SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MIJ24.11 (Universal genetic code) : 710 aa
 vs  library
 searching atap2115 library

    691 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAP2115, 691 bases, 157 checksum.                 (691)1423

>>ATAP2115, 691 bases, 157 checksum.                 (691 aa)
Smith-Waterman score: 1423;   34.081% identity in 713 aa overlap

                                                                   
MIJ24.                                                          MSA
                                                                  :
ATAP21 MNHSNARKLTTLHGFILKRNLSSFHASLKRFSDKKFFNPNHEDGGVVVERLCRANRFGEA
               10        20        30        40        50        60

             10        20        30        40        50        60  
MIJ24. LSVIE-QRLLKWDKLASLVPKSKKTPFPIDRLNELLKVCANSSYLRIGESIHAHLIVTNQ
       ..:.  :.::.  . ..:. ..:: : : .   .:..::...  :. :...: : : :  
ATAP21 IDVLCGQKLLR--EAVQLLGRAKK-P-PASTYCNLIQVCSQTRALEEGKKVHEH-IRT--
               70          80          90       100       110      

             70        80        90       100       110       120  
MIJ24. SSRAEDAYQINSLINLYVKCRETVRARKLFDLMPERNVVSWCAMMKGYQNSGFDFEVLKL
       :. .      : :. .:.::   : :::.:: ::.:.. :: .:..:: . :.  :. ::
ATAP21 SGFVPGIVIWNRLLRMYAKCGSLVDARKVFDEMPNRDLCSWNVMVNGYAEVGLLEEARKL
           120       130       140       150       160       170   

            130       140       150       160       170       180  
MIJ24. FKSMFFSGESRPNEFVATVVFKSCSNSGRIEEGKQFHGCFLKYGLISHEFVRNTLVYMYS
       :  :  . :.    ..: :       .: ...  :            .:    .:: .::
ATAP21 FDEM--T-EKDSYSWTAMV-------TGYVKKD-Q-----------PEE----ALV-LYS
              180              190                   200           

            190       200       210       220       230       240  
MIJ24. LCSGNGEAIRVLDDLPYCDLSVFSSALSGYLECGAFKEGLDVLRKTANEDFVWNNLTYLS
       : .      :: .. :    ..:. ...     .: :     .:. ..:           
ATAP21 LMQ------RVPNSRP----NIFTVSIA-VAAAAAVK----CIRR-GKE-----------
              210           220        230                         

            250       260       270        280       290       300 
MIJ24. SLRLFSNLRDLNLALQVHSRMVRFGFNAEVEAC-GALINMYGKCGKVLYAQRVFDDTHAQ
                       .:...:: :.... :.  ..:..:::::: .  :. .::    .
ATAP21 ----------------IHGHIVRAGLDSD-EVLWSSLMDMYGKCGCIDEARNIFDKIVEK
                     240       250        260       270       280  

             310       320        330       340       350       360
MIJ24. NIFLNTTIMDAYFQDKSFEEALNLFSKM-DTKEVPPNEYTFAILLNSIAELSLLKQGDLL
       ..   :...: ::... ..:...:::..  . : : :::::: .::. :.:.  . :  .
ATAP21 DVVSWTSMIDRYFKSSRWREGFSLFSELVGSCERP-NEYTFAGVLNACADLTTEELGKQV
            290       300       310        320       330       340 

              370       380       390       400       410       420
MIJ24. HGLVLKSGYRNHVMVGNALVNMYAKSGSIEDARKAFSGMTFRDIVTWNTMISGCSHHGLG
       :: . . :.  . .....::.::.: :.::.:... .:    :.:.:...:.::...:  
ATAP21 HGYMTRVGFDPYSFASSSLVDMYTKCGNIESAKHVVDGCPKPDLVSWTSLIGGCAQNGQP
             350       360       370       380       390       400 

              430       440       450       460       470       480
MIJ24. REALEAFDRMIFTGEIPNRITFIGVLQACSHIGFVEQGLHYFNQLMKKFDVQPDIQHYTC
        :::. :: .. .:  :...::..::.::.: :.::.::..: .. .:  ..   .::::
ATAP21 DEALKYFDLLLKSGTKPDHVTFVNVLSACTHAGLVEKGLEFFYSITEKHRLSHTSDHYTC
             410       420       430       440       450       460 

              490       500       510       520       530          
MIJ24. IVGLLSKAGMFKDAEDFMRTAPIEWDVVAWRTLLNACYVRRNYRLGKKVAE--YAIEKYP
       .: ::...: :.. .. .   :.. .   : ..:..: .  :  :....:.  . ::  :
ATAP21 LVDLLARSGRFEQLKSVISEMPMKPSKFLWASVLGGCSTYGNIDLAEEAAQELFKIE--P
             470       480       490       500       510           

      540       550       560       570       580       590        
MIJ24. NDSGVYVLLSNIHAKSREWEGVAKVRSLMNNRGVKKEPGVSWIGIRNQTHVFLAEDNQHP
       ..  .:: ..::.: . .::  .:.:. :.. :: :.:: ::  :. . :::.: :..::
ATAP21 ENPVTYVTMANIYAAAGKWEEEGKMRKRMQEIGVTKRPGSSWTEIKRKRHVFIAADTSHP
     520       530       540       550       560       570         

      600       610       620       630       640       650        
MIJ24. EITLIYAKVKEVMSKIKPLGYSPDVAGAFHDVDEEQREDNLSYHSEKLAVAYGLIKTPEK
         . :   ..:. .:.:  :: : .. ..:::..::.:.:: :::::::::.....: : 
ATAP21 MYNQIVEFLRELRKKMKEEGYVPATSLVLHDVEDEQKEENLVYHSEKLAVAFAILSTEEG
     580       590       600       610       620       630         

      660       670       680       690       700       710
MIJ24. SPLYVTKNVRICDDCHSAIKLISKISKRYIVIRDSNRFHHFLDGQCSCCDYW
       . . : ::.: : :::.:::.::.:.:: :..:::.::: : .::::: :::
ATAP21 TAIKVFKNLRSCVDCHGAIKFISNITKRKITVRDSTRFHCFENGQCSCGDYW
     640       650       660       670       680       690 

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