SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MIK19.11 (Universal genetic code) : 572 aa
 vs  library
 searching ataj644 library

    566 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAJ644, 566 bases, 62F checksum.                  (566)1701

>>ATAJ644, 566 bases, 62F checksum.                  (566 aa)
Smith-Waterman score: 1701;   50.346% identity in 578 aa overlap

                                                             10    
MIK19.                                               MADEIVPPATQLAA
                                                                  :
ATAJ64 AATFLPATSLRLTQNSTLRFLSFFTISNPSYSLFRPLRRRVLPPFDAFPANSRRRCFCTA
               10        20        30        40        50        60

              20          30         40               50        60 
MIK19. VS--L-ENDGSTVQ--RAQFSNRV-LIRTILDR-PD--GGA--GLA--GQTVRIGGWVKS
       ::  :  .::. :.  . .:...:  .:  : :  .  :::  ::.  ::.. : :::..
ATAJ64 VSESLGSGDGNKVESYEKRFGSKVGEFRKKL-RIAEVKGGADEGLSRVGQSLNIMGWVRT
               70        80        90        100       110         

              70        80          90         100       110       
MIK19. GRDQGKRTFSFLAVNDGSCPANLQ-VMV-DPSLYD-V-SNLVATGTCVTVDGVLKVPPKG
        :.:.  . .:. .::::: .::: ::. :   :: : :. . ::. :.:.:.. :   .
ATAJ64 LRSQS--SVTFIEINDGSCLSNLQCVMTSDAEGYDQVESGSILTGASVSVQGTI-VA--S
     120         130       140       150       160       170       

       120       130       140       150       160       170       
MIK19. KGTQQQIELNVVKVIDVGTVDASKYPLPKTKLTLETLRDVLHLRSRTNSISAVARIRNAL
       .::.:..::.: :.: ::  :.: ::. : ... : ::   ::: :::...::::.::.:
ATAJ64 QGTKQKVELKVEKIIVVGECDSS-YPIQKKRVSREFLRTKAHLRPRTNTFGAVARVRNTL
          180       190        200       210       220       230   

       180       190       200       210       220       230       
MIK19. AFATHSFFQEHSFLYIHTPIITTSDCEGAGEMFQATTLINYTERLEQDLIDNPPPTEADV
       :.:::.:::: .:... .::::.::::::::.: .::::               :.    
ATAJ64 AYATHKFFQESGFVWVASPIITASDCEGAGEQFCVTTLI---------------PS----
           240       250       260       270                       

       240       250       260       270       280       290       
MIK19. EAARLIVIERGNVVAELKAAKASKEAITAAVAELKIAKETFAHIDERSRLRPGLPK-KDG
                             :.:  :          .:   ::       ..:: : :
ATAJ64 ----------------------SHE-YT----------DT--SID-------AIPKTKGG
                                           280                290  

        300       310       320       330       340       350      
MIK19. NIDYSKDFFGRQAFLTVSGQLQVETYACALSNVYTFGPTFRAENSHTSRHLAEFWMVEPE
        ::.:.::::. :::::::::. :::: :::.:::::::::::::.::::::::::.:::
ATAJ64 LIDWSQDFFGKPAFLTVSGQLNGETYATALSDVYTFGPTFRAENSNTSRHLAEFWMIEPE
            300       310       320       330       340       350  

        360       370       380       390       400       410      
MIK19. IAFADLEDDMNCAEAYVKYMCNWLLEKCYADMELMAKNFDSGCIDRLKLVASTPFGRITY
       .:::::.::: :: ::..:. ...:..:  :::..   ...: : ::. ::   : .. :
ATAJ64 LAFADLDDDMACATAYLQYVVKYVLDNCKEDMEFFDTWIEKGIIRRLSDVAEKEFLQLGY
            360       370       380       390       400       410  

        420       430       440       450        460       470     
MIK19. TKAIELLEEAVAKGKEFDNNVEWGIDLASEHERYLTEVLFQ-KPLIVYNYPKGIKAFYMR
       : :::.: .:   .:.::  :.::.:: ::::::.::  :  .:.:. .::: :::::::
ATAJ64 TDAIEILLKA---NKKFDFPVKWGLDLQSEHERYITEEAFGGRPVIIRDYPKEIKAFYMR
            420          430       440       450       460         

         480       490       500       510       520       530     
MIK19. LNDDEKTVAAMDVLVPKVGELIGGSQREERYDVIKKRIEEMGLPIEPYEWYLDLRRYGTV
        ::: :::::::.:::..:::::::::::: .:.. :..:. :  : : :::::::::.:
ATAJ64 ENDDGKTVAAMDMLVPRIGELIGGSQREERLEVLEARLDELKLNKESYWWYLDLRRYGSV
     470       480       490       500       510       520         

         540       550       560       570  
MIK19. KHCGFGLGFERMILFATGLDNIRDVIPFPRYPGKADL
        : ::::::::.. :.::.::::::::::: :..:..
ATAJ64 PHAGFGLGFERLVQFVTGIDNIRDVIPFPRTPASAEF
     530       540       550       560      

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