SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MNA5.11 (Universal genetic code) : 607 aa
 vs  library
 searching jc6133 library

    526 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
JC6133, 526 bases, 6B2 checksum.                   (526) 764

>>JC6133, 526 bases, 6B2 checksum.                   (526 aa)
Smith-Waterman score: 764;   31.238% identity in 541 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MNA5.1 MMLVFLLIRRQWRSASVRREEVIRLIALATEESYLAEEVRPATVDYGGDSVSDVYRCAVC

               70        80        90       100       110       120
MNA5.1 LYPTTTRCSQCKSVRYCSSKCQILHWRRGHKEECRSPDYDEEKEEYVQSDYDAKESNVDF

              130       140        150       160       170         
MNA5.1 PSRGTAYESSSNVSVDVACDMST-SRPSIHKVQPRSEAVDFTTSLNIKDNL-YETRPLSR
                      : :  .:. . : .:  : ....:.  : .: : .: .:. :   
JC6133      MVVALSFPEADPA--LSSPDAPELH--QDEAQVVEELT-VNGKHSLSWES-P---
                    10          20          30         40          

      180       190       200       210       220       230        
MNA5.1 KKSRNRTDKVESASNYSKGKTDAKLRKLGNQNSRSCYANAVLQCLAFTRPLISYLIRGLH
                        .:     :.. ::    ::: ::.::::. : :: .:..   :
JC6133 -----------------QGP-GCGLQNTGN----SCYLNAALQCLTHTPPLADYMLSQEH
                           50            60        70        80    

      240       250           260       270       280       290    
MNA5.1 SKTCRKKSWCFVCEFEHLI----LKARGGESPLSPIKILSKLQKIGKHLGPGKEEDAHEF
       :.:: .   : .: .: :.    :....:.  ..: .::.  . . ::    ..::::::
JC6133 SQTCCSPEGCKLCAMEALVTQSLLHSHSGDV-MKPSHILT--SAFHKH----QQEDAHEF
           90       100       110        120             130       

          300       310       320       330       340       350    
MNA5.1 LRCAVDTMQSVFLKEAPAAGPFAEETTLVGLTFGGYLHSKIKCMACLHKSERPELMMDLT
       :  ...::.   :.    . : .:... .   :::. .:.:::. :   :.  . ..:. 
JC6133 LMFTLETMHESCLQVHRQSKPTSEDSSPIHDIFGGWWRSQIKCLLCQGTSDTYDRFLDIP
       140       150       160       170       180       190       

          360       370       380       390         400       410  
MNA5.1 VEIDGDIGSLEEALAQFTAYEVLDGENRYFCGRCKSYQK--AKKKLMILEGPNILTVVLK
       ..:..   :...:: .    : : :.: :.::.:.  ::  :.: : .  .:..: :::.
JC6133 LDISS-AQSVKQALWDTEKSEELCGDNAYYCGKCR--QKMPASKTLHVHIAPKVLMVVLN
       200        210       220       230         240       250    

             420        430       440       450       460       470
MNA5.1 RFQSDNF-G-KLSKPIHFPELLDISPYMSDPNHGDHPVYSLYAVVVHLDAMSTLFSGHYV
       ::..  : : ::.. . .::.::..::.:.:. :  : :.::::.:: :. .:  :::: 
JC6133 RFSA--FTGNKLDRKVSYPEFLDLKPYLSEPTGGPLP-YALYAVLVH-DG-ATSHSGHYF
            260       270       280        290        300          

              480       490       500                510           
MNA5.1 CYIKTLDGDWFKIDDSNVFPVQLETVLLEGAYMLLYAR---------DSP--R------P
       : .:.  : :.:.::..:   .. .:: :.::.:.:..         : :  :      :
JC6133 CCVKAGHGKWYKMDDTKVTRCDVTSVLNENAYVLFYVQQANLKQVSIDMPEGRINEVLDP
     310       320       330       340       350       360         

              520           530                             540    
MNA5.1 ---VSKNGGRKSKQR----RNLAAIP--SR-----------KG------N-KK--QRDGD
          ..:.  .: :..    ..:.  :  .:           ::      : ::  :. : 
JC6133 EYQLKKSRRKKHKKKSPFTEDLGE-PCENRDKRAIKETSLGKGKVLQEVNHKKAGQKHG-
     370       380       390        400       410       420        

          550          560       570                  580          
MNA5.1 NNSLLPRVD--WSSG-SLSSMFSSSDTTSSC-------ST----KDSSGIEN--L--SDY
       :..:.:. .   ..: .: .     :  ..        ::    .::   ::  :  .: 
JC6133 NTKLMPQKQNHQKAGQNLRNTEVELDLPADAIVIHQPRSTANWGRDSPDKENQPLHNADR
       430       440       450       460       470       480       

        590         600                       
MNA5.1 LFGGVEPV--WKWDRHNKSQTFD                
       :. .  ::  :.  :..                      
JC6133 LLTSQGPVNTWQLCRQEGRRRSKKGQNKNKQGQRLLLVC
       490       500       510       520      

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:01