SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >MOJ9.11 (Universal genetic code) : 851 aa vs library searching rlk5_arath library 999 residues in 1 sequences The best scores are: s-w RLK5_ARATH, 999 bases, 837 checksum. (999)1732 >>RLK5_ARATH, 999 bases, 837 checksum. (999 aa) Smith-Waterman score: 1732; 35.765% identity in 987 aa overlap 10 20 30 40 MOJ9.1 MPEFEKLENEELGNLLR-FKASFDDPKGSLSGWFNTSSSHHCNWT .: . .: :.. ...:: : ...:: :::.: .... :.: RLK5_A MLYCLILLLCLSSTYLPSL-SL-NQD-ATILRQAKLGLSDPAQSLSSWSDNNDVTPCKWL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 MOJ9.1 GITCTRAPTLYVSSINLQSLNLSGEISDSICDLP-------Y-------LT-------H- :..: : : : :..:.:. : : . . .: :: : :. : RLK5_A GVSCD-A-TSNVVSVDLSSFMLVGPFPSILCHLPSLHSLSLYNNSINGSLSADDFDTCHN 60 70 80 90 100 110 90 100 110 MOJ9.1 ---LDLSLNF----------FNQP---------------IPLQLSRCVTLETLNLSSNLI :::: :. :: : :: .... ::.:::..:.. RLK5_A LISLDLSENLLVGSIPKSLPFNLPNLKFLEISGNNLSDTIPSSFGEFRKLESLNLAGNFL 120 130 140 150 160 170 120 130 140 150 160 170 MOJ9.1 WGTIPDQISEFSSLKVIDFSSN-HVEGMIPEDLGLLFNLQVLNL-GSNLLTGIVPPAIGK :::: .... ..:: . .. : ..:: .:: : .:::: : : ::. : .::.... RLK5_A SGTIPASLGNVTTLKELKLAYNLFSPSQIPSQLGNLTELQVLWLAGCNLV-GPIPPSLSR 180 190 200 210 220 230 180 190 200 210 220 230 MOJ9.1 LSELVVLDLSENSYLVSEIPSFLGKLDKLEQLLLHRSGFHGEIPTSFVG-LTSLRTLDLS :. :: :::. :. :.. :::.. .: .::. : ..: ::.: : .: .:.:. .: : RLK5_A LTSLVNLDLTFNQ-LTGSIPSWITQLKTVEQIELFNNSFSGELPES-MGNMTTLKRFDAS 240 250 260 270 280 290 240 250 MOJ9.1 LNNLSGEIP--------RSL--------GP---S---------LK--N--L--V--S-L- .:.:.:.:: .:: :: : :: : : : : : RLK5_A MNKLTGKIPDNLNLLNLESLNLFENMLEGPLPESITRSKTLSELKLFNNRLTGVLPSQLG 300 310 320 330 340 350 260 270 280 290 300 MOJ9.1 --------DVSQNKLSGSFPSGICS-GKRLINLSLHSNFFEGSLPNSIGECLSLERLQVQ :.: :..:: .:...:. :: : : : .: : : . :..:.: :: :.... RLK5_A ANSPLQYVDLSYNRFSGEIPANVCGEGK-LEYLILIDNSFSGEISNNLGKCKSLTRVRLS 360 370 380 390 400 410 310 320 330 340 350 360 MOJ9.1 NNGFSGEFPVVLWKLPRIKIIRADNNRFTGQVPESVSLASALEQVEIVNNSFSGEIPHGL :: .::..: .: :::..... ..: :::..:... :. : ...: .: ::: ::. . RLK5_A NNKLSGQIPHGFWGLPRLSLLELSDNSFTGSIPKTIIGAKNLSNLRISKNRFSGSIPNEI 420 430 440 450 460 470 370 380 390 400 410 420 MOJ9.1 GLVKSLYKFSASQNRFSGELPPNFCDSPVLSIVNISHNRLLGKIP-ELKNCKKLVSLSLA : .... ..:...: ::::.: .. :: ...:.:.: :.:: ::.. :.: :.:: RLK5_A GSLNGIIEISGAENDFSGEIPESLVKLKQLSRLDLSKNQLSGEIPRELRGWKNLNELNLA 480 490 500 510 520 530 430 440 450 460 470 480 MOJ9.1 GNAFTGEIPPSLADLHVLTYLDLSDNSLTGLIPQGLQNLKLALFNVSFNGLSGEVPHSLV .: ..:::: .. : ::.:::::.:...: :: :::::: ..:.:.: :::..: . RLK5_A NNHLSGEIPKEVGILPVLNYLDLSSNQFSGEIPLELQNLKLNVLNLSYNHLSGKIPPLYA 540 550 560 570 580 590 490 500 510 520 530 MOJ9.1 SGLPA-SFLQGNPELCGPGLPNSCSS-DRSNFHKKGGKALVLSLICLALAIATFLA--VL . . : .:. ::: :: : . : . :: :. : . .: : : :: .:.. :. RLK5_A NKIYAHDFI-GNPGLC-VDLDGLCRKITRS---KNIGYVWILLTIFL-LAGLVFVVGIVM 600 610 620 630 640 540 550 560 570 580 MOJ9.1 YRYSR-KKVQ-FKST------WRSEFYYPFKLTEHELMKVVNE-SCPS-GS--EVYVLSL . .. .:.. .::. ::: :. ....:::. ..: . . :: .:: . : RLK5_A F-IAKCRKLRALKSSTLAASKWRS-FH-KLHFSEHEIADCLDEKNVIGFGSSGKVYKVEL 650 660 670 680 690 700 590 600 610 620 630 MOJ9.1 SSGELLAVKKLVNS-KN----ISSKSLK-----AQVRTIAKIRHKNITRILGFCFKDEMI .::..::::: .: :. :: ::. :.:.:.. ::::.:.:. : . . RLK5_A RGGEVVAVKKLNKSVKGGDDEYSSDSLNRDVFAAEVETLGTIRHKSIVRLWCCCSSGDCK 710 720 730 740 750 760 640 650 660 670 680 690 MOJ9.1 FLIYEFTQNGSLHDML--SRAGDQ-LPWSIRLKIALGVAQALAYISKDYVPHLLHRNLKS .:.::. :::: :.: .: : : : ::.::: .:..:.:. .: :: ..::..:: RLK5_A LLVYEYMPNGSLADVLHGDRKGGVVLGWPERLRIALDAAEGLSYLHHDCVPPIVHRDVKS 770 780 790 800 810 820 700 710 720 730 740 750 MOJ9.1 ANIFLDKDFEPKLSDFALDHIVGETAFQSLVHANTN---SC-YTAPENHYSKKATEDMDV .::.::.:. :..::.. . ::. . .. .: .. :: : ::: :. ...: :. RLK5_A SNILLDSDYGAKVADFGIAK-VGQMSGSKTPEAMSGIAGSCGYIAPEYVYTLRVNEKSDI 830 840 850 860 870 880 760 770 780 790 800 MOJ9.1 YSFGVVLLELVTGQSAEKAEEGSSGESLDIVKQVRRKINLTDGAAQVLDQKILSD-SCQS :::::::::::::.. .: :.. :..: : .. : :.: :. : . . RLK5_A YSFGVVLLELVTGKQPTDSELGDK----DMAKWVCTALDKC-GLEPVIDPKL--DLKFKE 890 900 910 920 930 810 820 830 840 850 MOJ9.1 DMRKTLDIALDCTAVAAEKRPSLVKVIKLLEGISSSVSPVSA .. :.. :.: ::. .:::. ::. .:. .:..: : :. RLK5_A EISKVIHIGLLCTSPLPLNRPSMRKVVIMLQEVSGAV-PCSSPNTSKRSKTGGKLSPYYT 940 950 960 970 980 990 RLK5_A EDLNSV Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:05