SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K21P3.13 (Universal genetic code) : 519 aa
 vs  library
 searching gi:3342556 library

    532 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gi|3342556                                         (532)2318

>>gi|3342556                                         (532 aa)
Smith-Waterman score: 2318;   68.321% identity in 524 aa overlap

               10        20        30        40        50          
K21P3. MSLRPSTKTEIRRIRYKVSVDAEEGRRRREDFLVEIRKSKRNENLMKKRR--VKVLP--P
       :::::..:::.:: ::::.:::::::::::: .::::::::.:.::::::  ...:   :
gi|334 MSLRPNAKTEVRRNRYKVAVDAEEGRRRREDNMVEIRKSKREESLMKKRREGMQALQGFP
               10        20        30        40        50        60

         60         70        80        90       100       110     
K21P3. DYKLISNDP-FESLLEIANMITGVFSDDPSLQLEYTTRFRVVLSFDRSPPTDNVIKSGVV
       . .  : :  ..::    .:..::.::::.:::: ::.:: .::..:::: ..::..:::
gi|334 SASAASVDKKLDSL---KDMVAGVWSDDPALQLESTTQFRKLLSIERSPPIEEVISAGVV
               70           80        90       100       110       

         120       130       140       150       160       170     
K21P3. PRFVEFLKKDDNPKLQFEAAWALTNIASGASEHTKVVIDHGVVPLFVQLLASPDDDVREQ
       :::::::::.: : .::::::::::::::.:.::::::::..::.::::::::.::::::
gi|334 PRFVEFLKKEDYPAIQFEAAWALTNIASGTSDHTKVVIDHNAVPIFVQLLASPSDDVREQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
K21P3. AIWGLGNVAGDSIQCRDFVLNSGAFIPLLHQLNNHATLSILRNATWTLSNFFRGKPSPPF
       :.:.:::::::: .:::.::. ::..:::.:::.:: ::.::::::::::: ::::.: :
gi|334 AVWALGNVAGDSPRCRDLVLGCGALLPLLNQLNEHAKLSMLRNATWTLSNFCRGKPQPHF
       180       190       200       210       220       230       

         240       250       260       270       280       290     
K21P3. DLVKHVLPVLKRLVYSDDEQVLIDACWALSNLSDASNENIQSVIEAGVVPRLVELLQHAS
       : :: .::.:.::..::::.:: ::::::: :::..:..::.::.:::::.::::: : :
gi|334 DQVKPALPALERLIHSDDEEVLTDACWALSYLSDGTNDKIQTVIQAGVVPKLVELLLHHS
       240       250       260       270       280       290       

         300       310       320       330       340       350     
K21P3. PVVLVPALRCIGNIVSGNSQQTHCVINCGVLPVLADLLTQNHMRGIRREACWTISNITAG
       : ::.:::: .::::.:.. ::.:::: :.:: ::.:::::: ..:..::::::::::::
gi|334 PSVLIPALRTVGNIVTGDDIQTQCVINSGALPCLANLLTQNHKKSIKKEACWTISNITAG
       300       310       320       330       340       350       

         360        370       380       390       400       410    
K21P3. LEEQIQSVIDANLI-PSLVNLAQHAEFDIKKEAIWAISNASVGGSPNQIKYLVEQNCIKA
        ..:::.:..:::: : ::.: :.::::::::: ::::::. ::: .::::::::.::: 
gi|334 NKDQIQTVVEANLISP-LVSLLQNAEFDIKKEAAWAISNATSGGSHDQIKYLVEQGCIKP
       360       370        380       390       400       410      

          420       430       440          450       460       470 
K21P3. LCDILVCPDLRIILVSLGGLEMILIAGEVDKNLR---DVNCYSQMIEDAEGLEKIENLQH
       :::.::::: ::: : : ::: :: .::..:::    :.: :.:.:.:::::::::::: 
gi|334 LCDLLVCPDPRIITVCLEGLENILKVGEAEKNLGHTGDMNYYAQLIDDAEGLEKIENLQS
        420       430       440       450       460       470      

             480       490       500       510                    
K21P3. HGNNEIYEKAVKILQTYGLVEEDGRLVEEEDEGGDGCSHPEFQFDFSR           
       : ::::::::::::.:: : ::: .   ..  : :: :.  :::               
gi|334 HDNNEIYEKAVKILETYWLEEEDDE--TQQPPGVDG-SQAGFQFGGNQAPVPSGGFNFS
        480       490       500         510        520       530  

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