SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >MDH9.15 (Universal genetic code) : 1087 aa vs library searching gi:2262101 library 995 residues in 1 sequences The best scores are: s-w gi|2262101 (995)1952 >>gi|2262101 (995 aa) Smith-Waterman score: 1952; 38.830% identity in 1128 aa overlap 10 20 30 40 50 MDH9.1 MASGGKGEKILVSVRVRPQNEKEKARNDICDWECVNNTTIVCN-NNLPERSLFPSTYTFD ::. ::::::::::: :::::.::: :::::.:.:::.:. .:::..: .:::: gi|226 MGGE-EKILVSVRVRPLNEKEKTRNDRCDWECINDTTIICKFHNLPDKS----SYTFD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 MDH9.1 KVFGFDSPTKQVYEDGAKEVALCVLGGINSSIFAYGQTSSGKTYTMCGITKFAMDDIFCY :::::. ::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::::: :::.::::::: : gi|226 KVFGFECPTKQVYDDGAKEVALCVLSGINSSIFAYGQTSSGKTYTMSGITEFAMDDIFAY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 MDH9.1 IQKHT-DRKFTLKFSAIEIYNEAVRDLLSGDNNQR-RLLDDPERGTVVEKLIEETIQDRT :.:: .:::::::::.::::::::::: :.. ::::::: . .: .. : gi|226 IDKHKQERKFTLKFSAMEIYNEAVRDLLCEDSSTPLRLLDDPE--VYIE-FV-----D-- 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 MDH9.1 HLEELLTVCETQRKIGETSLNEVSSRSHQILRLTIESTGREYSPDSSSTLAASVCFIDLA .... :::::::::::.::::::::::::::.....::.::.::::::::.::: gi|226 ----FFAA---QRKIGETSLNEISSRSHQILRLTIESSSQQFSPESSATLAASVCFVDLA 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 MDH9.1 GSERASQTLSAGTRLKEGCHINRSLLTLGTVIRKL-RFDPCDIA--QSQVENLLKST--A ::::::::::::.:::::::::::::::::::::: . : .:.. .:... . gi|226 GSERASQTLSAGSRLKEGCHINRSLLTLGTVIRKLSKGKNGHIPYRDSKLTRILQNSLGG 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 MDH9.1 EERSS---RMD------EQSMFSSMDFDADFRRR-SYDS-TDL--GEPSIINNLTERNFE . :.. :. ::: ... : : .. . .. ..: .: .....: .:.. gi|226 NARTAIICTMSPARSHLEQSR-NTLLF-ATCAKEVTTNAQVNLVVSEKALVKQL-QRELA 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 MDH9.1 FLENSEEDDFLLDDKTPQFSRHNLYDDWEELV--QITD--ERLEDACKEVRCIEPEAEQS .:: : : . : : . .:. :. : : .. ::::::::::: . gi|226 RMEN-E-----LKNLGPA-SASST-SDFYALMLKQKEDTTQEPEDACKEVRCIE----VN 340 350 360 370 380 400 410 420 430 440 450 MDH9.1 SGQPAACESHDSLDDIVDKIAISEVLSPRKEETLPGLEHEQSYNPSTGIEKAENEDMEIS ::. . .:::::::.: :: .::.:. : .: .: . : gi|226 SGEAERVQIQDSLDDIVEK----------KE-------YEQNYE-S---QK---DDADSS 390 400 410 460 470 480 490 500 510 MDH9.1 IPAAKEETLPALEYEQSYNSYTGNERAENEVMEISTPRKDEPLSALEYEQSYNSSTSNEK : :. ...: : :: : ::. : :. . : .. : ::: ... .. : gi|226 I---KN-----IDMELSL--YTKPE-AEDGV---SVKKLIEDVQ--ETEQSVEKQKQSPK 420 430 440 450 460 520 530 540 550 560 570 MDH9.1 AENEDMEISTPAEKENVDLSLKTIDVNAKPETYELTLKNSDLEIGP--SVEAQESQESVN .:.:: . . :.: . . ... :: : .. : : ..:::. ..: gi|226 --KEEME-----QYLSRDMS-EQV-TKSLPEE-EQCVQ----EYGAYDKLEAQDVL-TIN 470 480 490 500 580 590 600 610 620 630 MDH9.1 EEEQMKNEERKMSPSTKQAEQCLNKEENAQSEQQSTEDCELNSLPINNQSEATVEVELTP : :: ..:.:: ..::.. .. ... :: . : : .. ::: . .: gi|226 -----KLEE------SQQTEQSVEKEDTKKNLSSKKEDLKQN-LSMD-QSEQLYK---SP 510 520 530 540 550 640 650 660 670 680 690 MDH9.1 NDAKLDEDATSRDKWESKQQQEADKDCNESSVCKNIGTDDNDNDTYMALKEKVKEMQKKI :: : : : : : . :.: .:: :: :::.::::::: : gi|226 -----PED-------E-K--------CVE--VYE--GSDKDDN-TYEALKKKVKEMQKTI 560 570 580 700 710 720 730 740 750 MDH9.1 EYLMSMHTAEQQQSPSFR--RDFKSPPEYFTAKRSRSCRENLLSVRSPHWFESLEVSNNT ::.::...::..::::: : :: ::: .:::::::::: : : gi|226 EYFMSIQSAEEKQSPSFNIIDDTLSPGEYFKMRRSRSCRENLL-------F--------T 590 600 610 620 760 770 780 790 800 MDH9.1 SPTWRVMQTKASPGRP-NTSSISFDSGSSTSIDTRSLKDYDPEMGNS-FREFVAGLEEMA .. . :: : .:.. :::: ..:.:..:.:: : : ..: :.::.:::.: . gi|226 ----KAAAAAASRGFIFETTNTSFDSDITVSMDAQSIKDSDTETSSSSFHEFMAGLRERT 630 640 650 660 670 680 810 820 830 840 850 MDH9.1 KKHHSI--DST------PE-LDYGIPYAPTKTERMEIRPESPADSVRGNENALPNP-QDI .::: :.: :: : : ::: .: : .: .. . :::: ..: gi|226 MQHHSTHSDDTDTKTMKPENTDDG----GEKTE-FE-RQQSQI--IELWQ--LPNPPSSI 690 700 710 720 730 860 870 880 890 900 910 MDH9.1 NKE---TTDATNNQSQREQVGDSVEEA-KPKETDSTEASQEKLQVAANGQY---SISSSD .. .:. . :... . :: :: .. ...: . : : :. : . gi|226 PTLLLFSSFSTERSPPRRRIRPAPPEALKP----TVIVAEED---GDNDGYESDSLRSRN 740 750 760 770 780 920 930 940 950 960 970 MDH9.1 FERQQ--RKIIELWAACNVPLVHRTYFFLLFKGDPSDYVYMEVELRRLSFLKQTISNDME .:.. :. .. :. . :. :.:: : .. :. : : . . . . gi|226 -QRKRDARRAVK-WG---MELAS-------FSGD---QVK-QI-LKAAS-LGEEVYDALM 790 800 810 820 830 980 990 1000 1010 1020 MDH9.1 TSRMQTVKALTRE--KEWISKQLPKKFPWNQ-RIGLYQKWGVEVNS-KQRSLQVAHKLW- .... . :. . .: . .: . : . : .. . ..: :. . .:. . . gi|226 LAKLMWYNMLSGKLLRE-VEPDLMDTLI-NATKQGDHSTLQTLISSAKDVADDVGDS-YD 840 850 860 870 880 1030 1040 1050 1060 1070 MDH9.1 --TNTQDMDHIK---ESASLVAKLL-GFVEPS-RMPKEMFGL-SL-LPRTENVKSSGWRF :.:.. :. . : ....:. . :.. . .. ::...: :. . : : gi|226 DDTETESEDEEEGSDEYTAMAARWFDGLISQNVELTKEVYSLQSVDFDRQELRKLVRKVQ 890 900 910 920 930 940 1080 MDH9.1 TKSFSAIRLTR gi|226 LVHEQRKGTTEEKQKEVEAALVTAEKSLNQFLCSMAKQVHSEQTDLYL 950 960 970 980 990 Library scan: 0:00:00 total CPU time: 0:00:01