Jatropha Genome Database
- JcCA0000041.30
BLASTN 2.2.23 [Feb-03-2010]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= JcCA0000041.30 + phase: 0
(1482 letters)
Database: jatropha cDNA leaf/callus assembly
(MIRA3.0.5:c=standard,s=non-debris singleton) 2010/06/09
21,225 sequences; 12,776,988 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
KJC_c00002 2872 0.0
KJC_c13751 1285 0.0
KJC_c14053 1231 0.0
KJC_s20062 531 e-150
KJC_s14389 226 1e-58
>KJC_c00002
Length = 4124
Score = 2872 bits (1449), Expect = 0.0
Identities = 1472/1482 (99%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 atggaaaaacggtggttcaattcgatcttatccaatgtagaattaggatacaggtgtagg 60
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Query: 421 gatactaaatatagttggaataattacatcaatagttgtattgacaattatcttcgctct 480
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Query: 481 caaatctgtattgatttaagtggtagtaacaattacagtgagagttacatttatagttac 540
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Query: 541 atttgtggtgaaagtggaaatagtagtgaaagtgagagttccagtctaagaactagcacg 600
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Query: 661 aagcatttgtgggttcaatgcgaaaattgttatggattaaactataagaaatttttgaag 720
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Query: 721 tcaagaatgaatatttgtgaacaatgtggatatcatttgaaaatgagtagttcagataga 780
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Query: 841 gatcccattgaatttcattcagaagaggaaccttataaagatcgtattgattcttatcnn 900
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Query: 901 nnnnngacaggattaaccgaggctgttcaaacaggcacaggtcaactaaacggtattccc 960
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Query: 1021 gaaaaaatcacccgtttgattgagtatgctaccaataaatttttacctcttattttagtg 1080
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Query: 1081 tgtgcttccggaggagcacgcatgcaagaaggaagtttgagcttgatgcaaatggctaaa 1140
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Query: 1141 atatcttctgctttatatgattatcaatcgaataaaaagttattttatgtatcaatcctt 1200
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Query: 1201 acatctcctacgaccggcggggtgacagctagttttggtatgttgggggatatcattatt 1260
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Query: 1261 gctgaacctaacgcctatattgcatttgcgggtaaaagagtaattgaacaaacattgaat 1320
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Sbjct: 477 gctgaacctaacgcctatattgcatttgcgggtaaaagagtaattgaacaaacattgaat 418
Query: 1321 aagacagtacctgaaggttcacaatcggctgaatttttattccataagggtttattcgat 1380
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Sbjct: 417 aagacagtacctgaaggttcacaatcggctgaatttttattccataagggtttattcgat 358
Query: 1381 ccaatcgtaccacgtaatcctttaaaaggcgttttgaatgagttacttcagcttcacgat 1440
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Sbjct: 357 ctaatcgtaccacgtaatcttttaaaaggcgttttgaatgagttacttcagcttcacgat 298
Query: 1441 ttctttcctttgaatcataaatcaagtagagccttaagttaa 1482
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Sbjct: 297 ttctttcctttgaatcataaatcaagtagagccttaagttaa 256
>KJC_c13751
Length = 963
Score = 1285 bits (648), Expect = 0.0
Identities = 673/682 (98%), Gaps = 1/682 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 801 aggcacttggaatcctatggatgaagacatggtatctctggatcccattgaatttcattc 860
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Query: 861 agaagaggaaccttataaagatcgtattgattcttatcnnnnnnngacaggattaaccga 920
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Query: 921 ggctgttcaaacaggcacaggtcaactaaacggtattcccgtagcaattggggttatgga 980
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Query: 981 ttttcagtttatggggggtagtatgggatccgtagtaggggaaaaaatcacccgtttgat 1040
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Sbjct: 699 ttttcagtttatggggggtagtatgggatccgtagtaggggaaaaaatcacccgtttgat 640
Query: 1041 tgagtatgctaccaataaatttttacctcttattttagtgtgtgcttccggaggagcacg 1100
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Sbjct: 639 tgagtatgctaccaataaatttttacctcttattttagtgtgtgcttccggaggagcacg 580
Query: 1101 catgcaagaaggaagtttgagcttgatgcaaatggctaaaatatcttctgctttatatga 1160
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Query: 1161 ttatcaatcgaataaaaagttattttatgtatcaatccttacatctcctacgaccggcgg 1220
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Query: 1221 ggtgacagctagttttggtatgttgggggatatcattattgctgaacctaacgcctatat 1280
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Query: 1281 tgcatttgcgggtaaaagagtaattgaacaaacattgaataagacagtacctgaaggttc 1340
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Query: 1341 acaatcggctgaatttttattccataagggtttattcgatccaatcgtaccacgtaatcc 1400
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Sbjct: 339 acaatcggctgaatttttattccataagggtttattcgatctaatcgtaccacgtaatct 280
Query: 1401 tttaaaaggcgttttgaatgagttacttcagcttcacgatttctttcctttgaatcataa 1460
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Query: 1461 atcaagtagagccttaagttaa 1482
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Sbjct: 219 atcaagtagagccttaagttaa 198
>KJC_c14053
Length = 657
Score = 1231 bits (621), Expect = 0.0
Identities = 649/658 (98%), Gaps = 2/658 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 389 gtggtgacttccactatgatcattatatgtctgatactaaatatagttggaataattaca 448
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Query: 449 tcaatagttgtattgacaattatcttcgctctcaaatctgtattgatttaagtggtagta 508
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Query: 509 acaattacagtgagagttacatttatagttacatttgtggtgaaagtggaaatagtagtg 568
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Query: 569 aaagtgagagttccagtctaagaactagcacgaatggtagcgatttaactataagagaaa 628
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Query: 629 gttctaatgatctcgatataactcaaaaatacaagcatttgtgggttcaatgcgaaaatt 688
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Query: 689 gttatggattaaactataagaaatttttgaagtcaagaatgaatatttgtgaacaatgtg 748
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Query: 749 gatatcatttgaaaatgagtagttcagatagaattgaactttcgattgacctaggcactt 808
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Sbjct: 361 gatatcatttgaaaatgagtagttcagatagaattgaactttcgattgacctaggcactt 420
Query: 809 ggaatcctatggatgaagacatggtatctctggatcccattgaatttcattcagaagagg 868
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Sbjct: 421 ggaatcctatggatgaagacatggtatctctggatcccattgaatttcattcagaagagg 480
Query: 869 aaccttataaagatcgtattgattcttatcnnnnnnngacaggattaaccgaggctgttc 928
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Sbjct: 481 aaccttataaagatcgtattgattcttatcaaaaaaagacaggattaaccgaggctgttc 540
Query: 929 aaacaggcacaggtcaactaaacggtattcccgtagcaattggggttatggattttcagt 988
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Sbjct: 541 aaacaggcacaggtcaactaaacggtattcccgtagcaattggggttatgga-tttcagt 599
Query: 989 ttatggggggtagtatgggatccgtagt-aggggaaaaaatcacccgtttgattgagt 1045
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Sbjct: 600 ttatggggggtagtatgggatccgtagtaaggggaaaaaatcacccgtttgattgagt 657
>KJC_s20062
Length = 410
Score = 531 bits (268), Expect = e-150
Identities = 306/312 (98%), Gaps = 5/312 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 246 tagtaatagggacagttattccatatat-tttgatattgaaaatcaagtttttgag-att 303
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Sbjct: 410 tagtaatagggacagttattcc-tatatatttgatattgaaa-tcaagtttttgagtatt 353
Query: 304 gaaactgatcatt-cttttctgaatgaactagaaagttctttttatagttattggaattc 362
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Sbjct: 352 gaaactgatcatttcttttctgaatgaactagaaagttctttttatagttattggaattc 293
Query: 363 gagttatctgaataatgggtctagcagtggtgacttccactatgatcattatatgtctga 422
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Sbjct: 292 gagttatctgaataatgggtctagcagtggtgacttccactatgatcattatatgtctga 233
Query: 423 tactaaatatagttggaataattacatcaatagttgtattgacaattatcttcgctctca 482
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Sbjct: 232 tactaaatatagttggaataattacatcaatagttgtattgacaattatcttcgctctca 173
Query: 483 aatctgtattgatttaagtggtagtaacaattacagtgagagttacatttatagttacat 542
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Sbjct: 172 aatctgtattgatttaagtggtagtaacaattacagtgagagttacatttatagttacat 113
Query: 543 ttgtggtgaaag 554
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Sbjct: 112 ttgtggtaaaag 101
>KJC_s14389
Length = 522
Score = 226 bits (114), Expect = 1e-58
Identities = 114/114 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1134 ggctaaaatatcttctgctttatatgattatcaatcgaataaaaagttattttatgtatc 1193
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Sbjct: 515 ggctaaaatatcttctgctttatatgattatcaatcgaataaaaagttattttatgtatc 456
Query: 1194 aatccttacatctcctacgaccggcggggtgacagctagttttggtatgttggg 1247
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Sbjct: 455 aatccttacatctcctacgaccggcggggtgacagctagttttggtatgttggg 402