問１． 効率の良いアセンブリの方法とソフトは？
回答
問２． 蛋白の抗原性(antigenicity)を調べるサイトは？
回答
問３-１．モチーフ検索のよい方法は？
回答
問３-２．蛋白質の構造を予測する上で、現在のいろいろなモチーフサーチのデータベースがあるがどれを使うのが一番いいか？
回答
問３-３．短いアミノ酸配列のモチーフを用いてゲノムの配列やESTを検索するよいパラメーターの設定、あるいはそういう目的に作られたソフトはあるか？
回答
問４-１．FASTAとBLASTAはどう違うか？
ホモロジー検索のプログラムとしてNCBIのFTPサイトからBLASTを入手して使っているが、FASTAなど他のホモロジー検索プログラムとのどう使い分けるのが適当なのか知りたい。
回答
問４-２． FASTA、BLAST以外に手に入るホモロジー検索プログラムはあるか？
回答
問４-３．NCBIではBLAST用のコンパクトなデータベース（１００MBから４００MBくらい）をFTPサイトで公開しているが、他にサイトはあるか？ あるいは、生物毎の配列データベースを入手できるところがあるか？
回答
問２７． BLASTやMPSEARCHのそれぞれの特徴とその使い分け。
回答
問５． 遺伝子の変異が蛋白質の構造にどういう変化を与えているかを予測したいが、SGIのようないいサーバーでなくても予測することは可能か。現在そのようなソフトのなかでは何が信頼性が高いか。
回答
問６．得られた遺伝子が全長の配列を含んでいるのか、あるいはトランケートしたものであるのか、ORFがオープンである場合には判断に困る時がある。よい判断を与えてくれるようなソフトはないか。
回答
問７．アミノ酸配列を検索して得られた結果をHUGE databaseにあるように色分けしてうまく表示するためにはどうしたらよいか。mviewというソフトがそういう機能があると聞いたが、見やすくするためのパラメーターの設定の仕方
等詳しいところも教えてほしい。
回答
問３３．大規模配列情報の取り扱いに関するノウハウを知りたい。 例えば，コード領域の予測プログラムの種類と信頼度（評価)
回答
問８.新しいソフトやデータベースについての情報はどこのwebが充実していて、新しいものが含まれているか。
回答