SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MFO20.P1 (Universal genetic code) : 590 aa
 vs  library
 searching f20p524 library

   1315 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
F20P524, 1315 bases, 5B0 checksum.                 (1315)2289

>>F20P524, 1315 bases, 5B0 checksum.                 (1315 aa)
Smith-Waterman score: 2289;   55.518% identity in 598 aa overlap

F20P52 MTTSIEAKNKLGFVDGSIPKPDDDDPYCKIWRRCNSMVKSWLLNSVSKEIYTSILYFPTA
               10        20        30        40        50        60

F20P52 AAIWKDLYTRFHKSSLPRLYKLRQQIHSLRQGNLDLSSYHTRTQTLWEELTSLQAVPRTV
               70        80        90       100       110       120

F20P52 EDLLIERETNRVIDFLMGLNDCYDTVRSQILMKKTLPSLSEVFNMIDQDETQRSARISTT
              130       140       150       160       170       180

F20P52 PGMTSSVFPVSNQSSQSALNGDTYQKKERPVCSYCSRPGHVEDTCYKKHGYPTSFKSKQK
              190       200       210       220       230       240

F20P52 FVKPSISANAAIGSEEVVNNTSVSTGDLTTSQIQQLVSFLSSKLQPPSTPVQPEVHSISV
              250       260       270       280       290       300

F20P52 SSDPSSSSTVCPISGSVHLGRHLILNDVLFIPQFKFNLLSVSSLTKSMGCRIWFDETSCV
              310       320       330       340       350       360

F20P52 LQDATRELMVGMGKQVANLYIVDLDSLSHPGTDSSITVASVTSHDLWHKRLGHPSVQKLQ
              370       380       390       400       410       420

F20P52 PMSSLLSFPKQKNNTDFHCRVCHISKQKHLPFVSHNNKSSRPFDLIHIDTWGPFSVQTHD
              430       440       450       460       470       480

F20P52 GYRYFLTIVDDYSRATWVYLLRNKSDVLTVIPTFVTMVENQFETTIKGVRSDNAPELNFT
              490       500       510       520       530       540

F20P52 QFYHSKGIVPYHSCPETPQQNSVVERKHQHILNVARSLFFQSHIPISYWGDCILTAVYLI
              550       560       570       580       590       600

F20P52 NRLPAPILEDKCPFEVLTKTVPTYDHIKVFGCLCYASTSPKDRHKFSPRAKACAFIGYPS
              610       620       630       640       650       660

F20P52 GFKGYKLLDLETHSIIVSRHVVFHEELFPFLGSDLSQEEQNFFPDLNPTPPMQRQSSDHV
              670       680       690       700       710       720

                       10         20        30        40         50
MFO20.     VHENIEN-P---PSTSESAPKV-SSKRESRPPGYLQDYFCNAVPDVT-KDVRYPLN
              ..:  :   :...   :.: .:.:... :.:::::.:..: . : ...:    
F20P52 NPSDSSSSVEILPSANPTNNVPEPSVQTSHRKAKKPAYLQDYYCHSVVSSTPHEIR----
              730       740       750       760       770          

               60         70        80        90       100         
MFO20. AYINYTQLSEEFTAYI-CAVNKYPEPCTYAQAKKIKEWLDAMEIEIDALESTNTWSVCSL
        ...: .... . ... : ..:  :: .:..:.:.. : :::  :.: ::.:.:: ::::
F20P52 KFLSYDRINDPYLTFLAC-LDKTKEPSNYTEAEKLQVWRDAMGAEFDFLEGTHTWEVCSL
        780       790        800       810       820       830     

     110       120       130       140       150       160         
MFO20. PQGKKPIGCKWVFKVKLNADGSLERFKARLVAKGYTQREGLDYYDTFSPVAKMTTVKTLL
       :  :. :::.:.::.: :.:::.::.::::::.::::.::.:: .:::::::...:: ::
F20P52 PADKRCIGCRWIFKIKYNSDGSVERYKARLVAQGYTQKEGIDYNETFSPVAKLNSVKLLL
         840       850       860       870       880       890     

     170        180       190       200       210       220        
MFO20. SVAA-IKEWSLHQLDISNAFLNGDLKEEIYMTLPPGYSMKQGGVLPQNPVLKLQKSLYGL
       .::: .:  :: ::::::::::::: ::::: :: ::. .::  :: : : .:.::::::
F20P52 GVAARFK-LSLTQLDISNAFLNGDLDEEIYMRLPQGYASRQGDSLPPNAVCRLKKSLYGL
         900        910       920       930       940       950    

      230       240       250       260       270       280        
MFO20. KQASRQWYLKFSSTLKKLGFKKSHADHTLFTRISGKAYIALLVYVDDIVIAGNNDENIEE
       :::::::::::::::  ::: .:. ::: : .::   .. .:::.:::.::.:::  .. 
F20P52 KQASRQWYLKFSSTLLGLGFIQSYCDHTCFLKISDGIFLCVLVYIDDIIIASNNDAAVDI
          960       970       980       990      1000      1010    

      290       300       310       320       330       340        
MFO20. LKKDLAKAFKLRDLGPMKYFLGLEIARTKEGISVCQRKYTMELLEDTGLLGCRPSTIPME
       ::... . ::::::: .::::::::.:. .:: . ::::...::..:: :::.::.:::.
F20P52 LKSQMKSFFKLRDLGELKYFLGLEIVRSDKGIHISQRKYALDLLDETGQLGCKPSSIPMD
         1020      1030      1040      1050      1060      1070    

      350         360        370       380       390       400     
MFO20. PSLKLSQHND--EHV-IDNPEVYRRLVGKLMYLTITRPDITYAINRLCQFSSSPKNSHLK
       ::. .. :..  . : . .:  ::::.:.::::.:::::::.:.:.: ::: .:...::.
F20P52 PSMVFA-HDSGGDFVEV-GP--YRRLIGRLMYLNITRPDITFAVNKLAQFSMAPRKAHLQ
         1080       1090         1100      1110      1120      1130

         410       420       430       440       450       460     
MFO20. AAQKVVHYLKGTIGLGLFYSSKSDLCLKAYTDADWGSCVDSRRSTSGICMFLGDSLISWK
       :. :...:.::::: :::::. :.: ::.:..::..:: :::::::: ::::::::: ::
F20P52 AVYKILQYIKGTIGQGLFYSATSELQLKVYANADYNSCRDSRRSTSGYCMFLGDSLICWK
             1140      1150      1160      1170      1180      1190

         470       480       490       500       510       520     
MFO20. SKKQNMASSSSAESEYRAMAMGSREIAWLVKLLAEFQVKQTKPVPLFCDSTAAIHIANNA
       :.::...:.::::.:::...... :..::...: :.::  .::. ::::. :::::::: 
F20P52 SRKQDVVSKSSAEAEYRSLSVATDELVWLTNFLKELQVPLSKPTLLFCDNEAAIHIANNH
             1200      1210      1220      1230      1240      1250

         530       540       550       560       570       580     
MFO20. VFHERTKHIENDCHITRDRIEQGMLKTMHVDTTSQLADVLTKPLFPTLFNSLIGKMSLLS
       ::::::::::.::: .:.:. .:... .:..:  :.:: .::::.:. :. ::.::.::.
F20P52 VFHERTKHIESDCHSVRERLLKGLFELYHINTELQIADPFTKPLYPSHFHRLISKMGLLN
             1260      1270      1280      1290      1300      1310

         590
MFO20. IYGSS
       :. ::
F20P52 IFVSS
            

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