SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MNC17.9 (Universal genetic code) : 590 aa
 vs  library
 searching gi:3582328 library

    738 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gi|3582328                                         (738)1315

>>gi|3582328                                         (738 aa)
Smith-Waterman score: 1315;   36.918% identity in 623 aa overlap

gi|358 MAIFSTAQPLSLPRHPNFSNPNQPTTNNERSRHISLIERCVSLRQLKQTHGHMIRTGTFS
               10        20        30        40        50        60

                      10               20         30        40     
MNC17.        MFKLVSLVFF----F---IFINELGLLLQAH-FTWIGLIITENCNGLES--SI
              .: ...:  :    .   .: .:.    . . :.: . .:    .: .   ::
gi|358 DPYSASKLFAMAALSSFASLEYARKVF-DEIP---KPNSFAW-NTLIRAYASGPDPVLSI
               70        80         90           100       110     

              50          60        70        80        90         
MNC17. ER--EMISSLAAITGGPS--TFRRDPDSNTLRLSRRKTLISVLRSCKNIAHVPSIHAKII
           .:.:        :.  ::   :    . : .  . .: : :   ...  :.:.  .
gi|358 WAFLDMVSESQCY---PNKYTF---P----F-LIKAAAEVSSL-S---LGQ--SLHGMAV
         120          130               140           150          

     100       110          120       130       140       150      
MNC17. RTFHDQDAFVVFELIRV---CSTLDSVDYAYDVFSYVSNPNVYLYTAMIDGFVSSGRSAD
       ..   .:.::.  ::.    :. :::   :  ::. ... .:  ...::.:::..: : :
gi|358 KSAVGSDVFVANSLIHCYFSCGDLDS---ACKVFTTIKEKDVVSWNSMINGFVQKG-SPD
      160       170       180          190       200       210     

         160       170       180         190       200             
MNC17. -GVSLYHRMIHNSVLPDNYVITSVLKACDLKVCR--EIHAQVLKLGFGSSR-SVGLK---
        .. :...:  ..:  .. ....::.::  :. :  :.  :: .  .  .: .:.:    
gi|358 KALELFKKMESEDVKASHVTMVGVLSACA-KI-RNLEFGRQVCSY-IEENRVNVNLTLAN
          220       230       240         250        260       270 

      210       220       230       240         250       260      
MNC17. -MMEIYGKSGELVNAKKMFDEMPDRDHVAATVMINCY--SECGFIKEALELFQDVKIKDT
        :...: : : . .::..:: : ..:.:. :.:.. :  ::  . . : :.....  :: 
gi|358 AMLDMYTKCGSIEDAKRLFDAMEEKDNVTWTTMLDGYAISE-DY-EAAREVLNSMPQKDI
             280       290       300       310         320         

        270       280       290        300       310       320     
MNC17. VCWTAMIDGLVRNKEMNKALELFREMQME-NVSANEFTAVCVLSACSDLGALELGRWVHS
       : :.:.:..  .: . :.:: .:.:.:.. :.. :..: : .::::...::::::::.::
gi|358 VAWNALISAYEQNGKPNEALIVFHELQLQKNMKLNQITLVSTLSACAQVGALELGRWIHS
     330       340       350       360       370       380         

         330        340       350       360       370       380    
MNC17. FVENQRMELSNF-VGNALINMYSRCGDINEARRVFRVMRDKDVISYNTMISGLAMHGASV
       ..... ... :: : .:::.:::.:::....:.::  .. .::. ...::.:::::: . 
gi|358 YIKKHGIRM-NFHVTSALIHMYSKCGDLEKSREVFNSVEKRDVFVWSAMIGGLAMHGCGN
     390        400       410       420       430       440        

          390       400       410       420       430       440    
MNC17. EAINEFRDMVNRGFRPNQVTLVALLNACSHGGLLDIGLEVFNSMKRVFNVEPQIEHYGCI
       ::.. :  : . . .:: ::.. .. :::: ::.: .  .:..:.  ... :. .::.::
gi|358 EAVDMFYKMQEANVKPNGVTFTNVFCACSHTGLVDEAESLFHQMESNYGIVPEEKHYACI
      450       460       470       480       490       500        

          450       460       470       480       490       500    
MNC17. VDLLGRVGRLEEAYRFIENIPIEPDHIMLGTLLSACKIHGNMELGEKIAKRLFESENP-D
       ::.::: : ::.: .::: .:: :.  . :.::.:::::.:..:.:    ::.: : : .
gi|358 VDVLGRSGYLEKAVKFIEAMPIPPSTSVWGALLGACKIHANLNLAEMACTRLLELE-PRN
      510       520       530       540       550       560        

           510       520       530       540       550       560   
MNC17. SGTYVLLSNLYASSGKWKESTEIRESMRDSGIEKEPGCSTIEVDNQIHEFLVGDIAHPHK
       .:..:::::.::. :::.. .:.:. :: .:..::::::.::.:..::::: :: ::: .
gi|358 DGAHVLLSNIYAKLGKWENVSELRKHMRVTGLKKEPGCSSIEIDGMIHEFLSGDNAHPMS
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MNC17. EAIYQRLQELNRILR---FK-E-NQI-DIIMGF                           
       : .: .:.:. . :.   .. : .:. .::                              
gi|358 EKVYGKLHEVMEKLKSNGYEPEISQVLQIIEEEEMKEQSLNLHSEKLAICYGLISTEAPK
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