BLAST2 Macintosh version

インストールの方法

1. インストールしたい Mac から入手してください。
   必要なツールが入っていれば自動で展開します。
   自動で展開されなかった場合は以下のサイトから StuffIt Expander をダウンロードしてください。

   StuffIt Expander ファイル入手先： http://www.aladdinsys.com/expander/expander_mac_login.html

   blast ファイル入手先：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast.hqx

2. 展開されると Blast Folder というフォルダが出来ます

blast で使用するファイル

ここで使用するファイルは FastA フォーマットと呼ばれる形式のファイルです。

基本ファイル　−　１行あたりの文字数をそろえます

>Sequence_name comment
GGACAGCGGAATCCTCGACCCGGTTGAGGAATGGTCGACGAAAATCTATC
AGAGCCATGAAGCGGCGAGGCATAGGAGGAGGATGAGCGAGAATGGGTGG
GCGGGAAGAGAGAAACTGATGATCAGAGCGATGATGCAGACGTAATTCAC

データベース作成用ファイル　−　基本ファイルをひとつのファイルにまとめます

>Sequence 1
GGACAGCGGAATCCTCGACCCGGTTGAGGAATGGTCGACGAAAATCTATC
>Sequence 2 
AGAGCCATGAAGCGGCGAGGCATAGGAGGAGGATGAGCGAGAATGGGTGG
>Sequence 3
GCGGGAAGAGAGAAACTGATGATCAGAGCGATGATGCAGACGTAATTCAC

データベースの設定

1. データベースの元になるファイルを用意します。(fasta format)
2. 元ファイルを Blast Folder 内に置きます。
3. formatdb をダブルクリックして以下を設定します。

   String: Title for database file　← データベース名

   File In: Input file for formatting (this parameter must be set)　← 元ファイル [File In] ボタンで指定

   File Out: .. Type of file　T - protein （デフォルト）　F - nucleotide
   ＊ protein の場合はチェックする、nucleotide の場合はチェックをはずす

   [ok] ボタンで実行　← Blast Folder 内にデータファイルが作成される

コマンドの実行

1. blastall （一般の blast）

   Program Name　← blastn, blastp など入力

   Database　← 作成したデータベースの中から使用するデータベースを入力

   Query File　← [File In] ボタンからファイルを指定

   Blast report Output File　← [File Out] ボタンからファイルを設定

   [ok] ボタンで実行　← 設定したファイルが作成される

2. bl2seq （1 対 1 の比較）

   First sequence　← １本目の配列 [File In] ボタンで指定

   Second sequence　← ２本目の配列 [File In] ボタンで指定

   Program name　← blastn, blastp など入力

   alignment output file　← [File Out] ボタンで指定

   [ok] ボタンで実行　← 設定したファイルが作成される

＊実行上の注意＊

blastall などのコマンドを実行中は他の作業は一切できません

結果をみる

結果のファイルはテキスト形式です。

Netscape などのブラウザーを起動してファイルをドラッグ＆ドロップすると簡単に 結果を見ることが出来ます。

動作環境について

以下は Mac G4 (Mac OS J1-9.0.2) 400MHz で設定を変えて動作テストをした結果です。

メモリサイズのデフォルトは 8000k です。

長い配列を問い合わせたい場合はメモリの割当てを増やす必要があります。

blastall

	メモリサイズ (k)
長さ (bp)	8000	10000	15000	20000	25000	30000	35000	40000
3000	○	○	○	○	○	○	○	○
4500	×	○	○	○	○	○	○	○
10000	×	×	○	○	○	○	○	○
25000	×	×	×	○	○	○	○	○
50000	×	×	×	×	○	○	○	○
75000	×	×	×	×	×	○	○	○
100000	×	×	×	×	×	×	○	○
110000	×	×	×	×	×	×	×	○
125000	×	×	×	×	×	×	×	×

使用データベース：all_arabi_nt (124,065,924 bp total; 配列数 1515本)

テスト用配列はそれぞれの長さに近いファイルを選んで使用しました。

3k, 4.5k の場合、検索時間 約１３秒

110k の場合、検索時間 約１４分

Solaris 2.6 をのせた Sparc 300 MHz のワークステーションとほぼ同じ速さでした。

メモリを増やすには？

メモリを増やしたいプログラムのアイコンを指定します。

ファイル → 情報を見る （アップルマーク＋ i）でアプリケーションのメモリ必要条件の使用サイズの数を増やします。

画面を閉じます。