SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K19B1.13 (Universal genetic code) : 586 aa
 vs  library
 searching ac00034821 library

    622 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
AC00034821, 622 bases, 1F78 checksum.              (622)1258

>>AC00034821, 622 bases, 1F78 checksum.              (622 aa)
Smith-Waterman score: 1258;   40.129% identity in 618 aa overlap

                                                                   
K19B1.                                                      MAARELD
                                                            .:. :::
AC0003 MSVHGRFPASPPISLSPSSSSTSPSSQSPSTPPDLKQRVIACLNKLADRDTLALASAELD
               10        20        30        40        50        60

        10        20        30         40        50        60      
K19B1. LMARQIDPSSSSGNLQSFISVILSVDTGDK-PAVRKHCIHLLAVLSVSLPLNSLSPFLSK
        .::..  .: :     :.. : ..:.. : : :::.:. ::.:::     .::.: :.:
AC0003 SIARNLTHDSFS----PFLNCIHNTDSSVKSP-VRKQCVALLSVLS-RYHGDSLTPHLAK
               70            80         90       100        110    

         70        80        90       100       110       120      
K19B1. ILTRITRRLRDPDSSIRSTCVAAVSAISSRTTKPPFYSAFMKPLADTLFTEQEVNAQIGA
       ... . :::::::::.::.:..:.. .:...:. :: :.  ::: .::. : . : ::::
AC0003 MVSTVIRRLRDPDSSVRSACAVATADMSAHVTRQPFASV-AKPLIETLIQEGDSNLQIGA
          120       130       140       150        160       170   

        130       140       150       160       170       180      
K19B1. ALCLAAAIDSASDPDPVRLGQTLLPRLEKLVKCNAFKAKSAGVVVIGSVIGAGGLSGTS-
       ::::::..:.:.::.  .: ..: :.. ::.: ..::::.: . ..::.: ::: .::. 
AC0003 ALCLAASVDAATDPESEQLRKSL-PKIGKLLKSDGFKAKAALLSAVGSIITAGG-AGTKP
           180       190        200       210       220        230 

         190       200       210       220        230       240    
K19B1. VSSGGLKGLVDCLLSFLVSEDWAARKAAAEALGRLATMERNELG-EFKAKCLKIFESRKY
       :    :  ::  :. :: ::::::::.::::::..:: :  .:. ..:  :   .:::..
AC0003 V----LDWLVPVLIEFLSSEDWAARKSAAEALGKVATAE--DLASQYKKTCTTALESRRF
                 240       250       260         270       280     

          250       260        270        280       290            
K19B1. DKVKAVREVMNQMMEAWKQVP-DLSEE-VSPPRSNASSKGDASDGRYPSGSR-----VG-
       ::::.:::.::. .. ::.:  : .:  .:: ::   :  :.. : . : .:     :: 
AC0003 DKVKSVRETMNRALNLWKEVSTD-DEASLSPSRS---STDDGNIGCFSSVTRSSTIDVGL
         290       300        310          320       330       340 

          300       310          320       330          340        
K19B1. -ST-PAKSRTHLVNRSTP--P-GSSLATTARKQANRKSIDQKK-TSLT--ASLT--K-PN
        :. : :  : ...:: :  : . : :.: :.. :  . .: . : :.  :: .  : :.
AC0003 KSARPKKV-TPIMKRS-PSLPVNRSYAAT-RQKENLPKRNQGNMTMLVEEASSVDNKGPH
              350        360        370       380       390        

               350         360       370       380       390       
K19B1. ---VRR---RLEWKA--GGASIPTGVSLEDEQHCDHDENAKETSHSSHNTVQKLGGVSSS
          :..   . : ::  ::   :  .     .:   .:...: :.     :...::. : 
AC0003 FTPVKKSSEETEEKANSGG---PDII-----KHTI-SEKSREDSK-----VSSFGGLRS-
      400       410          420             430            440    

       400        410        420       430       440       450     
K19B1. LNGN-IPPSGATMVTGHHVLS-ENPNSNNCKGLEDISLIRNQLVQIEQQQANLMDLLQRF
         :. . : .     :  : . ..   .. :  :..::::.::. ::.::..:.::::.:
AC0003 --GSRVAPCSD---DGDSVKNCKDDVEESKKDSEELSLIREQLALIENQQSSLLDLLQKF
             450          460       470       480       490        

         460       470       480       490          500        510 
K19B1. VGSSQHGMRGLETRVHGLELALDEISYDLAVSNGRM---SNGSSRNNCCLLPSGS-FIKS
       .:.:: :...::.:: :::.:::::: ::::::::.   :.: . ..:  :: :. :.. 
AC0003 MGTSQSGIQSLESRVSGLEMALDEISCDLAVSNGRVPRNSSGCAGDSCSKLP-GTEFLSP
      500       510       520       530       540       550        

                 520       530       540       550       560       
K19B1. KFWKKHD----SKYSASRMSTYRNRNAETTEIQNSRHRFNGSPGFIVNPLAEIRPDNDLQ
       :::.: .    .. .:..:..: .   :.:. .:.. : .::  :      . :   : :
AC0003 KFWRKTEERPRNRNTANEMAAYDQGMRESTDTNNGQ-R-GGSV-F------QKRSRRD-Q
       560       570       580       590                600        

       570       580      
K19B1. VNNLCYVDSSQCFFVEELI
        .. :.  . :        
AC0003 FQD-CMHTTLQKPTTR   
       610        620     

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