SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >K18I23.12 (Universal genetic code) : 874 aa vs library searching ac0022948 library 967 residues in 1 sequences The best scores are: s-w AC0022948, 967 bases, DFA checksum. (967)2182 >>AC0022948, 967 bases, DFA checksum. (967 aa) Smith-Waterman score: 2182; 42.094% identity in 917 aa overlap 10 20 30 40 50 K18I23 MG--ACFSVAISCDQAVNNLTSCLSRNQNRFRNLVDHVAALKKTVRQLEARRDDLLKRIK :: .: . :: :: .. . :: ... .::: .. ::.. ...:.: . .. ... AC0022 MGNFVC--IEISGDQMLDRIIRCLC-GKGYIRNLEKNLRALQREMEDLRATQHEVQNKVA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 K18I23 VQEDRGLNLLDEVQQWLSEVES-RV-CEAHDILSQSDEEIDNLC-CGQYCSKR-CKYSYD .:.: . :. :: ::..:.: . :. :.:: : :...:: :: ::: :. :: AC0022 REESRHQQRLEAVQVWLDRVNSIDIECK--DLLSVSPVELQKLCLCG-LCSKYVCS-SYK 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 K18I23 YSKSVINKLQDVENLLSKGVFDEVAQKGPIPK--VEERLFHQEIVGQEAIVESTWNSMME :.: :. :..: .: :.: ::::.: : :. :::: : .::: .....:: .:: AC0022 YGKRVFLLLEEVTKLKSEGNFDEVSQ--PPPRSEVEERPT-QPTIGQEEMLKKAWNRLME 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 K18I23 VGVGLLGIYGMGGVGKTTLLSQINNKFRTVSNDFDIAIWVVVSKNPTVKRIQEDIGKRLD :::..:..::::::::::...:.::: ... :::.::.:::.. ....::::...: AC0022 DGVGIMGLHGMGGVGKTTLFKKIHNKFAETGGTFDIVIWIVVSQGAKLSKLQEDIAEKLH 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 K18I23 LYNEGWEQKTENEIASTIKRSLENKKYMLLLDDMWTKVDLANIGIPVPKR-NGSKIAFTS : .. :..:.:.. :. :.: :..:...:.:::.: :::: :::: :.. : :.:::. AC0022 LCDDLWKNKNESDKATDIHRVLKGKRFVLMLDDIWEKVDLEAIGIPYPSEVNKCKVAFTT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 K18I23 RSNEVCGKMGVD-KEIEVTCLMWDDAWDLFTRNMK---ETLESHPKIPEVAKSIARKCNG :...:::.:: : : ..: :: .:::.:: .: : .::.: : : .:. .:.:: : AC0022 RDQKVCGQMG-DHKPMQVKCLEPEDAWELF-KN-KVGDNTLRSDPVIVGLAREVAQKCRG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 K18I23 LPLALNVIGETMARKKSIEEWHDAVGV-------FSGIEADILSILKFSYDDLKCEKTKS :::::. :::::: : ..::. :. : :: .. :: :::.:::.:. :. :: AC0022 LPLALSCIGETMASKTMVQEWEHAIDVLTRSAAEFSDMQNKILPILKYSYDSLEDEHIKS 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 K18I23 CFLFSALFPEDYEIGKDDLIEYWVGQGIILGSKGI-----NYKGYTIIGTLTRAYLLKES :::. :::::: .: ::. :. .:.: : . : ::: ..::: :: :: .. AC0022 CFLYCALFPEDDKIDTKTLINKWICEGFI-GEDQVIKRARN-KGYEMLGTLIRANLLTND 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 K18I23 E--TKEKVKMHDVVREMALWISSGCGDQKQKNVLVVEANAQLRDIPKIEDQKAVRRMSLI . .: .: ::::::::::::.: : ::. : ::.: . :..:::..: :::::::. AC0022 RGFVKWHVVMHDVVREMALWIASDFGKQKE-NY-VVRARVGLHEIPKVKDWGAVRRMSLM 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 K18I23 YNQIEE-ACESLHCPKLETLLLRDNRLRKISREFLSHVPILMVLDLSLNPNLIELP-SFS .:.::: .::: .: .: ::.:..:.:...: ::. .. :.::::: ::.. ::: ..: AC0022 MNEIEEITCES-KCSELTTLFLQSNQLKNLSGEFIRYMQKLVVLDLSHNPDFNELPEQIS 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 630 K18I23 PLYSLRFLNLSCTGITSLPDGLYALRNLLYLNLEHTYMLKRIYEIHDLPNLEVLKLYASG : ::..:.:: : : .:: :: :..:..::: : : : : : .:. :.: :. AC0022 GLVSLQYLDLSWTRIEQLPVGLKELKKLIFLNLCFTERLCSISGISRLLSLRWLSLRESN 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 K18I23 IDITD-KLVRQIQAMKHLYLLTITLRNSSGLEIFLGDTRFSSYTEGLTLDEQSYYQSLKV . : ......: ...: : :: .:. : : : : :... : . : .. : : AC0022 VH-GDASVLKELQQLENLQDLRIT--ESAEL-ISL-DQRLAKLISVLRI-E-GFLQ--K- 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 K18I23 P--LATISSSR--F-LEIQDSHIPKIEIEGSSSN-ESEI--VGPRVRRDISFINLRKVRL : :. ..: . . : ...:.. .:.:. :. :: ..:.. : :: . . AC0022 PFDLSFLASMENLYGLLVENSYFSEINIKCRESETESSYLHINPKIP---CFTNLTGLII 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 K18I23 DNCTGLKDLTWLVFAPHLATLYVVCLPDIEHIISRSEESRLQKTCELAGVI-PFRELEFL .: ..:::::..:::.:..: . .. .::.. : :. .:...: ::..:: : AC0022 MKCHSMKDLTWILFAPNLVNLDIRDSREVGEIINK-E-----KAINLTSIITPFQKLERL 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 K18I23 TLRNLGQLKSIYRDPLLFGKLKEINIKSCPKLTKLPLDSRSA--WKQ-NVVINA-EEEWL : .: .:.::: .:: : :..: .: :::: ::::.. :. .. .. .. :.: AC0022 FLYGLPKLESIYWSPLPFPLLSNIVVKYCPKLRKLPLNATSVPLVEEFEIRMDPPEQE-- 810 820 830 840 850 860 860 870 K18I23 QGLQWEDVATKERFFPS . :.::: ::.::.:: AC0022 NELEWEDEDTKNRFLPSIKPLVRRLKIHYSGMGFLNVKNQNPRFFFYCFIYLLVVHLDCI 870 880 890 900 910 920 AC0022 IDLHSDTSGMCCVVHLDYVFHFPFVFPKTFCILFRLHFYTIKSLCV 930 940 950 960 Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:05