SSEARCH searches a sequence database
using the Smith-Waterman algorithm
version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197;
W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650
>MHK7.9 (Universal genetic code) : 1029 aa
vs library
searching atfca15 library
1996 residues in 1 sequences
The best scores are: s-w
ATFCA15, 1996 bases, 2385 checksum. (1996)2544
>>ATFCA15, 1996 bases, 2385 checksum. (1996 aa)
Smith-Waterman score: 2544; 44.465% identity in 1066 aa overlap
10
MHK7.9 MAFSSPSDFKRYHVF
:.
ATFCA1 MFDDQEIERSQTIAPALIKAIKESRISIILLSKNYASSSWCLDELLEIVKCKEAMGQIVM
10 20 30 40 50 60
20 30 40 50 60 70
MHK7.9 SSFHG--P-DVR--SGFLSHLHNHFESKGITPFKDQEIERGHTIGPELIQAIRESRVSIV
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ATFCA1 TVFYGVDPSDVRKQTGEFGRSFNETCSRS-T--KEKR--RKWS------QAL--NHVGNI
70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
MHK7.9 VLSEKYASSCWANEAELIQKIATDVSNKLNLTPSRDFEGMVGLEAHLTKLDSFLCLESDD
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ATFCA1 A-GEHFQN--WDNESKMIEKISRDISNKLNSTISRDFDDMVGLEAHLEEMKYLLDLDYKD
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180
MHK7.9 VKMI-GIWGPAGIGKTTIARALFNQLSTGFRLSCFM----GTID---VNDYDSKLCLQNK
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ATFCA1 GAMIVGICGPAGIGKTTIARALYSLLLSSFQLSCFVENLSGS-DNRGLDEYGFKLRLQEQ
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
MHK7.9 LLSKILNQKDMKIHHLGAIEEWLHNQRVLIVLDDVDDLEQLEVLAKESSWFGHGSRIIVS
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ATFCA1 LLSKILNQNGMRIYHLGAIQERLCDQKVLIVLDDVNDLKQLEALANETSWFGPGSRIIVT
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
MHK7.9 LNDRKILKAHGINDIYDVDFPSEEEALEILCLSAFKQNSPQDGFEEVAKRVVELCGKLPL
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ATFCA1 TEDKGLLEQHGINKTYHVGFPSIEEALEIFCIYAFRKSSPPDGFKKLTKRVTNVFDNLPL
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
MHK7.9 GLRVVGSSFYGESEDEWRIQLYGIETNLDRKIENVLRVGYDKLSERHQSLFLHIACFFNH
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ATFCA1 GLRVMGSSLRGKGEDEWEALLDRLETSLDRNIEGALRVGYDSLQEEEQALFLHIAVFFNY
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
MHK7.9 KSVDYVTTMLADSTLDVENGLKTLAAKSLV--STNGWITMHCLLQQLGRQVVVQQGDPGK
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ATFCA1 NKDEHVIAMLADSNLDVKQGLKILTNKSLVYRSTSGKIVMHKLLQQVGRKAI-QRQEPWK
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470
MHK7.9 RQFLVEAKEIRDVLANETGTESVIGISFDISKIETLSISKRAFNRMRNLKFLNFYN----
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ATFCA1 RHILIDAHEICYVLENDTDTRAALGISLDTSGINKVIISEGAFKRMRNLRFLSVYNTRYV
470 480 490 500 510 520
480 490 500 510 520 530
MHK7.9 --GSVSLLEDMEYLPRLRLLYWGSYPRKSLPLTFKPECLVELYMGFSKLEKLWGGIQPLT
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ATFCA1 KNDQVDIPEDLEFPPHLRLLRWEAYPK----LDMK-E---------SQLEKLWQGTQPLT
530 540 550 560
540 550 560 570 580 590
MHK7.9 NLKKINLGYSSNLKEIPNLSKATNLKTLTLTGCESLVEIPSSIWNLQKLEMLYASGCIKL
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ATFCA1 NLKKMDLTRSSHLKELPDLSNATNLERLELSYCKSLVEIPSSFSELRKLETLVIHNCTKL
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640 650
MHK7.9 QVIPTNINLASLEEVNMSNCSRLRSFPDISSNIKRLYVAGTMIKEFPASIVGHWC-RLDF
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ATFCA1 EVVPTLINLASLDFFNMHGCFQLKKFPGISTHISRLVIDDTLVEELPTSII--LCTRLRT
630 640 650 660 670 680
660 670 680 690 700 710
MHK7.9 LQI-GSRSLKRLTHVPESVTHLDLRNSDIKMIPDCVIGLPHLVSLLVENCTKLVSIQGHS
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ATFCA1 LMISGSGNFKTLTYLPLSLTYLDLR---------CTGG-----------CRNLKSLP-QL
690 700 710 720
720 730 740 750 760
MHK7.9 P-SLVTLFA-DHCISLKSVCC--SFHGPISKLMFYNCLKLDKESKRGIIQQSGNKSI-CL
: :. : : : : ::.:: : :... .. : : ::.::..:..: .:::: .:. :
ATFCA1 PLSIRWLNACD-CESLESVACVSSLNSFVD-LNFTNCFKLNQETRRDLIQQSFFRSLRIL
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
MHK7.9 PGKEIPAEFTHQTIGNLITISLAPGCEEAYSTFSRFKACLLLSPIKNFAFNK--IN--CF
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ATFCA1 PGREVPETFNHQAKGNVLTIR--PESDSQFSASSRFKACFVISPTRLITGRKRLISLLCR
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
MHK7.9 LRSK-GVEISRTTE--SIYPFVSGGSLSEHLFIFCGDLFPEENRSLMDVTPNEILFDFSS
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ATFCA1 LISKNGDSINEVYHCFSL-PDQSPGTQSEHLCLFHYD-FHDRDRYF-EVD-SEILFEFSC
850 860 870 880 890
890 900 910 920
MHK7.9 --SDV-EIVECGVKIFLSSGIEVGYCETGGNRNHHIDGEAEAFKVTQVEN---------S
::. :::.::: . : :. .: ...:. : . :.: .. :
ATFCA1 TPSDAYEIVQCGVGTY---GEEIEQISDWSNASEEIETENISDDVNQYRDRHPCKSDKAS
900 910 920 930 940 950
930 940 950 960 970 980
MHK7.9 KHTGHWSWLRKLRLGK-KKMKNNKTELSSRPVSGFSDLTRGIFIRYQEP--EA-VELTKD
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ATFCA1 KEANHL-YLIYMPLNNFSKEKELKTDASMK-TDGMADPSS--YVNHDRDIDQALVSLKKG
960 970 980 990 1000 1010
990 1000 1010 1020
MHK7.9 ERITDLSSLLCIGS-LVVCFFLS--VF--FGQPL--VVSVLLLFSCFFLQMQ
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ATFCA1 TQLLKYSRK---GRPKFRSFRLSPAVFRRYLRPEKDYLSFSLIYHNGDRSLDLICKDKAE
1020 1030 1040 1050 1060
ATFCA1 TEVWFAGLKSLIRQNRNKQAKSEIPEIHDSDCFSTGRPSTASIDFAPNNTRRGRTSIDLG
1070 1080 1090 1100 1110 1120
ATFCA1 IQNSPTKFGSSDVGYERGNMLRPSTDGFRISVSSTPSCSTGTSGPDDIESLGDVYVWGEV
1130 1140 1150 1160 1170 1180
ATFCA1 WSDGISPDGVVNSTTVKIDIACGVRHIALVTRQGEVFTWEEEAGGRLGHGIQVDVCRPKL
1190 1200 1210 1220 1230 1240
ATFCA1 VEFLALTNIDFVACGEYHTCAVSTSGDLFTWGDGIHNVGLLGHGSDLSHWIPKRVSGPVE
1250 1260 1270 1280 1290 1300
ATFCA1 GLQVLSVACGTWHSALATANGKLFTFGDGAFGVLGHGDRESVSYPKEVKMLSGLKTLKVA
1310 1320 1330 1340 1350 1360
ATFCA1 CGVWHTVAIVEVMNQTGTSTSSRKLFTWGDGDKNRLGHGNKETYLLPTCVSSLIDYNFNQ
1370 1380 1390 1400 1410 1420
ATFCA1 IACGHTFTVALTTSGHVFTMGGTSHGQLGSSNSDGKLPCLVQDRLVGEFVEEISCGDHHV
1430 1440 1450 1460 1470 1480
ATFCA1 AVLTSRSEVFTWGKGSNGRLGHGDKDDRKTPTLVEALRERHVKSISCGADQSVCSGCRQA
1490 1500 1510 1520 1530 1540
ATFCA1 FGFTRKRHNCYNCGLVHCHACSSKKALKAALAPTPGKPHRVCDACYTKLKAGESGYNSNV
1550 1560 1570 1580 1590 1600
ATFCA1 ANRNSTTPTRSLDGTGRPDRDIRSSRILLSPKTEPVKYSEVRSSRSESSIVRASQVPALQ
1610 1620 1630 1640 1650 1660
ATFCA1 QLRDVAFPSSLSAIQNAFKPVASSSTSTLPSGTRSSRISSPPRSSGFSRGMIDTLKKSNG
1670 1680 1690 1700 1710 1720
ATFCA1 VINKEMTKLQSQIKNLKEKCDNQGTEIQRLKKTAREASDLAVKHSSKHKAATEVMKSVAE
1730 1740 1750 1760 1770 1780
ATFCA1 HLRELKEKLPPEVSRCEAFESMNSQAEAYLNASEASESCLPTTSLGMGQRDPTPSTNTQD
1790 1800 1810 1820 1830 1840
ATFCA1 QNIEEKQSSNGGNMRSQEPSGTTEASSSSKGGGKELIEQFEPGVYVTYVLHKNGGKIFRR
1850 1860 1870 1880 1890 1900
ATFCA1 VRFSFFVANGDLMSIKQKNGGIAKKIGCLRVPTPTQPQPPASDSVPTPTQPQPPASDSVP
1910 1920 1930 1940 1950 1960
ATFCA1 TPTQPQPPASPTQPNSDQAEDSKEVLDES
1970 1980 1990
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