問１８．生物情報に関して、配列から直ちに出せる統計データベースは限られていて、塩基組成頻度分布、コドン使用頻度、２塩基の並びの頻度、翻訳開始領域の保存配列、等しかない。 生物学サイドから見て一番重要なのは、転写に関係したモチーフだと思うが、現状では、配列をみただけでここから転写が始まるということをすいていすることはできないようである。こうした方面の新しい進歩はないか。
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問１９．大量のESTからコード領域と3'末端の非コード領域を分けて、GC%やCodon Usageを算出する作業を自動化するには？
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問３２．遺伝子のcodon usage と機能との相関を多変量解析で解析したい。
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問２０．Blastの結果で、最も高いHSPの生物が属するタクサを自動的に検索するには 。
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問２１．マウスcDNAをBLASTでホモロジー検索すると、ヒトゲノムプロジェクトの配列と相同性がみられたが、ヒト染色体のどの部分の配列かを知りたい。
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問２２．膜に局在するシロイヌナズナの全ての蛋白質を検索したいがどうすればいいか。
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問２３．私は微生物専門にwet labで働く人間ですが、ゲノム情報の利用、特に微生 物ゲノムに関心をもっています。微生物ゲノム情報との接点は相同性検索が主ですが 、微生物のアイデンティティーを探索する情報として、もっとゲノム情報が利用出来 ないか？と考えています（例えばゲノム情報から、大腸菌とは生物学的にはこんな生 き物だ、ということがいえないか？ということです）。そのためには、個々の遺伝子 の相同性情報だけでなく、正確なORF予測やそのannotationをふまえた上で、機能的 （function）・位置的（position/organisation）な情報についての処理が必要だと思います。このあたり の最新情報と応用の実例について知ることができればと思っています。
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問２４．昨年、線虫の全ゲノムがサイエンス誌に発表されたときに、同時に酵母(S. cerevisiae）の全ゲノムと比較し、さらにweb上でこれらの比較解析結果の情報が簡 単に入手できるようなシステムが構築されている。このような、ゲノムとゲノムをみ ながら、個々の全遺伝子を比較するシステムがあると、ゲノム情報を利用する上で、 本当に助かるのですが。
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問２５．ヒトゲノム配列とcDNA配列をどのように統合データベース化して機能予測等に利用していくか。
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問２６．研究室でかなりの規模の塩基配列を決めることはできるようになってきているが、その先、annotationをつけることはすべて手作業に頼っているのが現状である。 もちろん人の手は絶対に必要であるが、なにかinteractiveに候補をあげてそれを承認していくような形でannotationが作れる方法はないか。多分、大きな研究所ではやっていると思うが、いまや普通のラボでもこうしたことができるようになってきているので、良い考えがあったら教えてほしい。
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問２８．ペプチド配列モチーフのデータベース上に登録されている配列に、登録されている生物種の偏りに起因するバイアスがかかっているかを知りたい。
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問２９．自前で蓄積した配列群（データベース）にたいして、クローンの重複等の検討をしたい。
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問３０．ISやトランスポゾンなどの検索のしかた。
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問３１．繰り返し配列の検索のしかた。
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問３４．ESTs各クローン間においてコンテイグがあるかどうかを見るにはどうしたらよいか？ また、各クローンのデータを整理するのにどのようなソフトが便利か？
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問３５．Affymetrix Gene Chipのデータ解析の手法について、クラスタリングや主成分解析など、どんなアプローチがあるのか知りたい。
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問３６．プロテオーム解析においてパスウエイインフォマティクスは重要な情報を与えてくれるものと考えているが、ヒトのパスウエイ情報は度の程度使えるか？
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