SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K1F13.14 (Universal genetic code) : 603 aa
 vs  library
 searching atfca29 library

    722 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATFCA29, 722 bases, BC7 checksum.                  (722)1534

>>ATFCA29, 722 bases, BC7 checksum.                  (722 aa)
Smith-Waterman score: 1534;   38.301% identity in 624 aa overlap

ATFCA2 MTLPPPIASTAANTILEKLSFCKSLNHIKQLHAHILRTVINHKLNSFLFNLSVSSSSINL
               10        20        30        40        50        60

                                                                   
K1F13.                                                          MSC
                                                                .. 
ATFCA2 SYALNVFSSIPSPPESIVFNPFLRDLSRSSEPRATILFYQRIRHVGGRLDQFSFLPILKA
               70        80        90       100       110       120

            10        20        30        40        50        60   
K1F13. LQRCSKQEELKQIHARMLKTGLMQDSYAITKFLSFCISSTSSDFLPYAQIVFDGFDRPDT
       ... :   :  ..:.  .: . . : .. : :...  .: .   . ::. ::: ... :.
ATFCA2 VSKVSALFEGMELHGVAFKIATLCDPFVETGFMDM-YASCGR--INYARNVFDEMSHRDV
              130       140       150        160         170       

            70            80        90       100       110         
K1F13. FLWNLMIRGFSCS----DEPERSLLLYQRMLCSSAPHNAYTFPSLLKACSNLSAFEETTQ
         :: ::. . :     ::  .   :...:  .:   :..  :. .  :. .::  .: .
ATFCA2 VTWNTMIERY-CRFGLVDEAFK---LFEEMK-DS---NVM--PDEMILCNIVSACGRTGN
       180        190          200             210       220       

     120         130           140       150       160        170  
K1F13. IHAQ--ITKLGYENDV----YAVNSLINSYAVTGNFKLAHLLFDRIPEPDD-VSWNSVIK
       .. .  : ..  ::::    . ...:.. :: .: . .:. .: ..   .  :: .....
ATFCA2 MRYNRAIYEFLIENDVRMDTHLLTALVTMYAGAGCMDMAREFFRKMSVRNLFVS-TAMVS
       230       240       250       260       270       280       

            180       190       200       210       220       230  
K1F13. GYVKAGKMDIALTLFRKMAEKNAISWTTMISGYVQADMNKEALQLFHEMQNSDVEPDNVS
       :: : :..: : ..: .  .:. . ::::::.::..:. .:::..:.::  : ..:: ::
ATFCA2 GYSKCGRLDDAQVIFDQTEKKDLVCWTTMISAYVESDYPQEALRVFEEMCCSGIKPDVVS
        290       300       310       320       330       340      

            240       250         260       270       280       290
K1F13. LANALSACAQLGALEQGKWIHS--YLNKTRIRMDSVLGCVLIDMYAKCGEMEEALEVFKN
       . ...::::.:: :...::.::  ..:  . .. :. . .::.:::::: .. . .::..
ATFCA2 MFSVISACANLGILDKAKWVHSCIHVNGLESEL-SI-NNALINMYAKCGGLDATRDVFEK
        350       360       370        380        390       400    

              300       310       320       330       340       350
K1F13. IKKKSVQAWTALISGYAYHGHGREAISKFMEMQKMGIKPNVITFTAVLTACSYTGLVEEG
       . ...: .:...:.. ..::.. .:.: : .:.. ...:: .::..:: .::..::::::
ATFCA2 MPRRNVVSWSSMINALSMHGEASDALSLFARMKQENVEPNEVTFVGVLYGCSHSGLVEEG
          410       420       430       440       450       460    

              360       370       380       390       400       410
K1F13. KLIFYSMERDYNLKPTIEHYGCIVDLLGRAGLLDEAKRFIQEMPLKPNAVIWGALLKACR
       : :: ::  .::. : .:::::.:::.:::.:: :: . :. ::.  :.::::.:..:::
ATFCA2 KKIFASMTDEYNITPKLEHYGCMVDLFGRANLLREALEVIESMPVASNVVIWGSLMSACR
          470       480       490       500       510       520    

              420       430       440       450       460       470
K1F13. IHKNIELGEEIGEILIAIDPYHGGRYVHKANIHAMDKKWDKAAETRRLMKEQGVAKVPGC
       :: ..:::.  .. .. ..: : :  :  .::.: ...:. . . ::.:.:..: :  : 
ATFCA2 IHGELELGKFAAKRILELEPDHDGALVLMSNIYAREQRWEDVRNIRRVMEEKNVFKEKGL
          530       540       550       560       570       580    

              480       490        500       510       520         
K1F13. STISLEGTTHEFLAGDRSHPEIEKIQSKW-RIMRRKLEENGYVPELEEMLLDLVDDDERE
       : :. .: .:::: ::. : . ..: .:  ...  ::.  ::::.   .:.: :...:..
ATFCA2 SRIDQNGKSHEFLIGDKRHKQSNEIYAKLDEVVS-KLKLAGYVPDCGSVLVD-VEEEEKK
          590       600       610        620       630        640  

     530       540            550         560       570       580  
K1F13. AIVHQHSEKLAITYGLI---KT--KP--GTIIRIMKNLRVCKDCHKVTKLISKIYKRDIV
        .:  ::::::. .::.   :   :   : .:::.::::::.:::   ::.::.:.:.:.
ATFCA2 DLVLWHSEKLALCFGLMNEEKEEEKDSCG-VIRIVKNLRVCEDCHLFFKLVSKVYEREII
            650       660       670        680       690       700 

            590       600   
K1F13. MRDRTRFHHFRDGKCSCGDYW
       .::::::: ...: ::: :::
ATFCA2 VRDRTRFHCYKNGLCSCRDYW
             710       720  

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