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公開しているDNA配列解析情報データベース

植物ゲノムプロジェクト関係

Eucalyptus camaldulensis Genome Databaseユーカリ(Eucalyptus camaldulensis)のゲノムデータベース。アセンブルにより得られた配列情報(コンティグ、CDS、遺伝子のアミノ酸配列)を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索および相同性検索が可能。
Jatropha Genome Databaseヤトロファ(Jatropha curcas L.)のゲノムデータベース。アセンブルにより得られた配列情報(ゲノム、スキャッフォールド、CDS、アミノ酸配列、GFFファイルなど)を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索、相同性検索が可能。
Lotus japonicus Genome Sequencing Projectマメ科モデル植物ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムデータベース。予測遺伝子に対するキーワード検索が可能。染色体のゲノムブラウザを公開。各染色体におけるクローンリストやMiyakojima MG-20 とGifu B-129のRI ラインのデータを入手可能。
Tomato SBM Databaseナス科モデル植物トマト(Solanum lycopersicum)のゲノムデータベース。Selected BAC Mixture (SBM)のアセンブルにより得られたコンティグやスッキャッフォールド、予測遺伝子、DNAマーカー、3系統の連鎖地図情報を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索や相同性検索が可能。BAC end、CDS、ゲノム配列、アミノ酸配列を公開。

植物 cDNA プロジェクト関係

CloverGardenアカクローバー(Trifolium pratense)とシロクローバー(Trifolium repens)のマーカーデータベース。アカクローバー(Trifolium pratense)については遺伝子地図、マーカー情報、EST情報を公開。EST情報のページでは、uniref100に対する相同性検索の結果を閲覧可能。EST配列の入手が可能。シロクローバー(Trifolium repens)についてはマーカー情報、EST-SSRを公開。キーワード検索も可能。マーカーリストからは、EST-SSRに関する配列情報が入手可能。
クラミドモナス EST Indexクラミドモナス(Chlamydomonas reinhardtii)のEST配列情報データベース。コンセンサス配列、EST配列を公開。相同性検索およびキーワード検索が可能。クローンリクエストのサイトからはクローンの注文が可能。
ミヤコグサ EST Indexミヤコグサ(Lotus japonicus)のEST配列情報データベース。3' ESTのコンセンサス配列およびEST配列を公開。また、相同性検索やキーワード検索、cDNAアレイ情報に対してアクセッション番号やキーワードからの検索が可能。
シロイヌナズナ EST Indexシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)のEST配列情報データベース。5' EST、3' ESTの配列を公開。相同性検索、キーワード検索が可能。
スサビノリ EST Indexスサビノリ(Porphyra yezoensis)のEST配列情報データベース。EST配列を公開。相同性検索、キーワード検索が可能。クローンリクエストのページからはクローンの注文が可能。他のスサビノリの関連データベースへのリンクを公開。
MiBASE Micro-Tom Databaseトマト品種Micro-Tomの果実および葉由来のEST配列情報データベース。Unigene、EST、マーカー、マイクロアレイデータに対する検索が可能。シロイヌナズナとの相同性に基づいたオントロジーや代謝パスウェイの検索が可能。解析に用いたプログラムや関連サイト、論文についての情報を公開。
アカクローバー EST Indexアカクローバー(Trifolium pratense)のEST配列情報データベース。相同性検索とキーワード検索が可能。

DNAマーカー関連

Tomato Marker Databaseトマト(Solanum lycopersicum)のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SNP、EST-SSR、Genome-SSR、Intron-SNP、その他に分類された配列情報が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。3種の連鎖地図情報を公開。
Peanut Marker Databaseラッカセイ(Arachis hypogaea)のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SSRおよび転移因子に関するマーカー配列が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。
Daikon radish (Raphanus sativus) Marker Databaseダイコン(Raphanus sativus)のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SSR、Isozyme marker、Morphological marker、R-EST、RAPD、RFLP、SSR、STSに関する配列情報が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。連鎖地図情報を公開。
Maker DB Glycine max / soybeanダイズ(Glycine max)のマーカーデータベース。連鎖地図からマーカー情報が入手可能。キーワードの入力によるマーカーの検索が可能。

微生物ゲノムプロジェクト関係

CyanoBase藍藻Synechocystis sp. PCC 6803, Anabaena sp. PCC 7120や光合成細菌Chlorobium tepidum TLSなど全39株(2012年現在)についてのゲノムデータベース。各株における遺伝子情報(位置、塩基、アミノ酸配列)やInterProScanによるタンパク質ファミリーに関する情報を公開。各遺伝子についてCyanobaseに登録されている株との相同性検索結果を掲載。
RhizoBase根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099, Bradyrhizobium japonicum USDA110, Sinorhizobium meliloti 1021や近縁種を含む全18株(2012年現在)についてのゲノムデータベース。各株における遺伝子情報(位置、塩基、アミノ酸配列)やInterProScanによるタンパク質ファミリーに関する情報を公開。各遺伝子についてRhizobaseに登録されている株との相同性検索結果を掲載。

植物遺伝情報関係

KATANAシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)遺伝情報統合データベース
KaPPA-Viewシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)代謝パスウェイ解析情報データベース
MiBASE矮性トマト品種マイクロトムのEST、Unigene、マーカー、GOなどのデータベース
KaFTom矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベース
CoP植物の共発現遺伝子ネットワーク解析データベース
RnRシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)培養細胞の制御ネットワーク予測データベース

メタボロームプロジェクト関係

KOMICSメタボローム用に開発したデータベースや解析ツールへのポータル
KomicMarket生体物質のMSスペクトル解析情報データベース
MassBase生体物質のMST情報データベース
MS-MS Fragment Viewerフラボノイド化合物のMS/MSスペクトル情報データベース

ヒト cDNA プロジェクト関係

HUGEヒト長鎖 cDNA (KIAA cDNA) 解析情報データベース
NEDO (Kazusa)ヒト長鎖 cDNA (FLJ cDNA) 解析情報データベース
ROUGEマウス長鎖 cDNA (mKIAA cDNA) 解析情報データベース
CREATE portal"地域結集型共同研究プロジェクトの研究成果へのポータル
InGaP:mKIAA抗体及びmKIAA cDNAマイクロアレイ解析情報 データベース
InCeP:KIAA/mKIAA遺伝子が関連するパスウェーデータベース
KOPヒト蛋白質発現クローン(Flexi ORF clones)データベース

その他一般

Mouse DNA MicroarrayマウスDNAマイクロアレイ 解析情報データベース
DAGViz真核生物ゲノム遺伝子のGO解析データベース

その他

TACWebモデル植物シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)のTAC(The transformation-competent bacterial Artificial Chromosome)ベクターについてのデータベース。TACベクターの一般的な情報、DNAライブラリ、プロトコルを公開。
Codon Usage Database各生物種についてのコドン使用頻度データベース。NCBIのGenbankを元に作成されており、生物種の学名からコドン使用頻度の一覧表を表示。現在、35,799種の生物種、3,027,973種のCDS情報を収録。
KaTomicsDBナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベース。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション(機能性マーカー)、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開。

遺伝解析ソフトウエア

Genotype Matrix MappingGMM Genotype Matrix Mapping:QTL間の相互作用を検出する解析プログラム
Polyansゲル電気泳動イメージから遺伝子型のタイピングを行う画像解析プログラム
KAGIANAシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)共発現遺伝子機能解析プログラム
発表論文の補助的データ

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