SSEARCH searches a sequence database
using the Smith-Waterman algorithm
version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197;
W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650
>MCA23.11 (Universal genetic code) : 754 aa
vs library
searching gnl:PID:e248476 library
893 residues in 1 sequences
The best scores are: s-w
gnl|PID|e248476 (893)3817
>>gnl|PID|e248476 (893 aa)
Smith-Waterman score: 3817; 72.044% identity in 812 aa overlap
10 20 30 40 50 60
MCA23. MCTKLFCWNVRGFNIFSHRRGFKNWFQVNKPLFGGIIETHVKQPKEKKFINDLLPGWSFA
::::::::::::::: :::::::.:: .:::::::.::::::::::::::..:::::::.
gnl|PI MCTKLFCWNVRGFNISSHRRGFKKWFLLNKPLFGGLIETHVKQPKEKKFISNLLPGWSFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
MCA23. ENYQFSVLGKIWVVWDPSVQVVVIAISLQMITCEVLLPGSTAWMVVSIVYASNDEGLRKD
:::.:::::::::.:::::.::::. ::::::::.::: : .:.:::::::::.:: ::.
gnl|PI ENYEFSVLGKIWVLWDPSVKVVVIGRSLQMITCELLLPDSPSWFVVSIVYASNEEGTRKE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
MCA23. LWEEMAQLAISSTVIGLPWIVLGDFNQILNTWDHSNEASQKVDRRIRDFRNCLLDSELQD
::.:..:::.: .:.: :::::::::::: . . .:. . :.:: ::.:::::.: :
gnl|PI LWNELVQLALSPVVVGRSWIVLGDFNQILNP-ESAINAN--IGRKIRAFRSCLLDSDLYD
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
MCA23. LLYKGSTFTWWNKSDSRPVAKKIDRILVNDNWLSLFPSAYALFGEPDFSDHAACGVVMDG
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gnl|PI LVYKGSSYTWWNKCSSRPLAKKIDRILVNDHWNTLFPSAYANFGEPDFSDHSSCEVVLDP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
MCA23. LGQKDRRPFRFFNLLLQNPGLIPLIAEYWFSLSVTGSAMFRVSKKLKLLK-PHIKTFSRD
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gnl|PI AVLKAKRPFRFFNYFLHNPDFLQLIRENWYSCNVSGSAMYRVSKKLKHLKLP-ICCFSRE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
MCA23. NYSDLEKRVLEAHEIVLLCQRNTLNSPSVLHASLELEATRKWLILVRAEESFFCQKSRIT
::::.:::: ::: ::: :: ::..:::.::.::::::::: ::..:::::::::: :.
gnl|PI NYSDIEKRVSEAHAIVLHRQRITLTNPSVVHATLELEATRKWQILAKAEESFFCQKSSIS
300 310 320 330 340 350
360
MCA23. WL-------------------------L--------------------------------
:: :
gnl|PI WLYEGDNNTAYFHKMADMRKSINTINFLIDDFGERIETQQGIKEGIKEHSCNFFESLLCG
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
MCA23. -EGEQSLEQSDMNLLLSYRCSPDQIRDLDASFSDLEIQEAFFSLPRNKTCGPDGYSSEFF
:::.:: :::::::::.::: ::: ::. :::::.::::::::::::. ::::::::::
gnl|PI VEGENSLAQSDMNLLLSFRCSVDQINDLERSFSDLDIQEAFFSLPRNKASGPDGYSSEFF
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
MCA23. KGAWSIVGPEVIDAVQEFFRSGQLLKQWNATSLVLIPKIPNASRMTDFGPISCLNILYKV
::.: .::::: .::::::::::::::::::.::::::: :.:.:::: :::::: ::::
gnl|PI KGVWFVVGPEVTEAVQEFFRSGQLLKQWNATTLVLIPKITNSSKMTDFRPISCLNTLYKV
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
MCA23. IARLLTSRLKILLYQVISPSQSAFLPGRLLAENVLLATEIVHGYNWRSIEPRGMLKVDLR
::.::::::: :: .:::::::::::::::.:::::::::::::: ..: :::::::::
gnl|PI IAKLLTSRLKKLLNEVISPSQSAFLPGRLLSENVLLATEIVHGYNTKNISSRGMLKVDLR
540 550 560 570 580 590
550 560 570 580 590 600
MCA23. KAFDSVRWDFIISALRALLVPEKFINWIHQCISTPTFSISVNGASGGFFKSSKGLRQGDP
::::::::::::::.::: :::::. ::.:::::: ::. :::.:.:::::.::::::::
gnl|PI KAFDSVRWDFIISAFRALAVPEKFVCWINQCISTPYFSVMVNGSSSGFFKSNKGLRQGDP
600 610 620 630 640 650
610 620 630 640 650 660
MCA23. LSPYLFVLAMEVFSCLLKSTFDAGFVHYHPKTSELQISHLMFADDVMVFFDGGSSSLHGI
:::::::::::::: :::. ::::...:::::..:.::::::::::::::::::::::::
gnl|PI LSPYLFVLAMEVFSSLLKARFDAGYIQYHPKTADLSISHLMFADDVMVFFDGGSSSLHGI
660 670 680 690 700 710
670 680 690 700 710 720
MCA23. SEALDDFASWSGLTVNKDKTHLYLAATDQSEALAISRYGFPTSSLPIRYLGLPLMCRKLK
::::::::::::: ::::::.::::.::. ::::::.:::: :.::::::::::: ::::
gnl|PI SEALDDFASWSGLHVNKDKTNLYLAGTDEVEALAISHYGFPISTLPIRYLGLPLMSRKLK
720 730 740 750 760 770
730 740 750
MCA23. ILEYEPLMEKLIKRFRSWAVKSLSFAGRVQLIA
: ::: :.::::::::::::::::::::.
gnl|PI ISEYE-----LVKRFRSWAVKSLSFAGRVQLITSVITGLVNFWMSTFVLLLGCVKKIESL
780 790 800 810 820 830
gnl|PI CSRFLWSGSIDASKGAKIAWSGVCLPKNEGGVALRRFTPWNKTFYLRFIWPLFADNDVLW
840 850 860 870 880 890
gnl|PI AN
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