SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K19B1.12 (Universal genetic code) : 476 aa
 vs  library
 searching ntu58971 library

    551 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
NTU58971, 551 bases, 1E54 checksum.                (551)1028

>>NTU58971, 551 bases, 1E54 checksum.                (551 aa)
Smith-Waterman score: 1028;   39.362% identity in 470 aa overlap

               10        20        30        40        50          
K19B1. MSQKREFEEGKGRIEGGSSEDKRRRFKRICEKETHPLESRNLQLKFLNNLS-L-PVFTSA
                                                    : ..:. : :.::.:
NTU589                                        MEETCSFSSGLGYLYPLFTGA
                                                      10        20 

       60        70        80        90       100         110      
K19B1. RIEGDEGQAIRVGLIDPSTGQIFSSGPASSAKLEVFVVEGDFNSVSD--WTDEDIRNNIV
       ..::..: ::.: ::: .::.. ..:  :  ::.: :.:::::. .:  ::.:.. ...:
NTU589 KVEGEHGAAIHVVLIDADTGHLVTTGAESCIKLDVVVLEGDFNTEDDEGWTQEEFDSHVV
              30        40        50        60        70        80 

        120       130       140       150       160        170     
K19B1. REREGKKPLLNGNVFAVLNDGIGVMDEISFTDNSSWTRSRKFRLGVRIVDQF-DYVKIRE
       .:::::.:::.:.. ..:. :.:.. ...::::::: ::::::::..... . . :.:::
NTU589 KEREGKRPLLTGELQVTLKGGVGTLGDLTFTDNSSWIRSRKFRLGMKVASGYCEGVRIRE
              90       100       110       120       130       140 

         180       190       200       210       220       230     
K19B1. AITESFVVRDHRGELYKKHHPPSLFDEVWRLEKIGKDGAFHRRLNLSNINTVKDFLTHFH
       : ::.:.:.::::::::::.::.: :.:::::::::::.::.::: . : ::.:::    
NTU589 AKTEAFTVEDHRGELYKKHYPPALNDDVWRLEKIGKDGSFHKRLNKAAIFTVEDFLRLVV
             150       160       170       180       190       200 

         240       250       260       270       280       290     
K19B1. LNSSKLRQVLGTGMSSKMWEITLDHARSCVLDSSVHVYQAPGFQKKTAVVFNVVAQVLGL
        . .:::..::.:::.:::.  ..::..:::.....:: .   .....:::: . .. ::
NTU589 RDPQKLRNILGSGMSNKMWDALIEHAKTCVLSGKLYVYYSDD-SRNVGVVFNNIYELNGL
             210       220       230       240        250       260

         300       310       320       330       340       350     
K19B1. LVDFQYIPAEKLSEIEKALILSVYIFDLAQAEVMVIDALSHLNEVISYDDEVSMMRNV-L
       ..  ::  :..::. .:     ::. :      .:  : .. :.:. :: . :.. :.  
NTU589 IAGEQYYSADSLSDSQK-----VYV-D-----SLVKKAYDNWNQVVEYDGK-SFL-NIKQ
              270            280             290       300         

            360                   370                   380        
K19B1. N--APASQGSV-AG-IDY----------SGL--SL----TSLD------GYGF----VSS
       :  : .:.. . .: .::          : :  :.    .:.:      : :.    :. 
NTU589 NQKAGSSRNELPVGPVDYPNNMVNQLPQSRLPVSVQSEQSSMDPNLLIGGSGYNDSIVAR
       310       320       330       340       350       360       

          390       400                 410        420       430   
K19B1. LHNTAECSGKHSDDVDMEVTP----------HGLYE-DYDNLWNCSHILGLEEPQSE-LQ
       . : ..  .. : . ..: ::          : :   .:::  : .  ::   :::  .:
NTU589 MPNQSQMMNSSSRS-QFESTPFAPQQQITNTHQLQSTSYDN--NVGLALG--PPQSSSFQ
       370       380        390       400         410         420  

            440        450       460       470                     
K19B1. SALDDFMSQKNAS-VGGKAHSKRWTKLFSVSRWLSVFKYVKLGKI               
       . . . . : : .      :..   :  .:...::                         
NTU589 T-MTSSLPQTNLNPFEDWPHNR--DK--GVDEFLSEEEIRMRSHEILENDDMQHLLRLFS
             430       440           450       460       470       

NTU589 MGGGHGSVNVSEDGYGFPSFMPSPSPTFGYDEDPKPSGKAVVGWLKIKAAMRWGFFVRKK
       480       490       500       510       520       530       

NTU589 AAERRAQIVELDDE
       540       550 

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:00