SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MOJ9.10 (Universal genetic code) : 707 aa
 vs  library
 searching sr40_yeast library

    406 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
SR40_YEAST, 406 bases, 2591 checksum.              (406) 246

>>SR40_YEAST, 406 bases, 2591 checksum.              (406 aa)
Smith-Waterman score: 246;   27.299% identity in 348 aa overlap

                                                                   
MOJ9.1                                                        MCRVS
                                                                   
SR40_Y MASKKIKVDEVPKLSVKEKEIEEKSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSGESSSSSSSSS
               10        20        30        40        50        60

          10        20        30        40        50        60     
MOJ9.1 LVNFFGDEKIREAKNFDSLAAKDQYQFRVLDATTASEPSSVAVTDSTTGSESSEVYENVN
                                     :. ..:: .: .  .:...: ::.  :. .
SR40_Y SSSSSDSSDSSDSESSSSSSSSSSSSSSSSDSESSSESDSSSSGSSSSSSSSSD--ESSS
               70        80        90       100       110          

          70         80        90          100        110       120
MOJ9.1 VHYMDDANEK-SRTDGNLVGCEEEEGNGD-ESDT--ETNN-GSVSWSQCELFSPEEKKSE
           .: ..: .: . :  . : .... . ::..  :... :: : :. :  :  :. :.
SR40_Y ESESEDETKKRARESDNEDAKETKKAKTEPESSSSSESSSSGSSSSSESE--SGSESDSD
      120       130       140       150       160         170      

              130       140       150       160       170       180
MOJ9.1 RPSMVSKSKSSQDRPLTSKGRTNIADSVRSRSNTFHSTARKTVRSSKSQAKALSDFSSYR
         :  :.:.::.:    :.. .. .:: .: :..  : . .   ::.:.... :: ::  
SR40_Y S-S--SSSSSSSD----SESDSE-SDS-QSSSSSSSSDSSSDSDSSSSDSSSDSDSSSSS
           180           190         200       210       220       

               190       200       210       220       230         
MOJ9.1 SSENNKAFS-SASPVDSTPFEEGKEDDEFEDALNSVHNNESDNETLVYKEKKRSDVEKVL
       :: .. . : : :  ::     :. :.      .:  .. ::. :   .  . :: ..  
SR40_Y SSSSSDSDSDSDSSSDSDS--SGSSDS------SSSSDSSSDESTSSDSSDSDSDSDSGS
       230       240         250             260       270         

     240       250       260       270         280            290  
MOJ9.1 AQKIETMEARIEKLEEELREVAALEMSLYSVFPEHGSSS--HKLHKPA-----RNLSRLY
       ....:: ::  .. . :  :. :   :  :. :  .:::  .::. ::     .. .: .
SR40_Y SSELETKEATADESKAE--ETPA--SSNEST-PSASSSSSANKLNIPAGTDEIKEGQRKH
     280       290         300          310       320       330    

            300         310       320       330         340        
MOJ9.1 ALARKNQSE-N-KIISVTKNIVSGLSLLLKSCGSDVSRLTYW--LSNTVMLREIISLDFG
        ..: ..:. : .   .: :  .:      . :.       :   .:  . : . . :: 
SR40_Y -FSRVDRSKINFEAWELTDNTYKG------AAGT-------WGEKANEKLGR-VRGKDF-
           340       350             360              370          

      350       360       370       380       390       400        
MOJ9.1 SSKLNGLNSLKEDWGDVRTLIAALRRVESCFFTQAVESIWSQVMMVHMIPQGVDSTMGEM
        .: :  :..:.  :. :                                          
SR40_Y -TK-NK-NKMKR--GSYRGGSITLESGSYKFQD                           
       380           390       400                                 

      410       420       430       440       450       460        
MOJ9.1 IGNFSEPATCDRLQESFSVNLWKEAFEEALQRLCPVQATRRQCGCLHVLTRMVMEQCIVR

      470       480       490       500       510       520        
MOJ9.1 LDVAMFNAILRESAHHIPTDSASDPIADSRVLPIPAGVLSFESGVKLKNTVSYWSRLLTD

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MOJ9.1 NFTPDEFCPYPVPGTVLEELNAQSILENRSLSRDTARGFPRQVNPVSYSPPSCSHLTDIV

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Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:01