SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K19B1.9 (Universal genetic code) : 556 aa
 vs  library
 searching luhfis1ge library

    551 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
LUHFIS1GE, 551 bases, 5B2 checksum.                (551)3120

>>LUHFIS1GE, 551 bases, 5B2 checksum.                (551 aa)
Smith-Waterman score: 3120;   81.038% identity in 559 aa overlap

               10         20        30        40        50         
K19B1. MYRVFASRALRAKSLCD-KSSTSLASLTLSRLNHSIPFATVDAEELSGAHPAEVMSIVQG
       ::: ...: ::  :.   :.:. .:     :..::.:::::::::::::.::::...:::
LUHFIS MYRPLVARLLR-DSVATRKGSSHFAR----RFSHSLPFATVDAEELSGAKPAEVLNLVQG
               10         20            30        40        50     

      60         70        80        90       100       110        
K19B1. KWIGSSN-HNTLLDPLNGEPFIKVAEVDESGTQPFVDSLSQCPKHGLHNPFKSPERYLLY
       .: :::. : :..::::::::::::::::.  .:::.:::.:::::::::::::::::::
LUHFIS NWGGSSSWH-TVVDPLNGEPFIKVAEVDETEIKPFVESLSKCPKHGLHNPFKSPERYLLY
          60         70        80        90       100       110    

      120       130       140       150       160       170        
K19B1. GDISTKAAHMLALPKVADFFARLIQRVAPKSYQQAAGEVFVTRKFLENFCGDQVRFLARS
       :::::::.:::..:::..::::::::::::::.:: ::: ::.::.::: ::::::::::
LUHFIS GDISTKAGHMLSIPKVSEFFARLIQRVAPKSYHQALGEVQVTQKFFENFTGDQVRFLARS
          120       130       140       150       160       170    

      180       190       200       210       220       230        
K19B1. FAIPGNHLGQQSHGYRWPYGPVTIVTPFNFPLEIPLLQLMGALYMGNKPLLKVDSKVSIV
       :..:::::::::.:.:::.:::.:.::::::::::.::::::::::::::::::::::::
LUHFIS FGVPGNHLGQQSNGFRWPFGPVAIITPFNFPLEIPVLQLMGALYMGNKPLLKVDSKVSIV
          180       190       200       210       220       230    

      240       250       260       270       280       290        
K19B1. MEQMMRLLHYCGLPAEDVDFINSDGKTMNKILLEANPRMTLFTGSSRVAEKLALDLKGRI
       ::::::::::::::. :.::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
LUHFIS MEQMMRLLHYCGLPVGDADFVNSDGKAMNKILLEANPRMTLFTGSSRVAEKLALDLKGRI
          240       250       260       270       280       290    

      300       310       320       330       340       350        
K19B1. RLEDAGFDWKVLGPDVQEVDYVAWQCDQDAYACSGQKCSAQSMLFVHENWSKTPLVSKLK
       .:::::::::.:::::.:.::::: :::::::::::::::::.::.::::. :::.:.::
LUHFIS KLEDAGFDWKILGPDVNEADYVAWVCDQDAYACSGQKCSAQSILFMHENWAATPLISRLK
          300       310       320       330       340       350    

      360       370       380       390       400       410        
K19B1. ELAERRKLEDLTIGPVLTFTTEAMLEHMENLLQIPGSKLLFGGKELKNHSIPSIYGALEP
       ::::::::::::.::::: ::::::.:...::::::.::::::: :.::.:::::::..:
LUHFIS ELAERRKLEDLTVGPVLTVTTEAMLDHLNKLLQIPGAKLLFGGKPLENHTIPSIYGAVKP
          360       370       380       390       400       410    

      420       430        440       450       460       470       
K19B1. TAVYVPIEEILK-DNKTYELVTKEIFGPFQIVTEYKKDQLPLVLEALERMHAHLTAAVVS
       ::::::.::::: .:  :::::::::::::.:::::..:::.::::::::::::::::::
LUHFIS TAVYVPLEEILKVSN--YELVTKEIFGPFQVVTEYKNSQLPMVLEALERMHAHLTAAVVS
          420         430       440       450       460       470  

       480       490       500       510       520       530       
K19B1. NDPIFLQEVIGNSVNGTTYAGLRGRTTGAPQNHWFGPAGDPRGAGIGTPEAIKLVWSCHR
       :: .::::::::.::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
LUHFIS NDQLFLQEVIGNTVNGTTYAGLRARTTGAPQNHWFGPAGDPRGAGIGTPEAIKLVWSCHR
            480       490       500       510       520       530  

       540       550      
K19B1. EVIYDYGPVPQGWELPPST
       :.::: ::: . ::.::::
LUHFIS EIIYDIGPVSHHWEIPPST
            540       550 

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