KTU3 (Kazusa Tomato Unigene 3) が、MiBASEから公開されました。

new URL: http://www.pgb.kazusa.or.jp/mibase/


 

MiBASE

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 本データベースは、 農林水産省「先端技術を活用した農林水産研究高度化事業」と かずさDNA研究所のサポートを受けています。 これまでに、トマト品種Micro-Tomの果実由来の19,883 ESTと葉由来の12,168 EST(合計36,427 EST)を本データベースで公開しています。
  また、NCBIのdbESTから得たトマトESTと上述のマイクロトムESTと合わせ(計 186,405 EST)、アセンブルを行い構築した 26,363個の UNIGENEとそれらより推定されたSNPやSSRも併せて公開しています。
  また、当プロジェクトで配布しているマクロアレイ上のすべての配列とそのアノテーションも、MiBASEからの検索が可能となっています。

           
    UNIGENE Search アノテーション、シロイヌナズナの相同性遺伝子やGO、遺伝子発現パターンからUNIGENEの検索ができます。  

News

KTU3 (Kazusa Tomato Unigene 3) が、新しいMiBASEから公開されました。2009/Dec

Unigene情報を更新しました。"UNIGENE search"もしくはBLASTから検索できます。完全長cDNAを含む、マイクロトムの約9.7万ESTが含まれます。2007/Mar

総アクセス数が35万件に達しました。2007/Mar

完全長cDNAクローンの配布を開始しました。
2006/Feb/01

完全長cDNAライブラリーのクローン情報を追加しました。EST検索ページから利用可能です。
2005/May/13

MiBASEがSGNに、Kazusa Microtom Siteとしてリンクが張られました。2005/Jan/19

       
    EST Search ESTや完全長cDNAクローンを名前やアノテーションから検索できます。
         
    GO Search シロイヌナズナとの相同性に基づいた、トマトのUNIGENEのGOが検索できます。  
         
    Pathway Search シロイヌナズナとの相同性に基づいた、トマトのUNIGENEの代謝パスウェイが検索できます。  
         
    Marker Search SNP, indels, SSRの検索ができます。  
         
    Macroarray Search 配布しているマクロアレイ上の遺伝子についてのアノテーションの検索や、発現強度のデータから遺伝子の絞込みができます。 マクロアレイの配布についてはこちら  
         
    BLAST 任意の塩基・タンパク質配列から、トマトESTとUNIGENEの相同性検索ができます。  
         
    Tool 解析や開発に用いたperlなど  
         
    Link 関連サイトや論文情報  
         
    About us 矮性トマト品種Micro-TomとcDNAライブラリーについて  
         
    クローン・リクエスト リクエスト可能なクローンは、クローン名がFA, FB, FC, LA, LB, LCで始まるものです。  

本データベースは、
農林水産省「先端技術を活用した農林水産研究高度化事業」と
かずさDNA研究所のサポートを受けています。

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