHEVEAQMVRNTL :.:..:.:.:.::::::::::::::.:.:.::::::::::::::.::::::: ... : AC0039 GAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDETSVSGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQL 400 410 420 430 440 450 400 410 420 430 440 450 MQD22. PRRFGVPGLPELNASQVNAVKSVLQKPISLIQGPPGTGKTVTSAAIVYHMAKQGQGQVLV :.:: . :::.:: ::: :::.:::.:.::::::::::::::::.::::.:.::.: ::: AC0039 PKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQRPLSLIQGPPGTGKTVTSATIVYHLARQGNGPVLV 460 470 480 490 500 510 460 470 480 490 500 510 MQD22. CAPSNVAVDQLAEKISATGLKVVRLCAKSREAVSSPVEYLTLHYQVRHLDTSEKSELHKL :::::.:::::.::: :::::::::::::::..::: .:.:: :.:..:. ::.:: AC0039 CAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMP--ELQKL 520 530 540 550 560 570 520 530 540 550 560 570 MQD22. QQLKDEQGELSSSDEKKYKNLKRATEREITQSADVICCTCVGAADLRLSNFRFRQVLIDE :::::: :::::.:::.:. :::..:::. ..:::::::::::.: ::....::..:::: AC0039 QQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDE 580 590 600 610 620 630 580 590 600 610 620 630 MQD22. STQATEPECLIPLVLGVKQVVLVGDHCQLGPVIMCKKAARAGLAQSLFERLVTLGIKPIR :::::::::..:.:::.::..:::::::::::.::::::.:::.::::::::.:::.::: AC0039 STQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIR 640 650 660 670 680 690 640 650 660 670 680 690 MQD22. LQVQYRMHPALSEFPSNSFYEGTLQNGVTIIERQTTGIDFPWPVPNRPMFFYVQLGQEEI :::::::::::: :::: ::::.:::::: .: :.:: :: :..:::::: ::::: AC0039 LQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEI 700 710 720 730 740 750 700 710 720 730 740 750 MQD22. SASGTSYLNRTEAANVEKLVTAFLKSGVVPSQIGVITPYEGQRAYIVNYMARNGSLRQQL ..::::::::::::::::..: .::.:. :.:::.::::::::.:.:.:: .:::. .: AC0039 ASSGTSYLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKL 760 770 780 790 800 810 760 770 780 790 800 810 MQD22. YKEIEVASVDSFQGREKDYIILSCVRSNEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGIVILGNPK :.:.:.::::.:::::::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::..:.:::: AC0039 YQEVEIASVDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPK 820 830 840 850 860 870 820 830 840 850 860 870 MQD22. VLSKQPLWNGLLTHYKEHECLVEGPLNNLKQSMVQFQKPRKIYNDRRLFYGGGAGMIGND .:::::::: ::..:::.. :::::::::..:..::.::::. : . :: .. . AC0039 ALSKQPLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNT----INPGARFMTTA 880 890 900 910 920 930 880 890 900 910 920 MQD22. NFGSGN---PNA--DRRGSRGRAGGSYLPSGPPNG---ARPGLHPAGYPIPRVPLS---- . . . :.. :: .:.:: .. :. . : : :. : :.. :: .:.. AC0039 MYDAREAIIPGSVYDR-SSQGRPSSMYFQTHDQIGMISAGPS-HVAAMNIP-IPFNLVMP 940 950 960 970 980 990 930 940 950 960 970 MQD22. PFPGGPPSQPYAIPTRGPV-GAVPHAPQPGNHGFGAGRGTS-VG--G----HLPHQQATQ :.: ::. : . ::. : .:. :. : : :: . : : .::..::.: AC0039 PMP--PPG--YFGQANGPAAGR--GTPK-GKTGRG-GRQKNRFGLPGPSQTNLPNSQASQ 1000 1010 1020 1030 1040 980 990 1000 1010 1020 MQD22. HNVGTIGP-S---LN--F-PLDSPNSQPS-PG--GP-LSQPGYVNT---ARVSFKFLSLH .:.. : : :. . ...: :: : :: : ::: .:.. .... :: AC0039 -DVAS-QPFSQGALTQGYISMSQP-SQMSQPGLSQPELSQDSYLGDEFKSQIDVA-LSQD 1050 1060 1070 1080 1090 1030 1040 MQD22. LIFEALELAYFVLFRIMTR ... : :: AC0039 STYQG-ERAYQHGGVTGLSQY 1100 1110 Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:07