SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K11J9.P1 (Universal genetic code) : 736 aa
 vs  library
 searching atu96879 library

    980 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
ATU96879, 980 bases, 8CB checksum.                 (980)1736

>>ATU96879, 980 bases, 8CB checksum.                 (980 aa)
Smith-Waterman score: 1736;   39.810% identity in 736 aa overlap

                                              10         20        
K11J9.                                MRVSGETEDFSFIGSY-WKVPVNGQN-DA
                                                   : . :   ..... ::
ATU968 MAMRLLKTHLLFLHLYLFFSPCFAYTDMEVLLNLKSSMIGPKGHGLHDW---IHSSSPDA
               10        20        30        40           50       

        30        40        50         60        70        80      
K11J9. VWCSWSGVVCDNVTAQVISLDLSHRNLSGRI-PIQIRYLSSLLYLNLSGNSLEGSFPTSI
         ::.::: ::.  :.::::..:   : : : : .: .:. :. :.:..:.. : .:  .
ATU968 -HCSFSGVSCDD-DARVISLNVSFTPLFGTISP-EIGMLTHLVNLTLAANNFTGELPLEM
         60         70        80         90       100       110    

         90       100         110        120       130       140   
K11J9. FDLTKLTTLDISRN-SFDSSFPPG-ISKLKF-LKVFNAFSNNFEGLLPSDVSRLRFLEEL
        .::.: .:.:: : .. ..:: : : :    :.:.....:::.: :: ..:.:. :. :
ATU968 KSLTSLKVLNISNNGNLTGTFP-GEILKAMVDLEVLDTYNNNFNGKLPPEMSELKKLKYL
          120       130        140       150       160       170   

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K11J9. NFGGSYFEGEIPAAYGGLQRLKFIHLAGNVLGGKLPPRLGLLTELQHMEIGY-NHFNGNI
       .:::..: :::: .:: .: :... : :  :.:: :  :. : .:..: ::: : ..:..
ATU968 SFGGNFFSGEIPESYGDIQSLEYLGLNGAGLSGKSPAFLSRLKNLREMYIGYYNSYTGGV
           180       190       200       210       220       230   

            210       220       230       240       250       260  
K11J9. PSEFALLSNLKYFDVSNCSLSGSLPQELGNLSNLETLFLFQNGFTGEIPESYSNLKSLKL
       : ::. :..:. .:...:.:.: .:  :.::..:.::::  :..::.::   :.: ::: 
ATU968 PREFGGLTKLEILDMASCTLTGEIPTSLSNLKHLHTLFLHINNLTGHIPPELSGLVSLKS
           240       250       260       270       280       290   

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K11J9. LDFSSNQLSGSIPSGFSTLKNLTWLSLISNNLSGEVPEGIGELPELTTLFLWNNNFTGVL
       ::.: :::.: ::..: .: :.: ..:. ::: :..::.:::::.: .. .:.::::  :
ATU968 LDLSINQLTGEIPQSFINLGNITLINLFRNNLYGQIPEAIGELPKLEVFEVWENNFTLQL
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K11J9. PHKLGSNGKLETMDVSNNSFTGTIPSSLCHGNKLYKLILFSNMFEGELPKSLTRCESLWR
       : .:: ::.:  .:::.: .:: ::..::.:.::  ::: .:.: : .:. : .:.:: .
ATU968 PANLGRNGNLIKLDVSDNHLTGLIPKDLCRGEKLEMLILSNNFFFGPIPEELGKCKSLTK
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            390       400       410       420       430       440  
K11J9. FRSQNNRLNGTIPIGFGSLRNLTFVDLSNNRFTDQIPADFATAPVLQYLNLSTNFFHRKL
       .:  .: ::::.: :. .:  .:...:..: :. ..:. . .. ::. . ::.:.:  ..
ATU968 IRIVKNLLNGTVPAGLFNLPLVTIIELTDNFFSGELPVTM-SGDVLDQIYLSNNWFSGEI
           420       430       440       450        460       470  

            450        460       470        480       490          
K11J9. PENIWKAPNLQ-IFSASFSNLIGEIPNYV-GCKSFYRIELQGNSLNGTIPWD-IGHCEKL
       :  : . :::: .:  . . . :.::  .   : . ::. ..:...: :: : :..:  :
ATU968 PPAIGNFPNLQTLF-LDRNRFRGNIPREIFELKHLSRINTSANNITGGIP-DSISRCSTL
            480        490       500       510       520        530

     500       510       520       530       540       550         
K11J9. LCLNLSQNHLNGIIPWEISTLPSIADVDLSHNLLTGTIPSDFGSSKTITTFNVSYNQLIG
       . ..::.:..:: ::  :... ... ...: : :::.::. .:.  ..::...:.:.: :
ATU968 ISVDLSRNRINGEIPKGINNVKNLGTLNISGNQLTGSIPTGIGNMTSLTTLDLSFNDLSG
              540       550       560       570       580       590

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K11J9. PIP-SGSFAHLNPSFFSSNEGLCGDLVGK-PCNSDRFNAGNADIDGHHKEE-RPKKTAGA
        .: .:.:  .: . :..:  ::  :  .  : . :   :... : .:     :..    
ATU968 RVPLGGQFLVFNETSFAGNTYLC--LPHRVSCPT-R--PGQTS-DHNHTALFSPSR---I
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K11J9. IVWILAAAIGVGFFVLVA-ATRCFQKSYGNRVDGGGRNGGDIGPWKLTAFQRLNFTADDV
       .. ..::  :   ..:.. : :  :    :.     .:  ... :::::::.:.: ..::
ATU968 VITVIAAITG---LILISVAIR--QM---NK----KKNQKSLA-WKLTAFQKLDFKSEDV
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K11J9. VECLSKTDNILGMGSTGTVYKAEMPNGEIIAVKKLWGKNKENGKIRRRKSGVLAEVDVLG
       .::: : .::.: :..: ::.. :::.  .:.:.: :..  .:   :   :  ::...::
ATU968 LECL-KEENIIGKGGAGIVYRGSMPNNVDVAIKRLVGRG--TG---RSDHGFTAEIQTLG
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K11J9. N                                                           
                                                                   
ATU968 RIRHRHIVRLLGYVANKDTNLLLYEYMPNGSLGELLHGSKGGHLQWETRHRVAVEAAKGL
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ATU968 CYLHHDCSPLILHRDVKSNNILLDSDFEAHVADFGLAKFLVDGAASECMSSIAGSYGYIA
            810       820       830       840       850       860  

ATU968 PEYAYTLKVDEKSDVYSFGVVLLELIAGKKPVGEFGEGVDIVRWVRNTEEEITQPSDAAI
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ATU968 VVAIVDPRLTGYPLTSVIHVFKIAMMCVEEEAAARPTMREVVHMLTNPPKSVANLIAF
            930       940       950       960       970       980

Library scan:  0:00:00  total CPU time:  0:00:03