SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K18C1.9 (Universal genetic code) : 719 aa
 vs  library
 searching ac0023548 library

    957 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
AC0023548, 957 bases, 11E2 checksum.               (957)1511

>>AC0023548, 957 bases, 11E2 checksum.               (957 aa)
Smith-Waterman score: 1511;   46.619% identity in 562 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
K18C1. MHIALLFRFAIFLLLEQKIWDEQQLKSKKLFTDDYRICIRFISNGQLLDDYLYNNAFKVK

               70        80        90       100       110       120
K18C1. PYMEKDLKRHINILFTEPNETSVSVCLGGDCTDVVTPRKTNEGCKVFVVVFSEDYALSKQ

              130       140       150       160       170       180
K18C1. CLDTLVEFLERKDDGLVIVPVYYGGVTESMVKQQTERFGVAFTQHQNNYSYDQVAKWRDC
                                                          : .:  :: 
AC0023                                          MDYGACELVED-IA--RD-
                                                        10         

              190       200       210         220       230        
K18C1. LIQTASLPGHELNLQQEDSEFVEKIVADVREV--LDATGLWGMPGIGKTTIAEAAFKQMS
       . .   .: ..... ..  .. ::::   ...  . . :.::::::::::.::::: :.:
AC0023 MYEKI-FPTKRIGIYRKMLKL-EKIV--YKQLWGIRSIGIWGMPGIGKTTLAEAAFDQFS
          20         30           40        50        60        70 

      240       250        260       270       280       290       
K18C1. KDFDASFFVEDFHKEY-HKGRPYKLREEHLKKVPKGGSIRGPILSFKELREKKVLFVLDD
        :..:: ...:: ::.  ::  :.: .:.:     : .: .   :: .  .:..:.:::.
AC0023 GDYEASCIIKDFDKEFLAKGL-YHLWNEYL-----GENINN---SFIKSGQKRLLIVLDN
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       300       310       320       330       340       350       
K18C1. VRNLMDFESFLGGIEGVSPGSVIILTSRDKQVLHQCQVEDVFEVPSLNEEEAVRLFARTA
       : . .: ..::.:..  .:::.::.:::::::: :: :....:: .::..:: .:.   :
AC0023 VLKPLDADAFLNGFDWFGPGSLIIITSRDKQVLVQCGVNQIYEVEGLNKDEAKQLLHGCA
            130       140       150       160       170       180  

           360         370       380       390       400       410 
K18C1. F----HKE-G-PSDAKLMDVSKKVARYAGGNPKALCFYGRELEKKKKPEEMEEEFEKMRQ
       :    .:. :  . :  . .:  : .: .::: :: .: .:. .. : ..:: .. :. .
AC0023 FGIDWRKQSGLETLAPYY-IS--V-KYFSGNPLALSLY-EEMLSHMKSDKMEVKLLKLNH
            190       200           210        220       230       

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K18C1. CPPQEILSLFRSSYDALNDNERSIFLDIACFFNGEPCDDVMRILEGCGFFPHVGIDRLAE
        ::: :. .:.:.:.:::.::.:.:::::::: ::  : ::...:::::::::::  :..
AC0023 PPPQ-IMEVFKSNYNALNENEKSMFLDIACFFRGEKADYVMQLFEGCGFFPHVGIYVLVD
       240        250       260       270       280       290      

             480       490        500          510         520     
K18C1. RSLLTISKEKRVEMQGFIQDAAREFINQ-TSRRRRH---WEPSRIRLLLEND--K----S
       . :.:: :.: .::...:: ... . :. : .  ::   :. : :. :::..  :    :
AC0023 KCLVTIVKRK-MEMHNLIQIVGKAISNEGTVELDRHVRLWDTSIIQPLLEDEETKLKGES
        300        310       320       330       340       350     

              530       540       550       560       570       580
K18C1. KGN-EVIEGIFLDTTKLTFDVNPMAFENMYNLRLLKIYSTHSETAQELRLTKELRSLPYE
       ::. : :: :::: ..: : :.: ::..:.:::.:::::..    :..:. . :.::: :
AC0023 KGTTEDIEVIFLDMSNLKFFVKPDAFKSMHNLRFLKIYSSNPGKHQRIRFREALQSLPNE
         360       370       380       390       400       410     

              590       600       610       620       630       640
K18C1. LRLLHWEKYPLQSLPQDFDTRHLVELNMPYSQLQSLCVGTKSLAKLKMINLSHSQKLLEV
       ::::::: :::::::: ::  ::::::::::.::.:  :::.:  :::. ::::: :.:.
AC0023 LRLLHWEDYPLQSLPQHFDPTHLVELNMPYSKLQKLWGGTKNLEMLKMVRLSHSQDLVEI
         420       430       440       450       460       470     

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K18C1. DELAKACNLEKIDLQGCTSLKSIPHTDRLKNLQFLNLSGCTSIKRTEAIKKIKGM--N-Q
       .:: :. :.: :::::::...:.: : .:..:. .:::::. :: :. .....:.  : .
AC0023 EELIKSKNIEVIDLQGCTKIQSFPATRHLQHLRVINLSGCVEIKSTQ-LEEFQGFPRNLK
         480       490       500       510       520        530    

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K18C1. E----GC-LRETTFESMVFEYYVKESS                                 
       :    :  .::.:                                               
AC0023 ELYLSGTGIREVTSSIHLSSLEVLDLSNCKRLQNLPMGKGNLASLIKLMLSGCSKLQNIQ
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AC0023 DLPTNLKELYLAGTSIREVPSSICHLTQLVVFDAENCKKLQDLPMGMGNLISLTMLILSG
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AC0023 CSELRSIPDLPRNLRHLNLAETPIKKLPSSFEDLTKLVSLDLNHCERLQHLQMESFESVV
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AC0023 RVDLSGCLELKYILGFSLQDITQLHEDGTDKVMLHGTPPCNVTLILETWRTRHVTPMEKS
          720       730       740       750       760       770    

AC0023 GEDVPRYFVSYLIKKLKWIGITVVYSGFMGGKSMSRPEVTQAIEESSISVVILSKDYVSS
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AC0023 SKCLDELVEIIRWREENLGNRVMPIYYEMGTSDVMKQAKTIGNRLVETYLGKVVEKPELR
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AC0023 WMRALAYIVNIEEENMENFKRNVYDEMNGVRIIPIWHVYAFLLIYLFLLILKSRFILRDV
          900       910       920       930       940       950    

AC0023 IHK
          

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:03