SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >K11J9.9 (Universal genetic code) : 337 aa
 vs  library
 searching tml1_arath library

    674 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
TML1_ARATH, 674 bases, 1D3 checksum.               (674) 804

>>TML1_ARATH, 674 bases, 1D3 checksum.               (674 aa)
Smith-Waterman score: 804;   37.465% identity in 355 aa overlap

TML1_A MGMEALRFLHVIFFFVLILHCHCGTSLSGSSDVKLLLGKIKSSLQGNSESLLLSSWNSSV
               10        20        30        40        50        60

TML1_A PVCQWRGVKWVFSNGSPLQCSDLSSPQWTNTSLFNDSSLHLLSLQLPSANLTGSLPREIG
               70        80        90       100       110       120

TML1_A EFSMLQSVFLNINSLSGSIPLELGYTSSLSDVDLSGNALAGVLPPSIWNLCDKLVSFKIH
              130       140       150       160       170       180

TML1_A GNNLSGVLPEPALPNSTCGNLQVLDLGGNKFSGEFPEFITRFKGVKSLDLSSNVFEGLVP
              190       200       210       220       230       240

TML1_A EGLGVLELESLNLSHNNFSGMLPDFGESKFGAESFEGNSPSLCGLPLKPCLGSSRLSPGA
              250       260       270       280       290       300

                             10          20        30         40   
K11J9.              MIAIIII-FIFC--RRTTTETNEVQYDVESPYEKQEFSDN-GSETEE
                    ..: ..: ..    :... :...   :.:   :..:.... :.: . 
TML1_A VAGLVIGLMSGAVVVASLLIGYLQNKKRKSSIESED---DLEEGDEEDEIGEKEGGEGK-
              310       320       330          340       350       

            50        60        70        80        90        100  
K11J9. ELIIFNGGEDLTICDILDAPGEVIGKSSYGTLYKATLQRSGKVRVLRFLRP-LCAVNSDS
        :..:.:::.::. :.:.: :.:. :.::::.::: :. .:.. .::.::   :   .: 
TML1_A -LVVFQGGENLTLDDVLNATGQVMEKTSYGTVYKAKLSDGGNI-ALRLLREGTC---KDR
         360       370       380       390        400          410 

            110       120       130       140       150         160
K11J9. KEFNGVIESLGFVRHDNLVPLLGFYVGNRGEKLMIHPFFGSSGNLSAFIKCGDV--DAHK
       .    ::..:: .::.::::: .:: :.:::::.:. .. .  .:  ... .     : .
TML1_A SSCLPVIRQLGRIRHENLVPLRAFYQGKRGEKLLIYDYLPNI-SLHDLLHESKPRKPALN
             420       430       440       450        460       470

              170       180       190       200       210       220
K11J9. WSNILSITIGIAKALDHLHTGMQKPIVHGNLKSKNVLLDKSFRPRVSDFGLHLLLNLAAG
       :.   .:..:::..: .::::.. ::.:::..:::::.:  :  :...:::  ..  :..
TML1_A WARRHKIALGIARGLAYLHTGQEVPIIHGNIRSKNVLVDDFFFARLTEFGLDKIMVQAVA
              480       490       500       510       520       530

              230       240       250       260         270        
K11J9. QEVLEASAAEGYKAPELIKMKEVSKESDVYSFGVIMLELVSGKEP--TNKNPTGS-VLDR
       .:..  . ..::::::: :::. . .::::.::...::.. ::.:  ...:  :.  .: 
TML1_A DEIVSQAKSDGYKAPELHKMKKCNPRSDVYAFGILLLEILMGKKPGKSGRN--GNEFVD-
              540       550       560       570       580          

       280       290             300          310       320        
K11J9. NRLSDLYRPEIIRRC-LK--D---GNGVT---EECVLEYFQLAMSCCSPSPTLRPSFKQV
         : .: .  ....  ..  :    .:.    :: ... ..:::.::.:  :.:::...:
TML1_A --LPSLVKAAVLEETTMEVFDLEAMKGIRSPMEEGLVHALKLAMGCCAPVTTVRPSMEEV
         590       600       610       620       630       640     

      330                           
K11J9. LRKLEEIRK                    
       ...::: :                     
TML1_A VKQLEENRPRNRSALYSPTETRSDAETPF
         650       660       670    

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