SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MIK19.18 (Universal genetic code) : 483 aa
 vs  library
 searching vfptf3 library

    377 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
VFPTF3, 377 bases, 267B checksum.                  (377)1040

>>VFPTF3, 377 bases, 267B checksum.                  (377 aa)
Smith-Waterman score: 1040;   42.289% identity in 402 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MIK19. MEFGDGVSFAVVPTVFKREDYKRTKHDTVFSKWQVLIGSNDWEDFKNGKDGVGRYRVQNL
             ..: ..  ..:::. :.::::. ::.:..::: .::::...::.:  :::.:::
VFPTF3       ITFPATAQMLKREECKHTKHDSSFSHWKILIGPSDWEDYSKGKEGSTRYRIQNL
                     10        20        30        40        50    

               70            80        90       100       110      
MIK19. PRKSCPGLYELGVAV----IGQEQCRKLEPDIVLASYLGQAESVRSRLQRYGRSGAHLRN
       :..: ::.::::::.    .:.:   ::   .:.. :::.:..::.::: :::.:::: :
VFPTF3 PQNSGPGVYELGVAMSTSGLGRE-IYKLATRVVVV-YLGKADNVRTRLQSYGRNGAHLGN
           60        70         80         90       100       110  

        120       130        140       150       160       170     
MIK19. VNNLNDCETIESPVKAVTG-GLFEDIFSKGGSILYRWAPMGSKREAEATEGMLLSTFDYA
             : :.::  .   : .::.::: ..  :.:::::: .: .:  ::..::::::::
VFPTF3 -----GCSTFESSEEK--GHSLFHDIFFQSFPIVYRWAPMQNKGDALQTESQLLSTFDYA
                 120         130       140       150       160     

         180       190            200       210       220       230
MIK19. WNKGSNGERRQLDLLK---KL--GDREFMSKRKSGISRMLFPFLRNQVGIRIKGEKHVLK
       ::  .:: ::  :.:.   :.  : : : :.    ... : :: ...::: ::..:  . 
VFPTF3 WNTINNGTRRPADILQMLNKISSGTRTF-SE----VAKSLVPFTQKKVGILIKARKLPMT
         170       180       190            200       210       220

              240       250       260          270       280       
MIK19. EERKLTCDVDEEKSNNFLTSILKLTRSRPQPVSDRFD---EVDGSCSDIVCGVLLEDGGC
       ....   : :   . :::. ..:..:::   . :  :   : .:.    .:::.:.::. 
VFPTF3 DNKS---DND---GYNFLSRVFKFNRSRKVVIHDTSDFAVEKNGK----ICGVILDDGSI
                    230       240       250           260       270

       290        300       310         320             330        
MIK19. CIRSPVKGRK-RCIEHKGQRVCRVSPE--KQTPPKSE-IFTGQD-----HHNHK--DS--
       : . :: :.. :: ::::.:.  :. .  ...  .:: .::...      ...:  .:  
VFPTF3 CSKMPV-GKRVRCNEHKGMRINMVTTKAMRRSKSESENVFTAKEIRRSKSESEKVSESLV
               280       290       300       310       320         

                340       350       360       370       380        
MIK19. D------VVCGVILPDMEPCNKRPVPGRKRCEDHKGMRINAFLFLLNQTDREKTVKDEKP
       :      :.::..: :   : :.:: :::::..::: :. : . . ::            
VFPTF3 DESITKTVICGIVLEDGSTCRKEPVKGRKRCHEHKGKRVRASVSI-NQK           
     330       340       350       360       370                   

      390       400       410       420       430       440        
MIK19. DPESHTESIEEEALTRFCEATTKNGLPCTRSSPKGSKRCWQHKEKTSSDTSPVYFQPEAA

      450       460       470       480   
MIK19. KNVACGVKLGNGLICERSPVKGRKRCEEHKGMRIT

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:01