SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MSL1.18 (Universal genetic code) : 590 aa
 vs  library
 searching f19k2312 library

    568 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
F19K2312, 568 bases, 1D27 checksum.                (568)1347

>>F19K2312, 568 bases, 1D27 checksum.                (568 aa)
Smith-Waterman score: 1347;   38.918% identity in 573 aa overlap

                              10        20        30        40     
MSL1.1              MENPPDQTE--SKETLQQPITRRRTKGGLLTMPFIIANEGFEKVASY
                           ::  : .   .: ....: :.  . :::..::  :..: :
F19K23 MFKILTTKIQSFFCLNISGGTEDGSIDIYGNPPSKKKT-GNWKACPFILGNECCERLAYY
               10        20        30         40        50         

          50        60        70        80         90       100    
MSL1.1 GLLQNMILYLMSDYRLGLVKGQTVLFMWVAATNFM-PLVGAFLSDSYLGRFLTIVIASLS
       :. .:.: :  :. . . :.. . ...:  .: .. ::.:: ..::: ::. :  :::.:
F19K23 GIAKNLITYYTSELHESNVSAASDVMIW-QGTCYITPLIGAVIADSYWGRYWT--IASFS
      60        70        80         90       100       110        

             110       120       130       140       150       160 
MSL1.1 SLL---MVVLWLTAMLPQVKPSPCVATAGTNCSSATSSQLALLYTAFALISIGSGGIRPC
       ..    :..: :.: :: .::. :...:.. :: ::. : :...:.. ::..:.:::.::
F19K23 AIYFIGMALLTLSASLPVLKPAACAGVAAALCSPATTVQYAVFFTGLYLIALGTGGIKPC
        120       130       140       150       160       170      

             170       180        190       200       210       220
MSL1.1 SLAFGADQLDNKENPKNERVLE-SFFGWYYASSSVAVLIAFTVIVYIQDHLGWKIGFGIP
         .:::::.:. . :. ::: . :::.:.: : ... .:. :..:..:...:: .:: ::
F19K23 VSSFGADQFDDTD-PR-ERVRKASFFNWFYFSINIGSFISSTLLVWVQENVGWGLGFLIP
        180        190        200       210       220       230    

                230        240       250       260       270       
MSL1.1 AILM-L-LAGFLFVFASPLY-VKRDVSKSLFTGLAQVVAAAYVKRNLTLPDHHDSRDCYY
       ...: . .:.: :. ..:::  ..  . : .: . ::..::: : .:.::.  :    : 
F19K23 TVFMGVSIASF-FI-GTPLYRFQKP-GGSPITRVCQVLVAAYRKLKLNLPE--DISFLYE
          240         250        260       270       280           

        280       290       300       310        320       330     
MSL1.1 -RLKDSELKAPSDKLRFLNKACAISNRDEDLGSDGLAL-NQWRLCTTDQVEKLKALVKVI
        : :.: . : : :..  . : .::. .   ...: :. : :.:::. :::..:.:....
F19K23 TREKNS-MIAGSRKIQHTDAA-VISEYE---SKSG-AFSNPWKLCTVTQVEEVKTLIRMF
     290        300        310           320       330       340   

         340       350          360       370       380        390 
MSL1.1 PVWSTGIMMSINVSQNS--F-QLLQAKSMDRRLSSNSTFQIPAGSFGMF-TIIALISWVV
       :.:..::..:.  :: :  : :  :..::.: . :   :.:: .:::.: :.:.::: . 
F19K23 PIWASGIVYSVLYSQISTLFVQ--QGRSMNRIIRS---FEIPPASFGVFDTLIVLIS-IP
           350       360         370          380       390        

             400       410         420       430       440         
MSL1.1 LYDRAILPLASKIRGRPVR--VNVKIRMGLGLFISFLAMAVSATVEHYRRKTAISQGLAN
       .::: ..:.. .. : : .  .... :::.:::.: :..:..: ::  :    . : ::.
F19K23 IYDRFLVPFVRRFTGIP-KGLTDLQ-RMGIGLFLSVLSIAAAAIVETVR----L-Q-LAQ
       400       410        420        430       440               

     450       460       470       480       490       500         
MSL1.1 DANSTVSISAMWLVPQYVLHGLAEALTGIGQTEFFYTEFPKSMSSIAASLFGLGMAVANI
       :    :..: .: .:::.: :.::..  ::..:::: : : .: :. ..:  :. ::.. 
F19K23 D---FVAMSIFWQIPQYILMGIAEVFFFIGRVEFFYDESPDAMRSVCSALALLNTAVGSY
     450          460       470       480       490       500      

     510       520        530       540       550        560       
MSL1.1 LASVILNAVKN-SSKQGNVSWIEDNINKGHYDYYYWVLAILSFVNV-IYYVVCSWSYGPT
       :.:.::. :   ..  :. .:. :..:::: ::..:.:. :..::. .: ..:       
F19K23 LSSLILTLVAYFTALGGKDGWVPDDLNKGHLDYFFWLLVSLGLVNIPVYALICVKHTKKK
        510       520       530       540       550       560      

       570       580       590
MSL1.1 VDQVRNDKVNGMRKEEEEVIKLN
                              
F19K23 AL                     
                              

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