Jatropha Genome Database
- JcCA0262721.10
BLASTN 2.2.23 [Feb-03-2010]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= JcCA0262721.10 + phase: 2 /partial
(1620 letters)
Database: JAT_13201ests
13,201 sequences; 6,040,684 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gi|268522493|gb|FM894638.1|FM894638 FM894638 Jatropha curcas emb... 835 0.0
gi|268524980|gb|FM896610.1|FM896610 FM896610 Jatropha curcas emb... 793 0.0
gi|268524355|gb|FM895035.1|FM895035 FM895035 Jatropha curcas emb... 424 e-118
gi|268524784|gb|FM895482.1|FM895482 FM895482 Jatropha curcas emb... 178 1e-44
>gi|268522493|gb|FM894638.1|FM894638 FM894638 Jatropha curcas embryo
71-95 (DAF) Jatropha curcas cDNA clone rjcpga0_000448,
mRNA sequence
Length = 425
Score = 835 bits (421), Expect = 0.0
Identities = 424/425 (99%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1054 ggcggaaattaacaaagttgtcaaactccaagaggaacttgatattgatgttctcgtcca 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 ggcggaaattaacaaagttgtcaaactccaagaggaacttgatattgatgttctcgtcca 60
Query: 1114 tggggagcctgagaggaatgatatggttgaatactttggagagcagttgtcaggttttgt 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 tggggagcctgagaggaatgatatggttgaatactttggagagcagttgtcaggttttgt 120
Query: 1174 cttcacagtcaatggatgggtgcaatcctatggatcacggtgtgtgaagccaccaatcat 1233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 cttcacagtcaatggatgggtgcaatcctatggatcacggtgtgtgaagccaccaatcat 180
Query: 1234 ctatggtgatgtgagccgccccaacccaatgactgttttctggtcctctacagctcagag 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ctatggtgatgtgagccgccccaacccaatgactgttttctggtcctctacagctcagag 240
Query: 1294 catgactgcccgcccaatgaagggaatgcttacaggccctgtaaccattctcaactggtc 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 catgactgcccgcccaatgaagggaatgcttacaggccctgtaaccattctcaactggtc 300
Query: 1354 ctttgtcaggaatgaccagcccagatttgagacatgctatcagatcgctttggcaattaa 1413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 ctttgtcaggaatgaccagcccagatttgagacatgctatcagatcgctttggcaattaa 360
Query: 1414 ggatgaagtggaggatcttgagaaggccggtatcaatgttatccaaattgacgaggctgc 1473
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 361 ggatgaagtggaggatcttgagaaggccggtatcaatgttatccaaattgacgaagctgc 420
Query: 1474 tctga 1478
|||||
Sbjct: 421 tctga 425
>gi|268524980|gb|FM896610.1|FM896610 FM896610 Jatropha curcas embryo
71-95 (DAF) Jatropha curcas cDNA clone rjcpga0_003871,
mRNA sequence
Length = 589
Score = 793 bits (400), Expect = 0.0
Identities = 412/416 (99%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 ccatttcattgtccctgaattgggacctgatgtcaaattctcttatgcttctcacaaggc 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 174 ccatttcattgtccctgaattgggacctgatgtcaaattctcttatgcttctcacaaggc 233
Query: 61 agtgactgaatacaaggaggccaaggcgctcggaatagatacagttcctgtccttgttgg 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 234 agtgactgaatacaaggaggccaaggcgctcggaatagatacagttcctgtccttgttgg 293
Query: 121 ccctgtctcttacttgttactttctaaacctgctaagggtgtggagaaaaccttttctct 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 294 ccctgtctcttacttgttactttctaaacctgctaagggtgtggagaaaaccttttctct 353
Query: 181 tctctcccttcttggaaagatccttccagtctacaaggaggttatttcagagcttaaaga 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 354 tctctcccttcttggaaagatccttccagtctacaaggaggttatttcagagcttaaaga 413
Query: 241 agctggtgcatcctggattcagtttgacgagcctacgcttgttatggaccttgattctca 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 414 agctggtgcatcctggattcagtttgacgagcctacgcttgttatggaccttgattctca 473
Query: 301 caaattgcaagcatttactgatgcctactctgagcttgagtcaactctatccggcttgaa 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 474 caaattgcaagcatttactgatgcctactctgagcttgagttcactctatccggcttgaa 533
Query: 361 tgttgttgtcgagacctactttgctgatgtacctgctgaggcattcaagaccctca 416
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 534 tgttgtggtcgagaactactttgctgatgtacctgctgaggcattcaagaccctca 589
>gi|268524355|gb|FM895035.1|FM895035 FM895035 Jatropha curcas embryo
71-95 (DAF) Jatropha curcas cDNA clone rjcpga0_001377,
mRNA sequence
Length = 214
Score = 424 bits (214), Expect = e-118
Identities = 214/214 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 263 tttgacgagcctacgcttgttatggaccttgattctcacaaattgcaagcatttactgat 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 tttgacgagcctacgcttgttatggaccttgattctcacaaattgcaagcatttactgat 60
Query: 323 gcctactctgagcttgagtcaactctatccggcttgaatgttgttgtcgagacctacttt 382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gcctactctgagcttgagtcaactctatccggcttgaatgttgttgtcgagacctacttt 120
Query: 383 gctgatgtacctgctgaggcattcaagaccctcacatctttgaagggtgtcactggatat 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 gctgatgtacctgctgaggcattcaagaccctcacatctttgaagggtgtcactggatat 180
Query: 443 ggttttgatttggttcgtggaactaaaactcttg 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ggttttgatttggttcgtggaactaaaactcttg 214
>gi|268524784|gb|FM895482.1|FM895482 FM895482 Jatropha curcas embryo
71-95 (DAF) Jatropha curcas cDNA clone rjcpga0_002411,
mRNA sequence
Length = 498
Score = 178 bits (90), Expect = 1e-44
Identities = 108/113 (95%), Gaps = 2/113 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1507 gcaagctttctac--ttggactgggccgtgcactcctttagaattaccaactgcggagta 1564
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct: 498 gcaagctttctacctttggactgggccgtgcactcctttagaattaccatttgcggagta 439
Query: 1565 caagacaccacccagattcacactcacatgtgctactccaacttcaatgacat 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 438 caagacaccacccagattcacactcacatgtgctactcctacttcaatgacat 386