SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >K18C1.12 (Universal genetic code) : 639 aa vs library searching ac0023548 library 957 residues in 1 sequences The best scores are: s-w AC0023548, 957 bases, 11E2 checksum. (957) 906 >>AC0023548, 957 bases, 11E2 checksum. (957 aa) Smith-Waterman score: 906; 34.179% identity in 591 aa overlap 10 20 30 40 50 60 K18C1. MDKKEETKQPDNIIYDKNDSSVASFISYLMAGFGCRGIKQFLGIYLVILSRDYASSVLCL 70 80 90 100 110 120 K18C1. ENLELCCDDKKSYEVVPVFYGVSRSDVRQQSGPFSDAFTKLERSNPADHVTKWRRMFAKI 130 140 150 160 170 180 K18C1. AELKGHEYDEELSEESEFVEEIVEDVYELLNPTEEIRIHSRQLDIQNLLCKQQWGLRTLG :.::.:..:.:: . ::..: :. ..: ..... :: ::.:..: AC0023 MDYGACELVEDIARDMYEKIFPTKRIGIYRKMLKLEKIVYKQLWGIRSIG 10 20 30 40 50 190 200 210 220 230 240 K18C1. ILGKPGIGKTTLARAVFRRMVGGYDASHFVKDFHTRYSEMTLEPLPAHFLCMTQVEEFDL : : :::::::::.:.: .. : :.:: ..::: .. : : ..: : .. AC0023 IWGMPGIGKTTLAEAAFDQFSGDYEASCIIKDFDKEFLAKGLYHLWNEYLG-----E-NI 60 70 80 90 100 250 260 270 280 290 300 K18C1. NNSGSEQCHRQKRVLIVLDDVRNEQDAMSFLGEIDQFGPGSLIIITSRDRQVLEKCHLNE ::: .. :::.:::::.: . :: .::. .: :::::::::::::.::: .: .:. AC0023 NNSFIKS--GQKRLLIVLDNVLKPLDADAFLNGFDWFGPGSLIIITSRDKQVLVQCGVNQ 110 120 130 140 150 160 310 320 330 340 350 K18C1. IYELNGLNGEDARKLFTRCAFG----KDVIVKNL-PMIV-IKGFEGNPSALRSYANKFKG :::..::: ..:..:. :::: :. ...: :. . .: : ::: :: : . .. AC0023 IYEVEGLNKDEAKQLLHGCAFGIDWRKQSGLETLAPYYISVKYFSGNPLALSLYEEMLSH 170 180 190 200 210 220 360 370 380 390 400 K18C1. -KTTEDSMRI-LFKDAVFNTKKNTSMCIY-SNI-AIHEH-KSIFLNKTVLHAIQ--NIIF :. :.:.. :.: .: : .. :: :..:. ::.::. . . . . .. AC0023 MKS--DKMEVKLLK---LNHPPPQIMEVFKSNYNALNENEKSMFLDIACFFRGEKADYVM 230 240 250 260 270 410 420 430 440 450 460 K18C1. DLEEHPDLDLPNHVAESISDLRSPCVHHPSVQRFSRLRKINLGHCEKLVQVV--ELSNAC .: : . .: ::. : : . :. .. . ::... : .:.:.: .:: AC0023 QLFEGCGF-FP-HVG--IYVLVDKCL--VTIVK----RKMEM-H--NLIQIVGKAISNEG 280 290 300 310 320 470 480 490 500 K18C1. YLE---EINLQDCKNLDTF-PDTD-QL--------ENLQ--FLDLSNCSGIKYF------ .: .. : : . .. . : . .: :... :::.:: .:.: AC0023 TVELDRHVRLWDTSIIQPLLEDEETKLKGESKGTTEDIEVIFLDMSN---LKFFVKPDAF 330 340 350 360 370 380 510 520 530 540 K18C1. --QEN-REVNVHL--P--HG-IDY------LSCKLRLLHWETFPMRFMPSNFCPK---DV ..: : .... : : : . : .::::::: .:.. .:..: : .. AC0023 KSMHNLRFLKIYSSNPGKHQRIRFREALQSLPNELRLLHWEDYPLQSLPQHFDPTHLVEL 390 400 410 420 430 440 550 560 570 K18C1. N-PRS--------T-NLE-----RL----DL--------S----V-----CSSLMLLPPS : : : : ::: :: :: : : :.... .: . AC0023 NMPYSKLQKLWGGTKNLEMLKMVRLSHSQDLVEIEELIKSKNIEVIDLQGCTKIQSFPAT 450 460 470 480 490 500 580 590 600 610 620 630 K18C1. IGHLQQLKDLNMEGCSYLEVLPTGINLLRSFPEISRNISYLYLDKTAIEEVPQWIEDISG :::.:. .:. :: .:. : .. ...:: ::.. :::. :.:.:: . :. .:. AC0023 -RHLQHLRVINLSGC--VEIKSTQLEEFQGFP---RNLKELYLSGTGIREVTSSIH-LSS 510 520 530 540 550 K18C1. LS--DLSMSG : ::: AC0023 LEVLDLSNCKRLQNLPMGKGNLASLIKLMLSGCSKLQNIQDLPTNLKELYLAGTSIREVP 560 570 580 590 600 610 AC0023 SSICHLTQLVVFDAENCKKLQDLPMGMGNLISLTMLILSGCSELRSIPDLPRNLRHLNLA 620 630 640 650 660 670 AC0023 ETPIKKLPSSFEDLTKLVSLDLNHCERLQHLQMESFESVVRVDLSGCLELKYILGFSLQD 680 690 700 710 720 730 AC0023 ITQLHEDGTDKVMLHGTPPCNVTLILETWRTRHVTPMEKSGEDVPRYFVSYLIKKLKWIG 740 750 760 770 780 790 AC0023 ITVVYSGFMGGKSMSRPEVTQAIEESSISVVILSKDYVSSSKCLDELVEIIRWREENLGN 800 810 820 830 840 850 AC0023 RVMPIYYEMGTSDVMKQAKTIGNRLVETYLGKVVEKPELRWMRALAYIVNIEEENMENFK 860 870 880 890 900 910 AC0023 RNVYDEMNGVRIIPIWHVYAFLLIYLFLLILKSRFILRDVIHK 920 930 940 950 Library scan: 0:00:00 total CPU time: 0:00:02