SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MCA23.9 (Universal genetic code) : 528 aa
 vs  library
 searching gi:3169178 library

    481 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gi|3169178                                         (481)1118

>>gi|3169178                                         (481 aa)
Smith-Waterman score: 1118;   39.212% identity in 482 aa overlap

                                                10        20       
MCA23.                                  MYVNSGFHLCLQSCLVPKCGLLRR-LC
                                           :  :.:  .  :. : :.:.. . 
gi|316 MKFMKLGTKPDSFLSKGDNVRYVTNELETEIIIIIGNVKFYLH-KFPLLSKSGFLQKHIA
               10        20        30        40         50         

           30          40        50        60        70        80  
MCA23. T--DLEES-DTVT-IELNDIPGGADAFELCAKFCYDITINLSAHNLVNALCASKFLRMSD
       :  . ::. . .  :....::::. :::.:.:::: ::..:.:.:.: . ::..::.:..
gi|316 TSKNEEEKKNQIDEIDISEIPGGSVAFEICVKFCYGITVTLNAYNVVAVRCAAEFLEMNE
      60        70        80        90       100       110         

             90       100       110         120       130       140
MCA23. SVDKGNLLPKLEAFFHSCILQGWKDSIVTLQSTTK--LPEWCENLGIVRKCIDSIVEKIL
       . .:.::. :...:..: :...:::::..:: :::  : .  :.:  :..:. ::.    
gi|316 TFEKSNLVYKIDVFLNSTIFRSWKDSIIVLQ-TTKDLLSDDSEEL--VKRCLGSIASTAS
     120       130       140       150        160         170      

              150         160        170       180       190       
MCA23. TPTSEVSWSHTYTRPG-YAK-RQ-HHSVPRDWWTEDISDLDLDLFRCVITAARSTFTLPP
         ::.:.::.::.:     : :. . .::.:::.::. .: .::.. .: : ..   .: 
gi|316 IDTSKVKWSYTYNRKKKLEKVRKPEDGVPKDWWVEDLCELHIDLYKQAIKAIKNRGKVPS
        180       190       200       210       220       230      

       200       210       220       230       240       250       
MCA23. QLIGEALHVYTCRWLPYFKSNSHSGFSVKENEAALERHRRLVNTVVNMIPADKGSVSEGF
       ..::::::.:. : .        .::: ::.   ..:   :.::.....: .::..: .:
gi|316 NVIGEALHAYAIRRI--------AGFS-KESMQLIDRS--LINTIIELLPDEKGNISSSF
        240       250                260         270       280     

       260         270       280       290       300       310     
MCA23. LLRL--VSIASYVRASLTTKTELIRKSSLQLEEATLEDLLLPSHSSSHLHRYDTDLVATV
       : .:  .::  ..    :.: .: .. : ::::.:..:.:.          :: :.: ..
gi|316 LTKLHRASI--FLGCEETVKEKLKKRVSEQLEETTVNDILM----------YDLDMVQSL
         290         300       310       320                 330   

         320       330       340       350       360       370     
MCA23. LESFLMLWRRQSSAHLSSNNTQLLHSIRKVAKLIDSYLQAVAQDVHMPVSKFVSLSEAVP
       .. :.    :. ..:     ...  :   ::::::.::   ..: ..:...:.::.:.. 
gi|316 VKEFM---NRDPKTH-----SKV--S---VAKLIDGYLAEKSRDPNLPLQNFLSLAETLS
              340                 350       360       370       380

         380       390       400       410       420       430     
MCA23. DIARQSHDRLYKAINIFLKVHPEISKEEKKRLCRSLDCQKLSAQVRAHAVKNERMPLRTV
       .. :.::: ::.::..::: :  ::: ::::.:  .::.::::..  :::.:::.:.:..
gi|316 SFPRHSHDVLYRAIDMFLKEHSGISKSEKKRVCGLMDCRKLSAEACEHAVQNERLPMRVI
              390       400       410       420       430       440

         440       450       460       470         480       490   
MCA23. VQALFFDQESGSKGASSRSESQELFTRGKETPTDE--HSMMHKLHLGPASTGKAKNVLEE
       ::.:::.:   ..:.:.   . :: :   .:  ::  :                      
gi|316 VQVLFFEQIR-ANGSSTGYSTPELTTTTLNTEDDEWDHEKEF                  
              450        460       470       480                   

           500       510       520        
MCA23. GCKRGEEKTRSSTDPKKIVWKGTGSEHKHHISRDR

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