SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MOJ9.18 (Universal genetic code) : 487 aa
 vs  library
 searching f21m1212 library

    449 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
F21M1212, 449 bases, 33D checksum.                 (449)1447

>>F21M1212, 449 bases, 33D checksum.                 (449 aa)
Smith-Waterman score: 1447;   46.914% identity in 486 aa overlap

               10        20        30         40        50         
MOJ9.1 MPTPFNNPSNPKAYNTMSTLVLFLQLFSILPLALGL-NHPNCDLTKTQDQGST-LRIFHI
                        :.: .:. :  .::...   .. .:  : . : ::  : :. :
F21M12               MASSSLHFFFFLTLLLPFTFTTATRDTCA-TAAPD-GSDDLSIIPI
                             10        20         30         40    

       60        70        80            90          100       110 
MOJ9.1 DSPCSPFKSSSPLSWEARVLQT---LAQ-DQARLQYLSSLVAGR---SVVPIASGRQMLQ
       .. ::::   .:    : :..:   .:. :. :: ::::::::.   . ::.::: : :.
F21M12 NAKCSPF---APTHVSASVIDTVLHMASSDSHRLTYLSSLVAGKPKPTSVPVASGNQ-LH
           50           60        70        80        90        100

             120       130       140       150         160         
MOJ9.1 STTYIVKALIGTPAQPLLLAMDTSSDVAWIPCSGCVGCPSN--TAFSPAKSTSFKNVSCS
         .:.:.: .::: : .....:::.:..:.::::: :: ::  :.:.  .:.....::::
F21M12 IGNYVVRAKLGTPPQLMFMVLDTSNDAVWLPCSGCSGC-SNASTSFNTNSSSTYSTVSCS
              110       120       130        140       150         

     170       180       190       200       210       220         
MOJ9.1 APQCKQKKRSRDYRTTKHLTDTETLYCINNNSREHLLQVPNPTCGARACSFNLTYGS-SS
       . :: :   .:       ::      :  ..:       :.:.    .:::: .::. ::
F21M12 TAQCTQ---ARG------LT------C-PSSS-------PQPS----VCSFNQSYGGDSS
     160                170                         180       190  

      230       240       250       260       270       280        
MOJ9.1 IAANLSQDTIRLAADPIKAFTFGCVNKVAGGGTIPPPQGLLGLGRGPLSLMSQAQSIYKS
       ..:.: :::. :: : :  :.:::.:. :.:...:: :::.::::::.::.::. :.:..
F21M12 FSASLVQDTLTLAPDVIPNFSFGCINS-ASGNSLPP-QGLMGLGRGPMSLVSQTTSLYSG
            200       210        220        230       240       250

      290       300       310       320       330       340        
MOJ9.1 TFSYCLPSFRSLTFSGSLRLGPTSQPQRVKYTQLLRNPRRSSLYYVNLVAIRVGRKVVDL
       .::::::::::. :::::.::  .::. ..:: ::::::: :::::::... ::   :..
F21M12 VFSYCLPSFRSFYFSGSLKLGLLGQPKSIRYTPLLRNPRRPSLYYVNLTGVSVGS--VQV
              260       270       280       290       300          

        350       360       370       380       390       400      
MOJ9.1 P--PAAIAFNPSTGAGTIFDSGTVYTRLAKPVYEAVRNEFRKRVKPTTAVVTSLGGFDTC
       :  :. ..:. ..:::::.::::: ::.:.:::::.:.::::.:. ..   ..::.::::
F21M12 PVDPVYLTFDANSGAGTIIDSGTVITRFAQPVYEAIRDEFRKQVNVSS--FSTLGAFDTC
      310       320       330       340       350         360      

        410         420       430       440       450       460    
MOJ9.1 YSGQVK-V-PTITFMFKGVNMTMPADNLMLHSTAGSTSCLAMAAAPENVNSVVNVIASMQ
       .:.. . : : ::. . .... .: .: ..::.::. .::.::.  .:.:.:.::::..:
F21M12 FSADNENVAPKITLHMTSLDLKLPMENTLIHSSAGTLTCLSMAGIRQNANAVLNVIANLQ
        370       380       390       400       410       420      

          470       480       
MOJ9.1 QQNHRVLIDVPNGRLGLARERCS
       ::: :.:.::::.:.:.: : :.
F21M12 QQNLRILFDVPNSRIGIAPEPCN
        430       440         

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