SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K19B1.11 (Universal genetic code) : 450 aa
 vs  library
 searching ataf0006572 library

    618 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAF0006572, 618 bases, EE5 checksum.              (618) 738

>>ATAF0006572, 618 bases, EE5 checksum.              (618 aa)
Smith-Waterman score: 738;   34.928% identity in 418 aa overlap

ATAF00 MIGDGVMAGGIVSPASLLDLIADIVEIPLNTGMFKKDCADLTRRVCLLTHLLEEIRDSTP
               10        20        30        40        50        60

ATAF00 IDSAASSSSENDWWSDLVVGLQAAKRLLSTARFQARDSSDGAAKRISFQFQCVTWKLEKA
               70        80        90       100       110       120

ATAF00 LSNLPYDLYDISDEVGEQVELARSQLRRAMQRYGSLNSNKFSSALSEPMERDGFSNVIKI
              130       140       150       160       170       180

                                        10        20           30  
K19B1.                          MGGNKQRWFSFHQRSSSATTTTLPQ--HKH-DET-
                                              :..: :  : .  .:. ::. 
ATAF00 KAEEKLESVSETLHFGEEEEKQSSPPLRRSSSISLAYYLSKDADTDRLDKMVNKNTDESK
              190       200       210       220       230       240

                     40        50        60           70        80 
K19B1. -------PPEFLCPITGFLMSDPVVVSSGQTFERLSVQ--V-CRNLGYIPDLLDGTRPDL
              : .::::..  ::.:::.:..:::.::  .:  . : ::   :     :.  :
ATAF00 KSDKLTIPVDFLCPVSLELMKDPVIVATGQTYERAYIQRWIDCGNLT-CPK----TQQKL
              250       260       270       280        290         

                90       100       110       120         130       
K19B1. S--TVIPNLAMKSTIFSWCDRQKVDHPRPPDAAYVEGVVRARMDKDPNP-K-IFNKL--R
          :. :: ...: :  :: ......:    :.:..:  :.. . : .  . . ..:  :
ATAF00 ENFTLTPNYVLRSLISRWCAEHNIEQP----AGYING--RTKNSGDMSVIRALVQRLSSR
         300       310       320             330       340         

         140       150       160       170       180       190     
K19B1. GTDIFDHEQGLILLRKMTRSSEDLRVSLCTDRILSFLRSLLVSRYNLVQTNAAASVVNLS
       .:.  :.....  .:.... : : :. .     .  : .::.:.   .: :: . :.:::
ATAF00 STE--DRRNAVSEIRSLSKRSTDNRILIAEAGAIPVLVNLLTSEDVATQENAITCVLNLS
     350         360       370       380       390       400       

         200       210       220       230       240       250     
K19B1. LEKQNKVKIVRSGFVPLLIDVLKSGTTEAQEHVAGALFSLALEDENKMVIGVLGAVEP-L
       . ..::  :. .: :  ...::..:: ::.:..:..::::.: ::::..::  ::. : :
ATAF00 IYENNKELIMFAGAVTSIVQVLRAGTMEARENAAATLFSLSLADENKIIIGGSGAI-PAL
       410       420       430       440       450       460       

          260       270       280       290       300              
K19B1. LHALRSSESERARQDAALALYHLSLIPSNRTRLVRAGAVPTLLSMVRSGDSTS-RI----
       .  :... . :...::: ::..: .  .:. : :::: : .:..:. : :::  :.    
ATAF00 VDLLENG-TPRGKKDAATALFNLCIYHGNKGRAVRAGIVTALVKML-S-DSTRHRMVDEA
        470        480       490       500       510         520   

     310       320       330       340       350       360         
K19B1. LLVLCNLAACPDGKGAMLDGNAVAILVGKLREVGGGDSEAARENCVAVLLTLCQGNLRFR
       : .:  ::   :.:.:.. .:..  :.: :.     :.   ::: .:.::.::. . . .
ATAF00 LTILSVLANNQDAKSAIVKANTLPALIGILQT----DQTRNRENAAAILLSLCKRDTE-K
           530       540       550           560       570         

     370         380       390       400       410       420       
K19B1. GLAS--EAGAEEVLMEVEENGNERVKEKASKILLAMRGGGGGESEFGENAEAREWNRMLE
        : .  . ::   ::.. .::.:: :.:: ..:  .:                       
ATAF00 -LITIGRLGAVVPLMDLSKNGTERGKRKAISLLELLRKACQ                   
       580       590       600       610                           

       430       440       450
K19B1. ATGLSRTQFQGGQNGGFAYSSQF

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