SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MDH9.11 (Universal genetic code) : 517 aa
 vs  library
 searching gi:3582328 library

    738 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gi|3582328                                         (738)1089

>>gi|3582328                                         (738 aa)
Smith-Waterman score: 1089;   35.686% identity in 510 aa overlap

gi|358 MAIFSTAQPLSLPRHPNFSNPNQPTTNNERSRHISLIERCVSLRQLKQTHGHMIRTGTFS
               10        20        30        40        50        60

gi|358 DPYSASKLFAMAALSSFASLEYARKVFDEIPKPNSFAWNTLIRAYASGPDPVLSIWAFLD
               70        80        90       100       110       120

                            10        20         30             40 
MDH9.1              MLHMILSQRVILLRKYHSSANALVTKSP-NS---IPE-LVKHID-S-
                                      : .....::  .:   . . :. :   : 
gi|358 MVSESQCYPNKYTFPFLIKAAAEVSSLSLGQSLHGMAVKSAVGSDVFVANSLI-HCYFSC
              130       140       150       160       170          

                50        60        70        80        90         
MDH9.1 -DLIRNAHKVFDEIPELDVISATAVIGRFVKESRHVEASQAFKRLLCLGIRPNEFTF-GT
        ::  .: :::  : : ::.: ...:. ::...   .: . ::..    .. .. :. : 
gi|358 GDL-DSACKVFTTIKEKDVVSWNSMINGFVQKGSPDKALELFKKMESEDVKASHVTMVG-
     180        190       200       210       220       230        

      100       110        120       130       140       150       
MDH9.1 VIGSSTTSRDVKLGKQLHC-YALKMGLASNVFVGSAVLNCYVKLSTLTDARRCFD--DTR
       :... .  :....:.:. : :  .  .  :. ...:.:. :.: ... ::.: ::  . .
gi|358 VLSACAKIRNLEFGRQV-CSYIEENRVNVNLTLANAMLDMYTKCGSIEDAKRLFDAMEEK
       240       250        260       270       280       290      

         160       170       180       190       200       210     
MDH9.1 DPNVVSITNLISGYLKKHEFEEALSLFRAMPERSVVTWNAVIGGFSQTGRNEEAVNTFVD
       : :: . :....::  ....: :  .. .::....:.:::.:... :.:. .::. .: .
gi|358 D-NV-TWTTMLDGYAISEDYEAAREVLNSMPQKDIVAWNALISAYEQNGKPNEALIVFHE
          300       310       320       330       340       350    

          220       230       240          250       260       270 
MDH9.1 M-LREGVVIPNESTFPCAITAISNIASHGA---GKSIHACAIKFLGKRFNVFVWNSLISF
       . :.... . :. :.   ....:  :. ::   :. ::.  ::  : :.:  : ..:: .
gi|358 LQLQKNMKL-NQITL---VSTLSACAQVGALELGRWIHS-YIKKHGIRMNFHVTSALIHM
          360           370       380        390       400         

             280       290       300       310       320       330 
MDH9.1 YSKCGNMEDSLLAFNKLEEEQRNIVSWNSMIWGYAHNGRGEEAVAMFEKMVKDTNLRPNN
       :::::..: :  .::..  :.:..  :..:: : : .: :.::: :: :: ...:..::.
gi|358 YSKCGDLEKSREVFNSV--EKRDVFVWSAMIGGLAMHGCGNEAVDMFYKM-QEANVKPNG
     410       420         430       440       450        460      

             340       350       360        370       380       390
MDH9.1 VTILGVLFACNHAGLIQEGYMYFNKAVNDYDD-PNLLELEHYACMVDMLSRSGRFKEAEE
       ::. .:. ::.:.::..:.   :..  ..:   :   : .::::.::.:.::: ...: .
gi|358 VTFTNVFCACSHTGLVDEAESLFHQMESNYGIVP---EEKHYACIVDVLGRSGYLEKAVK
        470       480       490       500          510       520   

              400       410       420       430       440       450
MDH9.1 LIKSMPLDPGIGFWKALLGGCQIHSNKRLAKLAASKILELDPRDVSSYVMLSNAYSAMEN
       .:..::. :. . : ::::.:.::.:  ::..: ...:::.::. ...:.::: :. . .
gi|358 FIEAMPIPPSTSVWGALLGACKIHANLNLAEMACTRLLELEPRNDGAHVLLSNIYAKLGK
           530       540       550       560       570       580   

              460       470       480       490       500       510
MDH9.1 WQNVSLIRRKMKETGLKRFTGCSWIEVRDQIRVFVNADKNNELKDEVYRMLALVSQHLEE
       :.::: .:..:. ::::.  ::: ::.  .:. :...:. . ....::  :  : ..:. 
gi|358 WENVSELRKHMRVTGLKKEPGCSSIEIDGMIHEFLSGDNAHPMSEKVYGKLHEVMEKLKS
           590       600       610       620       630       640   

                                                                   
MDH9.1 NECWKDL                                                     
       :                                                           
gi|358 NGYEPEISQVLQIIEEEEMKEQSLNLHSEKLAICYGLISTEAPKVIRVIKNLRVCGDCHS
           650       660       670       680       690       700   

gi|358 VAKLISQLYDREIIVRDRYRFHHFRNGQCSCNDFW
           710       720       730        

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