SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >MHK7.9 (Universal genetic code) : 1029 aa vs library searching atfca15 library 1996 residues in 1 sequences The best scores are: s-w ATFCA15, 1996 bases, 2385 checksum. (1996)2544 >>ATFCA15, 1996 bases, 2385 checksum. (1996 aa) Smith-Waterman score: 2544; 44.465% identity in 1066 aa overlap 10 MHK7.9 MAFSSPSDFKRYHVF :. ATFCA1 MFDDQEIERSQTIAPALIKAIKESRISIILLSKNYASSSWCLDELLEIVKCKEAMGQIVM 10 20 30 40 50 60 20 30 40 50 60 70 MHK7.9 SSFHG--P-DVR--SGFLSHLHNHFESKGITPFKDQEIERGHTIGPELIQAIRESRVSIV . :.: : ::: .: ... :. :.. : :... : . ::. ..:. . ATFCA1 TVFYGVDPSDVRKQTGEFGRSFNETCSRS-T--KEKR--RKWS------QAL--NHVGNI 70 80 90 100 80 90 100 110 120 130 MHK7.9 VLSEKYASSCWANEAELIQKIATDVSNKLNLTPSRDFEGMVGLEAHLTKLDSFLCLESDD . .:.. . : ::...:.::. :.::::: : ::::. :::::::: .. .: :. : ATFCA1 A-GEHFQN--WDNESKMIEKISRDISNKLNSTISRDFDDMVGLEAHLEEMKYLLDLDYKD 110 120 130 140 150 160 140 150 160 170 180 MHK7.9 VKMI-GIWGPAGIGKTTIARALFNQLSTGFRLSCFM----GTID---VNDYDSKLCLQNK :: :: ::::::::::::::.. : ..:.::::. :. : ...: :: ::.. ATFCA1 GAMIVGICGPAGIGKTTIARALYSLLLSSFQLSCFVENLSGS-DNRGLDEYGFKLRLQEQ 170 180 190 200 210 220 190 200 210 220 230 240 MHK7.9 LLSKILNQKDMKIHHLGAIEEWLHNQRVLIVLDDVDDLEQLEVLAKESSWFGHGSRIIVS ::::::::. :.:.:::::.: : .:.::::::::.::.:::.::.:.:::: ::::::. ATFCA1 LLSKILNQNGMRIYHLGAIQERLCDQKVLIVLDDVNDLKQLEALANETSWFGPGSRIIVT 230 240 250 260 270 280 250 260 270 280 290 300 MHK7.9 LNDRKILKAHGINDIYDVDFPSEEEALEILCLSAFKQNSPQDGFEEVAKRVVELCGKLPL .:. .:. :::: : : ::: ::::::.:. ::...:: :::....:::... .::: ATFCA1 TEDKGLLEQHGINKTYHVGFPSIEEALEIFCIYAFRKSSPPDGFKKLTKRVTNVFDNLPL 290 300 310 320 330 340 310 320 330 340 350 360 MHK7.9 GLRVVGSSFYGESEDEWRIQLYGIETNLDRKIENVLRVGYDKLSERHQSLFLHIACFFNH ::::.:::. :..::::. : .::.:::.::..::::::.:.:..:.:::::: :::. ATFCA1 GLRVMGSSLRGKGEDEWEALLDRLETSLDRNIEGALRVGYDSLQEEEQALFLHIAVFFNY 350 360 370 380 390 400 370 380 390 400 410 420 MHK7.9 KSVDYVTTMLADSTLDVENGLKTLAAKSLV--STNGWITMHCLLQQLGRQVVVQQGDPGK .. ..: .:::::.:::..::: :. :::: ::.: :.:: ::::.::... :. .: : ATFCA1 NKDEHVIAMLADSNLDVKQGLKILTNKSLVYRSTSGKIVMHKLLQQVGRKAI-QRQEPWK 410 420 430 440 450 460 430 440 450 460 470 MHK7.9 RQFLVEAKEIRDVLANETGTESVIGISFDISKIETLSISKRAFNRMRNLKFLNFYN---- :..:..:.:: :: :.: :....:::.: : :. . ::. ::.:::::.::. :: ATFCA1 RHILIDAHEICYVLENDTDTRAALGISLDTSGINKVIISEGAFKRMRNLRFLSVYNTRYV 470 480 490 500 510 520 480 490 500 510 520 530 MHK7.9 --GSVSLLEDMEYLPRLRLLYWGSYPRKSLPLTFKPECLVELYMGFSKLEKLWGGIQPLT .:.. ::.:. :.:::: : .::. : .: : :.::::: : :::: ATFCA1 KNDQVDIPEDLEFPPHLRLLRWEAYPK----LDMK-E---------SQLEKLWQGTQPLT 530 540 550 560 540 550 560 570 580 590 MHK7.9 NLKKINLGYSSNLKEIPNLSKATNLKTLTLTGCESLVEIPSSIWNLQKLEMLYASGCIKL ::::..: ::.:::.:.::.::::. : :. :.::::::::. .:.::: : .: :: ATFCA1 NLKKMDLTRSSHLKELPDLSNATNLERLELSYCKSLVEIPSSFSELRKLETLVIHNCTKL 570 580 590 600 610 620 600 610 620 630 640 650 MHK7.9 QVIPTNINLASLEEVNMSNCSRLRSFPDISSNIKRLYVAGTMIKEFPASIVGHWC-RLDF .:.:: ::::::. :: .: .:..:: ::..:.:: . :...:.:.::. : :: ATFCA1 EVVPTLINLASLDFFNMHGCFQLKKFPGISTHISRLVIDDTLVEELPTSII--LCTRLRT 630 640 650 660 670 680 660 670 680 690 700 710 MHK7.9 LQI-GSRSLKRLTHVPESVTHLDLRNSDIKMIPDCVIGLPHLVSLLVENCTKLVSIQGHS :.: :: ..: ::..: :.:.:::: :. : : .: :. . ATFCA1 LMISGSGNFKTLTYLPLSLTYLDLR---------CTGG-----------CRNLKSLP-QL 690 700 710 720 720 730 740 750 760 MHK7.9 P-SLVTLFA-DHCISLKSVCC--SFHGPISKLMFYNCLKLDKESKRGIIQQSGNKSI-CL : :. : : : : ::.:: : :... .. : : ::.::..:..: .:::: .:. : ATFCA1 PLSIRWLNACD-CESLESVACVSSLNSFVD-LNFTNCFKLNQETRRDLIQQSFFRSLRIL 730 740 750 760 770 780 770 780 790 800 810 820 MHK7.9 PGKEIPAEFTHQTIGNLITISLAPGCEEAYSTFSRFKACLLLSPIKNFAFNK--IN--CF ::.:.: :.::. ::..:: : . .:. ::::::...:: . .. : :. : ATFCA1 PGREVPETFNHQAKGNVLTIR--PESDSQFSASSRFKACFVISPTRLITGRKRLISLLCR 790 800 810 820 830 840 830 840 850 860 870 880 MHK7.9 LRSK-GVEISRTTE--SIYPFVSGGSLSEHLFIFCGDLFPEENRSLMDVTPNEILFDFSS : :: : :... . :. : : :. :::: .: : : ...: . .: .::::.:: ATFCA1 LISKNGDSINEVYHCFSL-PDQSPGTQSEHLCLFHYD-FHDRDRYF-EVD-SEILFEFSC 850 860 870 880 890 890 900 910 920 MHK7.9 --SDV-EIVECGVKIFLSSGIEVGYCETGGNRNHHIDGEAEAFKVTQVEN---------S ::. :::.::: . : :. .: ...:. : . :.: .. : ATFCA1 TPSDAYEIVQCGVGTY---GEEIEQISDWSNASEEIETENISDDVNQYRDRHPCKSDKAS 900 910 920 930 940 950 930 940 950 960 970 980 MHK7.9 KHTGHWSWLRKLRLGK-KKMKNNKTELSSRPVSGFSDLTRGIFIRYQEP--EA-VELTKD :...: .: . :.. .: :. ::. : . ..:..: . .. ... .: : : : ATFCA1 KEANHL-YLIYMPLNNFSKEKELKTDASMK-TDGMADPSS--YVNHDRDIDQALVSLKKG 960 970 980 990 1000 1010 990 1000 1010 1020 MHK7.9 ERITDLSSLLCIGS-LVVCFFLS--VF--FGQPL--VVSVLLLFSCFFLQMQ .. : : : :: :: . .: .: :.. ATFCA1 TQLLKYSRK---GRPKFRSFRLSPAVFRRYLRPEKDYLSFSLIYHNGDRSLDLICKDKAE 1020 1030 1040 1050 1060 ATFCA1 TEVWFAGLKSLIRQNRNKQAKSEIPEIHDSDCFSTGRPSTASIDFAPNNTRRGRTSIDLG 1070 1080 1090 1100 1110 1120 ATFCA1 IQNSPTKFGSSDVGYERGNMLRPSTDGFRISVSSTPSCSTGTSGPDDIESLGDVYVWGEV 1130 1140 1150 1160 1170 1180 ATFCA1 WSDGISPDGVVNSTTVKIDIACGVRHIALVTRQGEVFTWEEEAGGRLGHGIQVDVCRPKL 1190 1200 1210 1220 1230 1240 ATFCA1 VEFLALTNIDFVACGEYHTCAVSTSGDLFTWGDGIHNVGLLGHGSDLSHWIPKRVSGPVE 1250 1260 1270 1280 1290 1300 ATFCA1 GLQVLSVACGTWHSALATANGKLFTFGDGAFGVLGHGDRESVSYPKEVKMLSGLKTLKVA 1310 1320 1330 1340 1350 1360 ATFCA1 CGVWHTVAIVEVMNQTGTSTSSRKLFTWGDGDKNRLGHGNKETYLLPTCVSSLIDYNFNQ 1370 1380 1390 1400 1410 1420 ATFCA1 IACGHTFTVALTTSGHVFTMGGTSHGQLGSSNSDGKLPCLVQDRLVGEFVEEISCGDHHV 1430 1440 1450 1460 1470 1480 ATFCA1 AVLTSRSEVFTWGKGSNGRLGHGDKDDRKTPTLVEALRERHVKSISCGADQSVCSGCRQA 1490 1500 1510 1520 1530 1540 ATFCA1 FGFTRKRHNCYNCGLVHCHACSSKKALKAALAPTPGKPHRVCDACYTKLKAGESGYNSNV 1550 1560 1570 1580 1590 1600 ATFCA1 ANRNSTTPTRSLDGTGRPDRDIRSSRILLSPKTEPVKYSEVRSSRSESSIVRASQVPALQ 1610 1620 1630 1640 1650 1660 ATFCA1 QLRDVAFPSSLSAIQNAFKPVASSSTSTLPSGTRSSRISSPPRSSGFSRGMIDTLKKSNG 1670 1680 1690 1700 1710 1720 ATFCA1 VINKEMTKLQSQIKNLKEKCDNQGTEIQRLKKTAREASDLAVKHSSKHKAATEVMKSVAE 1730 1740 1750 1760 1770 1780 ATFCA1 HLRELKEKLPPEVSRCEAFESMNSQAEAYLNASEASESCLPTTSLGMGQRDPTPSTNTQD 1790 1800 1810 1820 1830 1840 ATFCA1 QNIEEKQSSNGGNMRSQEPSGTTEASSSSKGGGKELIEQFEPGVYVTYVLHKNGGKIFRR 1850 1860 1870 1880 1890 1900 ATFCA1 VRFSFFVANGDLMSIKQKNGGIAKKIGCLRVPTPTQPQPPASDSVPTPTQPQPPASDSVP 1910 1920 1930 1940 1950 1960 ATFCA1 TPTQPQPPASPTQPNSDQAEDSKEVLDES 1970 1980 1990 Library scan: 0:00:02 total CPU time: 0:00:09