SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >K18C1.11 (Universal genetic code) : 1225 aa vs library searching ac0023549 library 1110 residues in 1 sequences The best scores are: s-w AC0023549, 1110 bases, A58 checksum. (1110)2920 >>AC0023549, 1110 bases, A58 checksum. (1110 aa) Smith-Waterman score: 2920; 45.074% identity in 1147 aa overlap 10 20 30 40 50 60 K18C1. MVTSSDVKVEPQVFINFRGDELRKTFISHLHKRLQRDGINAFIDSDEAVGEELKNLFKRI 70 80 90 100 110 120 K18C1. ENSEIALAVLSSRYTESHWCLQELVKMMECSMKGEGCNKKLLVIPIFYKLKIDTVKELDG .::..::::: . :.:. : AC0023 MDAEKLVIIPIFYIVTPYTIKKQMG 10 20 130 140 150 160 170 K18C1. DFG---RNLWDLWRKPGCGRDRDSRIVKWNEALKYFLSRNALVFSET--GKEEE--FVST ::: : : : : : ::..::: : :... : :. :: ... AC0023 DFGDKFRVLVDYV-------D-DVTEKKWTDALK---SV-PLILGITYDGQSEEQLLINQ 30 40 50 60 70 180 190 200 210 220 K18C1. IATHVKNALSKITPQRGENPKPQK------GAGNP-KPQKILSRAANITEPEDQ------ :. .:. .. :: : ::. . .: ..:. :: .: :...::.: AC0023 IVGEVQRVI-KIISQ-GEGDEKNKMVCTNTSTGSSFIPQ---NR--NMVDPENQIELVGL 80 90 100 110 120 230 240 250 260 270 K18C1. --RLKQLAVKLNVECNDNETRIVEVVGMPGIGKTYLAKKLFAKLKKKIN-HCVFIEFKRE :::.: ::.. . .::::: :.:::::::: :.:.:. . :.... : .... :. AC0023 SQRLKELKEKLDL--SRKETRIVGVLGMPGIGKTTLVKRLYDEWKHNFQRHLHMVNI-RQ 130 140 150 160 170 180 280 290 300 310 320 330 K18C1. MSAEQGSEWLQKRLVEGLL-DI-QDCTD--TNALEVWKDSLIDKKVVIVFDDVSDKKQIS : : :.. :.. ... :: : .: :. : : : :: :. :::..:.::::.:::: AC0023 KSKEYGTHSLERMILKELLSDTYNDITEEMTYA-SV-KDELLKKKVLLVLDDVSSKKQI- 190 200 210 220 230 240 340 350 360 370 380 K18C1. EPLKGICDWIKKGSMIVITTRDK-SLTEGLVTDLYEVPGLNERDGLELFR--A--QVCCN . : : .::.::: :::::::: :... : : :: :: :::. : : . : AC0023 QGLLGNLNWIRKGSRIVITTRDKISISQFEYT--YVVPRLNITDGLKQFSFYAFEDHNCP 250 260 270 280 290 390 400 410 420 430 440 K18C1. IEGNFMELSRKFVDFARGNPLALEEFGKELRGKDEAHWETRLGTLAQHSNPTIREKLRSS ::.:.:: ::::.::::::::. .:.:: . :. .: :: :::: : :.. ::.: AC0023 YPGNLMDLSTKFVDYARGNPLALKILGRELLSIDKDQWPKRLDTLAQLPIPYIQDLLRAS 300 310 320 330 340 350 450 460 470 480 490 500 K18C1. YDELNEQQKDAFLDIAYFFRSQDESYVRSLLDSYDPESAE-SGQEFRDLADKFLIGVCDG ::.:..:::..:: .:.:: : :: :.:::.:. ::.::. ...: ::.: ..::.. .: AC0023 YDDLSNQQKEVFLVVAWFFGSGDEYYIRSLVDTEDPDSADDAASEVRDFAGNLLISISSG 360 370 380 390 400 410 510 520 530 540 K18C1. RVEMHDLLFTMAKEIVEA-TAEKS---RLLLS--SC-AELKNKEGR-------------- :.:::::. :.::.. . . :.. ... . : : :::. : AC0023 RLEMHDLMATFAKKLCSSLSNENNYGYQMIWNHESFNAAAKNKRMRYVNQPRKKVTESEM 420 430 440 450 460 470 550 560 570 580 590 600 K18C1. DKVRGIVLDMSEMEEK-PLKRAVFVGMSSLRYLKVYSSLCPTHSKTECKLHLPDGLEFPK :.: ::.::.:::... : : : .:::::::.: : . ::: .::::. AC0023 DNVMGILLDVSEMDNNMTLDSKFFSEMCNLRYLKVYNSQCSRDCDVGCKLTFPDGLKCSM 480 490 500 510 520 530 610 620 630 640 650 660 K18C1. DNIVRCLHWVKFPGTELPPDFYPNNLIDLRLPYSNITTLWSCTKVAPNLKWVDLSHSSNL .: :: :.:..:: .: : :.:::.: ::::.:: ::. .: .::::::::::.: AC0023 EN-VRYLYWLQFPLKKLSKAFNPKNLIELNLPYSKITRLWKESKEISKLKWVDLSHSSEL 540 550 560 570 580 590 670 680 690 700 710 720 K18C1. NSLMGLSEAPNLLRLNLEGCTSLKELPDEMKDMTNLVFLNLRGCTSLLSLPKITTNSLKT .. :: : :. ::::::: :: ::.::..: .:..::: ::: :.:::.. .:::: AC0023 CDISGLIGAHNIRRLNLEGCIELKTLPQEMQEMESLIYLNLGGCTRLVSLPEFKLKSLKT 600 610 620 630 640 650 730 740 750 760 770 780 K18C1. LILSGCSSFQTFEVISEHLESLYLNGTEINGLPPAIGNLHRLIFLNLKDCKNLATLPDCL :::: :..:. : :::: ::.:::.:: :. .: .: ::..::.:.::::. :..::::: AC0023 LILSHCKNFEQFPVISECLEALYLQGTAIKCIPTSIENLQKLILLDLKDCEVLVSLPDCL 660 670 680 690 700 710 790 800 810 820 830 K18C1. GELKSLQELKLSRCSKLKIFPDVTAKMESLLVLLLDGTSIAELP----C------SI--- :.:.::::: :: :::::.::.. :.:. .::::::.: ..: : :. AC0023 GNLRSLQELILSGCSKLKFFPELKETMKSIKILLLDGTAIKQMPILLQCIQSQGHSVANK 720 730 740 750 760 770 840 850 860 870 880 K18C1. --------FHL-SSLRRLCLSRNDNIRTLRFDMGHMFHLKWLELKYCKNLTSLPILPPNL ..: ::: :::: :: :..:. ......:::::.:: ::.: :. .::::: AC0023 TLPNSLSDYYLPSSLLSLCLSGND-IESLHANISQLYHLKWLDLKNCKKLKSVSVLPPNL 780 790 800 810 820 830 890 900 910 920 930 940 K18C1. QCLNAHGCTSLRTVASPQTLPTPTEQIHSTFIFTNCHELEQVSKNAIISYVQKKSKLMS- .::.:::: ::. :.:: .. : .:: :.:::::..:.::... :::.. .::..:: AC0023 KCLDAHGCDSLEEVGSPLAVLMVTGKIHCTYIFTNCNKLDQVAESNIISFTWRKSQMMSD 840 850 860 870 880 890 950 960 970 980 990 1000 K18C1. A-DRYSPDFVYKSLIGTCFPGCEIPAWFNHQALGSVLILELPQAWNSSRIIGIALCVVVS : .::. :: .::..:::::::.:: :.::: :..: .::. : .::. :::::.:. AC0023 ALNRYNGGFVLESLVSTCFPGCEVPASFDHQAYGALLQTKLPRHWCDSRLTGIALCAVIL 900 910 920 930 940 950 1010 1020 1030 1040 1050 K18C1. FKEYRDQNSSLQVQCTCEF-TN----VSLSQESFMVGGWSEQGDETHTVESDHIFIGYTT : .:. :.. . :.::::: :. .:.: : .:::::: : : . AC0023 FPDYQHQSNRFLVKCTCEFGTEDGPCISFS--S-IVGGWSEPGYEPR------------- 960 970 980 990 1000 1060 1070 1080 1090 1100 K18C1. LLNIKNR--QQ-----FPLATEISLRFQVTNGTSEVEKCKVIKCGFSLVYEPNEADSTSW ::::..: .. .: .. :::::::.:.::: .:.:.::::.::: ::..:. : AC0023 LLNINKRHVEKHGNGCIP--SKASLRFQVTDGASEVGNCHVLKCGFTLVYTPNDSDDISP 1010 1020 1030 1040 1050 1110 1120 1130 1140 K18C1. KE----TPR-MED---N-------RQDRRISFKTGEG-----DDCPIATPTTADSKKGNS . : : :: : :.: ..: ... : :.: AC0023 ARVVDITTRDKEDGLENATSNKLSRNDYEFSHQSNCGVTSRRDECFLSEELP 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1150 1160 1170 1180 1190 1200 K18C1. LFSYFLGRDTSITKKGFKIPKQIDVGMRKYSQMKFQNEQVEVEHFPGNEQKANILKNALG 1210 1220 K18C1. RIKFKETRDVVGVQDV Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:08