SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K18I23.11 (Universal genetic code) : 565 aa
 vs  library
 searching atac0023381 library

    570 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATAC0023381, 570 bases, 1D5E checksum.             (570)2619

>>ATAC0023381, 570 bases, 1D5E checksum.             (570 aa)
Smith-Waterman score: 2619;   64.062% identity in 576 aa overlap

               10        20          30        40        50        
K18I23 MTTVHTFSILLFFCSLFSASLIIAKVQHH--DFVIQETPVKRLCKTRNAITVNGMFPGPT
       : . . :: :: : .:..   ..:...::  .:::  :::::::.:...:::::..::::
ATAC00 MESFRRFS-LLSFIALLAYFAFLASAEHHVHQFVITPTPVKRLCRTHQSITVNGQYPGPT
                10        20        30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
K18I23 LEVNNGDTLEVKVHNRARYNITIHWHGVRQIRTGWADGPEFVTQCPIRPGKSYTYRFTIQ
       : : :::.: . : :::::::.:::::.::.:. ::::::..::::::::..::::: :.
ATAC00 LVVRNGDSLAITVINRARYNISIHWHGIRQLRNPWADGPEYITQCPIRPGQTYTYRFKIE
      60        70        80        90       100       110         

      120       130       140       150       160       170        
K18I23 GQEGTLWWHAHSSWLRATVYGALIIHPTPGSSFPFPKPDRQTALMLGEWWNANPVDVINQ
        ::::::::::: ::::::::::::.:  :: .::  : :.  ..:::::. ::.::..:
ATAC00 DQEGTLWWHAHSRWLRATVYGALIIYPRLGSPYPFSMPKRDIPILLGEWWDRNPMDVLKQ
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
K18I23 ATRTGAAPNISDAYTINGQPGDLYNCSTKETVVVPINSGETSLLRVINAALNQPLFFTVA
       :  :::: :.:::::::::::::: ::   :.  ::  :::  ::::::..:: :::.::
ATAC00 AQFTGAAANVSDAYTINGQPGDLYRCSRAGTIRFPIFPGETVQLRVINAGMNQELFFSVA
     180       190       200       210       220       230         

      240       250       260       270       280       290        
K18I23 NHKLTVVGADASYLKPFTTKVLMLGPGQTTDVLLTADQPPKRYYIAARAYQSAQNAPFDN
       ::..::: .:..: :::::.:.:.::::::.:::::.: : :::.:::::.:: ::::::
ATAC00 NHQFTVVETDSAYTKPFTTNVIMIGPGQTTNVLLTANQRPGRYYMAARAYNSA-NAPFDN
     240       250       260       270       280       290         

      300        310             320       330       340       350 
K18I23 TTTTAILQY-KKTTTTSK------PIMPVLPAFNDTNTVTSFSRKFKSLRNVVVPKTIDD
       ::::::::: .  :  ..      :..::::.:::: :.:.:. ...  . . ::. .:.
ATAC00 TTTTAILQYVNAPTRRGRGRGQIAPVFPVLPGFNDTATATAFTNRLRYWKRAPVPQQVDE
      300       310       320       330       340       350        

             360       370        380       390        400         
K18I23 NLFFTIGLGLDNCPKKFPKS-RCQGLNGTRFTASMNNVSFVLP-SNFSLLQAHSNGIPGV
       :::::.:::: :: .  :.: :::: :::::.:::::.::::: :: :..::. .: ::.
ATAC00 NLFFTVGLGLINCAN--PNSPRCQGPNGTRFAASMNNMSFVLPRSN-SVMQAYYQGTPGI
      360       370         380       390       400        410     

     410       420       430       440       450       460         
K18I23 FTTDFPSKPPVKFDYTGNNISRALFQPVKGTKLYKLKYGSRVQVVLQDTNIVTSENHPIH
       ::::::  :::.:::::: .::.:.::.:::: ::::: : ::.:::::.::: ::::.:
ATAC00 FTTDFPPVPPVQFDYTGN-VSRGLWQPIKGTKAYKLKYKSNVQIVLQDTSIVTPENHPMH
         420       430        440       450       460       470    

     470       480       490       500       510       520         
K18I23 LHGYDFYIVGEGFGNFNPKKDTSKFNLVDPPLRNTVAVPVNGWAVIRFVADNPGVWLMHC
       ::::.::.:: :::::::. : ..::: ::: :::...: .::..:::::::::.:.:::
ATAC00 LHGYQFYVVGSGFGNFNPRTDPARFNLFDPPERNTIGTPPGGWVAIRFVADNPGAWFMHC
          480       490       500       510       520       530    

     530       540       550       560     
K18I23 HLDVHIKWGLAMAFLVDNGVGELETLEAPPHDLPIC
       :.: :. :::::.:::.:: :.:....::: ::: :
ATAC00 HIDSHLGWGLAMVFLVENGRGQLQSVQAPPLDLPRC
          540       550       560       570

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:02