SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MOJ9.20 (Universal genetic code) : 363 aa
 vs  library
 searching cet11g66 library

    658 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
CET11G66, 658 bases, 99D checksum.                 (658) 967

>>CET11G66, 658 bases, 99D checksum.                 (658 aa)
Smith-Waterman score: 967;   43.465% identity in 329 aa overlap

                    10        20        30        40        50     
MOJ9.2      MSHRDHGADGWESADFPITCESCFGDNPYMRMTRADYDKECKICSRPFTAFRWRP
             :. ...  .::..:::: ::.:.:.:::::: .  : .::::: ::::.:::.:
CET11G MSMSKSSYSQYNRKNWEDSDFPILCETCLGNNPYMRMMKDKYGRECKICERPFTTFRWQP
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
MOJ9.2 GRNARFKKTEICQTCSKLKNVCQVCLLDLGFGLPVQVRDSALNINSHYSVPMSHVNREYF
       :..::.:.::.::::.:.:::::.:..:: .::::::::  :.: .  ..: . .::..:
CET11G GKGARYKNTELCQTCAKVKNVCQTCMFDLEYGLPVQVRDHELQIAD--NIPKQGANRDFF
               70        80        90       100         110        

         120        130        140            150       160        
MOJ9.2 ADEHDPKTRA-GLDYESSFGKMQPN-DTIL--KLQR--RT-PSYEKNRPKICSFYTIGQC
         ..  .: . : :  . ....  : :     .:.:  :: : :..: :.::::.. :.:
CET11G L-QNVERTLGQG-DGTQPIAQIANNMDQAAHDRLRRMGRTQPYYKRNAPHICSFFVKGEC
       120        130       140       150       160       170      

      170       180         190       200       210       220      
MOJ9.2 KRGAECSFRHEMPETGE--LSHQNIRDRYYSVNDPVAMKLLRKAGEMGTLEPPEDESIKT
       ::: :: .::: :   .  ::.::::::::..::::: :.: .:.   :: :: : .: :
CET11G KRGEECPYRHEKPTDPDDPLSRQNIRDRYYGTNDPVAEKILNRAAAAPTLSPPADTTITT
        180       190       200       210       220       230      

        230           240       250       260            270       
MOJ9.2 LYVGGLN-S---RIFEQDIHDHFYAYGEMESIRVMAEDG----KYD-QSGSNQQQQGSIA
       ::.:.:. :   .. :.:..: :: ::... .::..: :    ..  . ....  . :. 
CET11G LYIGNLGPSGAQQVTEKDLNDFFYQYGDIRCLRVLTEKGCAFIEFTTREAAERAAERSFN
        240       250       260       270       280       290      

          280            290       300         310       320       
MOJ9.2 HT---G--L-I--SQQQNQHSQMQQYYMQPPP--PNEYSHYPSMDTQRMGAAFSTQESDG
       .:   :  : :  .. : ...  .. :. : :  :                         
CET11G KTFIKGKRLTIRWGEPQAKRAADNSNYVTPVPSVPISIISSKNCSETRNTKSEIFFDFTK
        300       310       320       330       340       350      

       330       340       350       360                           
MOJ9.2 SSTSENNRAYSSYSYPMPPHQPYPTPPPYIDIYIYI                        
                                                                   
CET11G NRKSIEILRNFTIEYIFLNQILFMLMKTSILRNINKKNEMVDFRKKNRKTDTLDSEIKKI
        360       370       380       390       400       410      

CET11G LFYLCIFDHIIYLKNIWKTCYTGIFCRIAVPVPDGLAPSTSSQQRFTGSMPRPPAPPTFA
        420       430       440       450       460       470      

CET11G APRSLVVPNVRPVKAGESSGASSSSSIYYPSQDPTRLGAKGDMALLNIQAVSPQMDANFN
        480       490       500       510       520       530      

CET11G AKILNFRMIDEGKYTVYRIQITVDTYTWTVERRYSDFDAYDVHRFLDRKKSFLPPKKRLG
        540       550       560       570       580       590      

CET11G NKDLEFIEERRLELEKYVRALLELEVWYQKQKNVHSLPLITAKFFDFHQYVSFAENIKIY
        600       610       620       630       640       650      

CET11G LN
         

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