SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MNA5.12 (Universal genetic code) : 1219 aa
 vs  library
 searching katc_arath library

    754 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
KATC_ARATH, 754 bases, 256E checksum.              (754) 827

>>KATC_ARATH, 754 bases, 256E checksum.              (754 aa)
Smith-Waterman score: 827;   33.333% identity in 504 aa overlap

KATC_A MVGAMANNGRIRSAFPVTNGSKDLTPNSAPASTTGSEYGPVEFTREDVETLLNERIKYKS
               10        20        30        40        50        60

KATC_A KFNYKERCENMMDYIKRLRLCIRWFQELELDYAFEQEKLKNALELNEKHCVDMEVSLKNK
               70        80        90       100       110       120

KATC_A EEELNMIIEELRKNFESVQVQLAREQTEKLAANDSLGKEKEARLSVEKAQAGLTEELGKA
              130       140       150       160       170       180

KATC_A QGDLQTANQRIQSVNDMYKLLQEYNSSLQLYNSKLQGDLDEAHETIKRGEKERTAIIENI
              190       200       210       220       230       240

                                       10        20         30     
MNA5.1                         MAEQKSTNMWNWEVTGFESK-KSPSSEEGVHRTPSS
                               : .::. .. : :..... . .. ....  : .  .
KATC_A GNLKGQFSALQEQLAASKASQEDIM-KQKG-ELVN-EIASLKVELQQVKDDRDRHLVEVK
              250       260         270        280       290       

          40        50        60         70          80        90  
MNA5.1 MLRRYSIPKNSLPPHSSELASKVQSLKDKV-QLAKDDYVGL--RQEATDLQEYSNAKLER
        :.  .   :..    .:: .  .: . .. :: .:  :.   : ...::. .     :.
KATC_A TLQTEATKYNDFKDAITELETTCSSQSTQIRQL-QDRLVNSERRLQVSDLSTF-----EK
       300       310       320       330        340            350 

            100         110       120          130       140       
MNA5.1 VTRYLGVLADKSRKL-D-QYALETEARISPLIN-EK--KRLFNDLLTTKGNVKVFCRARP
       ...:     :..... : .  .: ::... :.. ::  :.: : .:  :::..::::.::
KATC_A MNEY----EDQKQSIIDLKSRVE-EAELK-LVEGEKLRKKLHNTILELKGNIRVFCRVRP
                 360       370         380       390       400     

         150          160       170       180        190       200 
MNA5.1 LF--E---DEGPSIIEFPDNCTIRVNTSDDTLSNPKKE-FEFDRVYGPQVGQASLFSDVQ
       :.  :   ::: .:  .: .    .. . : ..: .:. : ::.:..: ..: ..:....
KATC_A LLPGENNGDEGKTI-SYPTSLEA-LGRGIDLMQNAQKHAFTFDKVFAPTASQEDVFTEIS
         410        420        430       440       450       460   

             210       220       230          240       250        
MNA5.1 PFVQSALDGSNVSIFAYGQTHAGKTYTMEG--SN-QDRGLYARCFEELMDLANSDSTSAS
        .::::::: .: ::::::: .:::::: :  .: ...::  ::.:....  .:  ... 
KATC_A QLVQSALDGYKVCIFAYGQTGSGKTYTMMGRPGNVEEKGLIPRCLEQIFETRQSLRSQGW
           470       480       490       500       510       520   

      260       270       280              290             300     
MNA5.1 QFSFSVSVFELYNEQVRDLLSGCQ------SNL-PKINMGLRE--S----VIELSQEKVD
       .. ..::..:.::: .:::::  .      :.. :. . ....  :    : ::.   : 
KATC_A KYELQVSMLEIYNETIRDLLSTNKEAVRTDSGVSPQ-KHAIKHDASGNTHVAELTILDVK
           530       540       550        560       570       580  

           310       320                    330       340       350
MNA5.1 NPSE--FMRVLNSAFQNR--G----NDKS-KS----T--VTHLNTITRENVISKLSLVDL
       .  :  :.  :. : .::  :    :..: .:    :  .. .:  :...: . :.:.::
KATC_A SSREVSFL--LDHAARNRSVGKTQMNEQSSRSHFVFTLRISGVNESTEQQVQGVLNLIDL
            590         600       610       620       630       640

              360       370       380       390       400       410
MNA5.1 AGSEGLTVEDDNGDHVTDLLHVTNSISALGDVLSSLTSKRDTIPYENSFLTRILADSLGG
       :::: :.   ..::.. .   ...:.:.::::. .:..:.: .:..:: :: .:   :::
KATC_A AGSERLSKSGSTGDRLKETQAINKSLSSLGDVIFALAKKEDHVPFRNSKLTYLLQPCLGG
              650       660       670       680       690       700

              420       430        440         450        460      
MNA5.1 SSKTLMIVNICPSARNLSEIMSC-LNYAARARNTVPSLGN--RDT-IKKWRDVANDARKE
       ..::::.::: : . . .: . : : .:::. :.   .:.  :.: ::            
KATC_A DAKTLMFVNIAPESSSTGESL-CSLRFAARV-NACE-IGTPRRQTNIKPLENRLSLG   
              710       720        730         740       750       

        470       480       490       500       510       520      
MNA5.1 VLEKERENQRLKQEVTGLKQALKEANDQCVLLYNESENAMVVDKHKIEKEQNFQLRNQIA

        530       540       550       560       570       580      
MNA5.1 QLLQLEQEQKLQAQQQDSTIQNLQSKVKDLESQLSKALKSDMTRSRDPLEPQPRAAENTL

        590       600       610       620       630       640      
MNA5.1 DSSAVTKKLEEELKKRDALIEVSSPSSKASPTVQPADVDRKNSAGTLPSSVDKNEGTITL

        650       660       670       680       690       700      
MNA5.1 VKSSSELVKTTPAGEYLTAALNDFDPEQYEGLAAIADGANKLLMLVLAAVIKAGASREHE

        710       720       730       740       750       760      
MNA5.1 ILAEIRDSVFSFIRKMEPRRVMDTMLVSRVRILYIRSLLARSPELQSIKVSPVERFLEKP

        770       780       790       800       810       820      
MNA5.1 YTGRTRSSSGSSSPGRSPVRYYDEQIYGFKVNLKPEKKSKLVSVVSRIRGHDQDTGRQQV

        830       840       850       860       870       880      
MNA5.1 TGGKLREIQDEAKSFAIGNKPLAALFVHTPAGELQRQIRSWLAESFEFLSVTADDVSGVT

        890       900       910       920       930       940      
MNA5.1 TGQLELLSTAIMDGWMAGVGAAVPPHTDALGQLLSEYAKRVYTSQMQHLKDIAGTLASEE

        950       960       970       980       990      1000      
MNA5.1 AEDAGQVAKLRSALESVDHKRRKILQQMRSDAALFTLEEGSSPVQNPSTAAEDSRLASLI

       1010      1020      1030      1040      1050      1060      
MNA5.1 SLDAILKQVKEITRQASVHVLSKSKKKALLESLDELNERMPSLLDVDHPCAQREIDTAHQ

       1070      1080      1090      1100      1110      1120      
MNA5.1 LVETIPEQEDNLQDEKRPSIDSISSTETDVSQWNVLQFNTGGSSAPFIIKCGANSNSELV

       1130      1140      1150      1160      1170      1180      
MNA5.1 IKADARIQEPKGGEIVRVVPRPSVLENMSLEEMKQVFGQLPEALSSLALARTADGTRARY

       1190      1200      1210         
MNA5.1 SRLYRTLAMKVPSLRDLVGELEKGGVLKDTKST

Library scan:  0:00:01  total CPU time:  0:00:03