SSEARCH searches a sequence database using the Smith-Waterman algorithm version 2.0u54, July. 1996 Please cite: T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650 >K18C1.10 (Universal genetic code) : 546 aa vs library searching ac00034817 library 1531 residues in 1 sequences The best scores are: s-w AC00034817, 1531 bases, 21C0 checksum. (1531) 444 >>AC00034817, 1531 bases, 21C0 checksum. (1531 aa) Smith-Waterman score: 444; 25.983% identity in 585 aa overlap AC0003 MVKTGDVSDQRSRLEWDVFLSFQRDARHKFTERLYEVLVKEQVRVWNNDDVERGNHELGA 10 20 30 40 50 60 AC0003 SLVEAMEDSVALVVVLSPNYAKSHWCLEELAMLCDLKSSLGRLVLPIFYEVEPCMLRKQN 70 80 90 100 110 120 10 20 30 K18C1. MATLSSSSSVELPPQHTVFILYNG--SRMGFIYHL .. ::. . : .: .: :: AC0003 GPYEMDFEEHSKRFSEEKIQRWRRALNIIGNIPGFVYRLKYDVFLSFRGADTRDNFGDHL 130 140 150 160 170 180 40 50 60 70 80 K18C1. IMALEKKNINVFVGFNGCICEPVER---LSNRI----ESIIVLVIFTSR-YTESKWCLMK ::. : . :: : : .:: .:. . :. . :: :: :. :.::: . AC0003 YKALKDK-VRVFRD-N----EGMERGDEISSSLKAGMEDSAASVIVISRNYSGSRWCLDE 190 200 210 220 230 90 100 110 120 130 K18C1. LVDINKCAEK---DHLVAIPIFYKLDPSTVRGLSGQFGDAFRD--LR--ESTGLMEKWKE :. . : : :. . .::::..::: :: : .. :.. .: : ...:.: AC0003 LAML--CKMKSSLDRRI-LPIFYHVDPSHVRKQSDHIKKDFEEHQVRFSEEKEKVQEWRE 240 250 260 270 280 290 140 150 160 170 180 K18C1. ALKSISDRPGIRVDKSSPKAKRIEIVVKKVLSRI---PSE-GSHNASVD-PLEN-S---D :: ... : ::.: ::.:::.::... : . : .... ::.. . : AC0003 ALTLVGNLAGYVCDKDSKDDDMIELVVKRVLAELSNTPEKVGEFIVGLESPLKDLTGLID 300 310 320 330 340 350 190 200 210 220 230 240 K18C1. TRLTSSGEENR-TFGI----KERL-KEFKDKLDLNKMRSQLGMVIGCLLVLFFVLKQSAY :. .::: . .:. : : : : :: ..: : .: :. AC0003 TE-SSSGVQVLGLYGMGGIGKTTLAKAF-----YNK-------IVGN----F---EQRAF 360 370 380 390 250 260 270 280 290 K18C1. TST---RLIGEGGAIGAI--SAIDRIADNVPKIREYVPEEGTEKPRDTYTEFHTGKYGTK : : .:.: . .. . : .. ::.: : : : :: . .. : : . AC0003 ISDIRERSSAENGLV-TLQKTLIKELFRLVPEI-EDVSI-GLEKIK---ANVHEKKIIVV 400 410 420 430 440 300 310 320 330 340 350 K18C1. PERSSSDVKTNADLLDRTFTDTRMDGKVKPPKFQVFINFRGDQLRNNF-VG--YLVDALR . :: . : . .:: :. . . :. : ... ... :. : : : AC0003 LD----DVD-HIDQVHALVGETRWYGQ---GTL-IVITTRDSEILSKLSVNQQYEVKCLT 450 460 470 480 490 360 370 380 390 400 K18C1. RSE-INVFIDN---QEQRGEDLNTLFKRI-EDSGI---AIVVFSSR-YT--ESK-WCLEE . . ...: . .:. ..: .: :.: . ::. :. ::.: : : : : . AC0003 EPQALKLFSYHSLRKEEPTKNLLALSKKIVQISGLLPLAVEVFGSLLYDKKEEKDW-QTQ 500 510 520 530 540 550 410 420 430 440 450 460 K18C1. LVKIKERVHQGLLK-VLPIFYKVTPTNVKRPKGEFGDHFRDKEYMYESDEPMIKRWKEAI : :.: ... : :. :: . .: . :. : : .. . : ::. :.. AC0003 LDKLK-KTQPGNLQDVLELSFKSLDDEEKKV-------FLDIACLFLKME--IKK-DEVV 560 570 580 590 600 470 480 490 500 510 K18C1. VFI-----SHRFALT-LDEKSSSEML--DTSLHMYVHARVWNL-KELISTFLTKCSSALE . . . . ::. : .:: ..: :: ...: .. .. .... .. . .:. AC0003 IVLKGCGLNAEAALSVLRQKSLVKILANDT---LWMHDQIRDMGRQMVLKE-SREDPGLR 610 620 630 640 650 660 520 530 540 K18C1. IDFVETIVKEVLKILQAICKVESSQSSFCAEKA . . :.. .:. . : :: AC0003 SRLWDR--GEIMTVLNNM-KGTSSIRGIVLDFKKKFARDPTADEIVSRNLRNNPGIYSVF 670 680 690 700 710 AC0003 NYLKNKLVRFPAEEKPKSSEITIPVESFAPMTKLRLLQINNVELEGNLKLLPSELKWIQW 720 730 740 750 760 770 AC0003 KGCPLENLPPDFLARQLSVLDLSESGIRQVQTLRNKMVDENLKVVILRGCHSLEAIPDLS 780 790 800 810 820 830 AC0003 NHEALEKLVFEQCTLLVKVPKSVGNLRKLIHLDFRRCSKLSEFLVDVSGLKLLEKLFLSG 840 850 860 870 880 890 AC0003 CSDLSVLPENIGAMTSLKELLLDGTAIKNLPESINRLQNLEILSLRGCKIQELPLCIGTL 900 910 920 930 940 950 AC0003 KSLEKLYLDDTALKNLPSSIGDLKNLQDLHLVRCTSLSKIPDSINELKSLKKLFINGSAV 960 970 980 990 1000 1010 AC0003 EELPLKPSSLPSLYDFSAGDCKFLKQVPSSIGRLNSLLQLQLSSTPIEALPEEIGALHFI 1020 1030 1040 1050 1060 1070 AC0003 RELELRNCKFLKFLPKSIGDMDTLYSLNLEGSNIEELPEEFGKLEKLVELRMSNCKMLKR 1080 1090 1100 1110 1120 1130 AC0003 LPESFGDLKSLHRLYMKETLVSELPESFGNLSNLMVLEMLKKPLFRISESNVPGTSEEPR 1140 1150 1160 1170 1180 1190 AC0003 FVEVPNSFSKLLKLEELDACSWRISGKIPDDLEKLSCLMKLNLGNNYFHSLPSSLVKLSN 1200 1210 1220 1230 1240 1250 AC0003 LQELSLRDCRELKRLPPLPCKLEQLNLANCFSLESVSDLSELTILTDLNLTNCAKVVDIP 1260 1270 1280 1290 1300 1310 AC0003 GLEHLTALKRLYMTGCNSNYSLAVKKRLSKASLKMMRNLSLPGNRVPDWFSQGPVTFSAQ 1320 1330 1340 1350 1360 1370 AC0003 PNRELRGVIIAVVVALNDETEDDDYQLPDVMEVQAQIHKLDHHKCTNTLHLSGVPRTNND 1380 1390 1400 1410 1420 1430 AC0003 QLHICRYSAFHPLVTMLKDGYTIQVIKRNPPIKQGVELKMHGIHLVYEGDDDLEGRENTL 1440 1450 1460 1470 1480 1490 AC0003 PETQQTVSQKLANFFSSFEEEEGETISESESTVI 1500 1510 1520 1530 Library scan: 0:00:01 total CPU time: 0:00:03