植物ゲノムプロジェクト関係
| Eucalyptus camaldulensis Genome Database | ユーカリ（Eucalyptus camaldulensis）のゲノムデータベース。アセンブルにより得られた配列情報（コンティグ、CDS、遺伝子のアミノ酸配列）を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索および相同性検索が可能。 |
| Jatropha Genome Database | ヤトロファ（Jatropha curcas L.）のゲノムデータベース。アセンブルにより得られた配列情報（ゲノム、スキャッフォールド、CDS、アミノ酸配列、GFFファイルなど）を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索、相同性検索が可能。 |
| CloverGarden | アカクローバー(Trifolium pratense)とシロクローバー(Trifolium repens)のマーカーデータベース。アカクローバー(Trifolium pratense)については遺伝子地図、マーカー情報、EST情報を公開。EST情報のページでは、uniref100に対する相同性検索の結果を閲覧可能。EST配列の入手が可能。シロクローバー(Trifolium repens)についてはマーカー情報、EST-SSRを公開。キーワード検索も可能。マーカーリストからは、EST-SSRに関する配列情報が入手可能。 |
| CyanoBase | 藍藻Synechocystis sp. PCC 6803, Anabaena sp. PCC 7120や光合成細菌Chlorobium tepidum TLSなど全39株（2012年現在）についてのゲノムデータベース。各株における遺伝子情報（位置、塩基、アミノ酸配列）やInterProScanによるタンパク質ファミリーに関する情報を公開。各遺伝子についてCyanobaseに登録されている株との相同性検索結果を掲載。 |
| RhizoBase | 根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099, Bradyrhizobium japonicum USDA110, Sinorhizobium meliloti 1021や近縁種を含む全18株（2012年現在）についてのゲノムデータベース。各株における遺伝子情報（位置、塩基、アミノ酸配列）やInterProScanによるタンパク質ファミリーに関する情報を公開。各遺伝子についてRhizobaseに登録されている株との相同性検索結果を掲載。 |
| Lotus japonicus Genome Sequencing Project | マメ科モデル植物ミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムデータベース。予測遺伝子に対するキーワード検索が可能。染色体のゲノムブラウザを公開。各染色体におけるクローンリストやMiyakojima MG-20 とGifu B-129のRI ラインのデータを入手可能。 |
| Tomato SBM Database | ナス科モデル植物トマト（Solanum lycopersicum）のゲノムデータベース。Selected BAC Mixture (SBM)のアセンブルにより得られたコンティグやスッキャッフォールド、予測遺伝子、DNAマーカー、3系統の連鎖地図情報を公開。予測遺伝子に対するキーワード検索や相同性検索が可能。BAC end、CDS、ゲノム配列、アミノ酸配列を公開。 |
| Codon Usage Database | 各生物種についてのコドン使用頻度データベース。NCBIのGenbankを元に作成されており、生物種の学名からコドン使用頻度の一覧表を表示。現在、35,799種の生物種、3,027,973種のCDS情報を収録。 |
| TACWeb | モデル植物シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana)のTAC（The transformation-competent bacterial Artificial Chromosome）ベクターについてのデータベース。TACベクターの一般的な情報、DNAライブラリ、プロトコルを公開。 |
植物 cDNA プロジェクト関係
| クラミドモナス EST Index | クラミドモナス（Chlamydomonas reinhardtii）のEST配列情報データベース。コンセンサス配列、EST配列を公開。相同性検索およびキーワード検索が可能。クローンリクエストのサイトからはクローンの注文が可能。 |
| ミヤコグサ EST Index | ミヤコグサ（Lotus japonicus）のEST配列情報データベース。3' ESTのコンセンサス配列およびEST配列を公開。また、相同性検索やキーワード検索、cDNAアレイ情報に対してアクセッション番号やキーワードからの検索が可能。クローンリクエストのページからはクローンの注文が可能。 |
| シロイヌナズナ EST Index | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）のEST配列情報データベース。5' EST、3' ESTの配列を公開。相同性検索、キーワード検索が可能。クローンリクエストのページからはクローンの注文が可能。 |
| スサビノリ EST Index | スサビノリ（Porphyra yezoensis）のEST配列情報データベース。EST配列を公開。相同性検索、キーワード検索が可能。クローンリクエストのページからはクローンの注文が可能。他のスサビノリの関連データベースへのリンクを公開。 |
| MiBASE Micro-Tom Database | トマト品種Micro-Tomの果実および葉由来のEST配列情報データベース。Unigene、EST、マーカー、マイクロアレイデータに対する検索が可能。シロイヌナズナとの相同性に基づいたオントロジーや代謝パスウェイの検索が可能。解析に用いたプログラムや関連サイト、論文についての情報を公開。 |
| アカクローバー EST Index | アカクローバー（Trifolium pratense）のEST配列情報データベース。相同性検索とキーワード検索が可能。クローンリクエストのサイトからはクローンの注文が可能。 |
| シロクローバー EST Index | シロクローバー（Trifolium repens）のEST配列情報データベース。相同性検索とキーワード検索が可能。クローンリクエストのサイトからはクローンの注文が可能。 |
マーカー関連
| Tomato Marker Database | トマト（Solanum lycopersicum）のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SNP、EST-SSR、Genome-SSR、Intron-SNP、その他に分類された配列情報が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。3種の連鎖地図情報を公開。 |
| Peanut Marker Database | ラッカセイ（Arachis hypogaea）のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SSRおよび転移因子に関するマーカー配列が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。 |
| Daikon radish (Raphanus sativus) Marker Database | ダイコン（Raphanus sativus）のマーカーデータベース。マーカーリストからは、EST-SSR、Isozyme marker、Morphological marker、R-EST、RAPD、RFLP、SSR、STSに関する配列情報が入手可能。キーワード検索によりサイト内の全マーカーを対象とした検索が可能。連鎖地図情報を公開。 |
| Maker DB Glycine max / soybean | ダイズ（Glycine max）のマーカーデータベース。連鎖地図からマーカー情報が入手可能。キーワードの入力によるマーカーの検索が可能。 |
植物遺伝情報関係
| KATANA | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）遺伝情報統合データベース |
| KaPPA-View | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）代謝パスウェイ解析情報データベース |
| MiBASE | 矮性トマト品種マイクロトムのEST、Unigene、マーカー、GOなどのデータベース |
| KaFTom | 矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベース |
| CoP | 植物の共発現遺伝子ネットワーク解析データベース |
| RnR | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）培養細胞の制御ネットワーク予測データベース |
メタボロームプロジェクト関係
ヒト cDNA プロジェクト関係
| HUGE | ヒト長鎖 cDNA (KIAA cDNA) 解析情報データベース |
| NEDO (Kazusa) | ヒト長鎖 cDNA (FLJ cDNA) 解析情報データベース |
| ROUGE | マウス長鎖 cDNA (mKIAA cDNA) 解析情報データベース |
| CREATE portal | "地域結集型共同研究プロジェクトの研究成果へのポータル
InGaP:mKIAA抗体及びmKIAA cDNAマイクロアレイ解析情報 データベース
InCeP:KIAA/mKIAA遺伝子が関連するパスウェーデータベース |
| KOP | ヒト蛋白質発現クローン（Flexi ORF clones）データベース |
その他一般
遺伝解析ソフトウエア
発表論文の補助的データ
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