SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MCA23.11 (Universal genetic code) : 754 aa
 vs  library
 searching gnl:PID:e248476 library

    893 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gnl|PID|e248476                                    (893)3817

>>gnl|PID|e248476                                    (893 aa)
Smith-Waterman score: 3817;   72.044% identity in 812 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MCA23. MCTKLFCWNVRGFNIFSHRRGFKNWFQVNKPLFGGIIETHVKQPKEKKFINDLLPGWSFA
       ::::::::::::::: :::::::.:: .:::::::.::::::::::::::..:::::::.
gnl|PI MCTKLFCWNVRGFNISSHRRGFKKWFLLNKPLFGGLIETHVKQPKEKKFISNLLPGWSFV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
MCA23. ENYQFSVLGKIWVVWDPSVQVVVIAISLQMITCEVLLPGSTAWMVVSIVYASNDEGLRKD
       :::.:::::::::.:::::.::::. ::::::::.::: : .:.:::::::::.:: ::.
gnl|PI ENYEFSVLGKIWVLWDPSVKVVVIGRSLQMITCELLLPDSPSWFVVSIVYASNEEGTRKE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
MCA23. LWEEMAQLAISSTVIGLPWIVLGDFNQILNTWDHSNEASQKVDRRIRDFRNCLLDSELQD
       ::.:..:::.: .:.:  ::::::::::::  . . .:.  . :.:: ::.:::::.: :
gnl|PI LWNELVQLALSPVVVGRSWIVLGDFNQILNP-ESAINAN--IGRKIRAFRSCLLDSDLYD
              130       140       150          160       170       

              190       200       210       220       230       240
MCA23. LLYKGSTFTWWNKSDSRPVAKKIDRILVNDNWLSLFPSAYALFGEPDFSDHAACGVVMDG
       :.::::..::::: .:::.:::::::::::.: .::::::: :::::::::..: ::.: 
gnl|PI LVYKGSSYTWWNKCSSRPLAKKIDRILVNDHWNTLFPSAYANFGEPDFSDHSSCEVVLDP
       180       190       200       210       220       230       

              250       260       270       280       290          
MCA23. LGQKDRRPFRFFNLLLQNPGLIPLIAEYWFSLSVTGSAMFRVSKKLKLLK-PHIKTFSRD
          : .::::::: .:.:: .. :: : :.: .:.::::.::::::: :: : :  :::.
gnl|PI AVLKAKRPFRFFNYFLHNPDFLQLIRENWYSCNVSGSAMYRVSKKLKHLKLP-ICCFSRE
       240       250       260       270       280        290      

     300       310       320       330       340       350         
MCA23. NYSDLEKRVLEAHEIVLLCQRNTLNSPSVLHASLELEATRKWLILVRAEESFFCQKSRIT
       ::::.:::: ::: :::  :: ::..:::.::.::::::::: ::..:::::::::: :.
gnl|PI NYSDIEKRVSEAHAIVLHRQRITLTNPSVVHATLELEATRKWQILAKAEESFFCQKSSIS
        300       310       320       330       340       350      

     360                                                           
MCA23. WL-------------------------L--------------------------------
       ::                         :                                
gnl|PI WLYEGDNNTAYFHKMADMRKSINTINFLIDDFGERIETQQGIKEGIKEHSCNFFESLLCG
        360       370       380       390       400       410      

             370       380       390       400       410       420 
MCA23. -EGEQSLEQSDMNLLLSYRCSPDQIRDLDASFSDLEIQEAFFSLPRNKTCGPDGYSSEFF
        :::.:: :::::::::.::: ::: ::. :::::.::::::::::::. ::::::::::
gnl|PI VEGENSLAQSDMNLLLSFRCSVDQINDLERSFSDLDIQEAFFSLPRNKASGPDGYSSEFF
        420       430       440       450       460       470      

             430       440       450       460       470       480 
MCA23. KGAWSIVGPEVIDAVQEFFRSGQLLKQWNATSLVLIPKIPNASRMTDFGPISCLNILYKV
       ::.: .::::: .::::::::::::::::::.::::::: :.:.:::: :::::: ::::
gnl|PI KGVWFVVGPEVTEAVQEFFRSGQLLKQWNATTLVLIPKITNSSKMTDFRPISCLNTLYKV
        480       490       500       510       520       530      

             490       500       510       520       530       540 
MCA23. IARLLTSRLKILLYQVISPSQSAFLPGRLLAENVLLATEIVHGYNWRSIEPRGMLKVDLR
       ::.::::::: :: .:::::::::::::::.:::::::::::::: ..:  :::::::::
gnl|PI IAKLLTSRLKKLLNEVISPSQSAFLPGRLLSENVLLATEIVHGYNTKNISSRGMLKVDLR
        540       550       560       570       580       590      

             550       560       570       580       590       600 
MCA23. KAFDSVRWDFIISALRALLVPEKFINWIHQCISTPTFSISVNGASGGFFKSSKGLRQGDP
       ::::::::::::::.::: :::::. ::.:::::: ::. :::.:.:::::.::::::::
gnl|PI KAFDSVRWDFIISAFRALAVPEKFVCWINQCISTPYFSVMVNGSSSGFFKSNKGLRQGDP
        600       610       620       630       640       650      

             610       620       630       640       650       660 
MCA23. LSPYLFVLAMEVFSCLLKSTFDAGFVHYHPKTSELQISHLMFADDVMVFFDGGSSSLHGI
       :::::::::::::: :::. ::::...:::::..:.::::::::::::::::::::::::
gnl|PI LSPYLFVLAMEVFSSLLKARFDAGYIQYHPKTADLSISHLMFADDVMVFFDGGSSSLHGI
        660       670       680       690       700       710      

             670       680       690       700       710       720 
MCA23. SEALDDFASWSGLTVNKDKTHLYLAATDQSEALAISRYGFPTSSLPIRYLGLPLMCRKLK
       ::::::::::::: ::::::.::::.::. ::::::.:::: :.::::::::::: ::::
gnl|PI SEALDDFASWSGLHVNKDKTNLYLAGTDEVEALAISHYGFPISTLPIRYLGLPLMSRKLK
        720       730       740       750       760       770      

             730       740       750                               
MCA23. ILEYEPLMEKLIKRFRSWAVKSLSFAGRVQLIA                           
       : :::     :.::::::::::::::::::::.                           
gnl|PI ISEYE-----LVKRFRSWAVKSLSFAGRVQLITSVITGLVNFWMSTFVLLLGCVKKIESL
        780            790       800       810       820       830 

gnl|PI CSRFLWSGSIDASKGAKIAWSGVCLPKNEGGVALRRFTPWNKTFYLRFIWPLFADNDVLW
             840       850       860       870       880       890 

gnl|PI AN
         

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:00