# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf06513.fasta.huge -Q ../query/KIAA2036.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2036, 1322 aa vs ./tmplib.25089 library 1986183 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3872+/-0.0104; mu= -7.1463+/- 0.705 mean_var=433.2540+/-102.170, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061617 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0816 ( 1950 res) af09475 (1950) 553 64.9 1.5e-10 KIAA1965 ( 565 res) pj02601 ( 565) 458 55.8 2.4e-08 KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524) 349 46.7 3.7e-05 KIAA0149 ( 830 res) ha01221 ( 830) 313 43.2 0.00023 KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202) 311 43.2 0.00033 KIAA1777 ( 954 res) fh19201x1 ( 954) 296 41.7 0.00071 KIAA1455 ( 2450 res) ef02451 (2450) 266 39.5 0.0083 >>KIAA0816 ( 1950 res) af09475 (1950 aa) initn: 672 init1: 237 opt: 553 Z-score: 281.3 bits: 64.9 E(): 1.5e-10 Smith-Waterman score: 776; 37.101% identity (57.971% similar) in 345 aa overlap (203-523:54-393) 180 190 200 210 220 KIAA20 TCPPTCHEQHPEPGWHCQVVACVEGCFCPEGTLLHGGA-CLEP-ASCP-CEWGRNSFPPG :.:: :. : . :: : : ::. : KIAA08 TLRGLLRRAVRREPAGPRASGAGGTMRRQWGALLLGALLCAHGLASSPECACGRSHF--- 30 40 50 60 70 80 230 240 250 260 270 280 KIAA20 SVLQKDCGNCTCQEGQWHCGGD---GGHCEE---LVPACAEGEALCQENGHCVPHGWLCD . . :.::: .::.: :: : : .: ..:.:. . : .::.:. ..:.:: KIAA08 TCAVSALGECTCIPAQWQCDGDNDCGDHSDEDGCILPTCSPLDFHC-DNGKCIRRSWVCD 90 100 110 120 130 290 300 310 320 330 340 KIAA20 NQDDCGDGSDEEGCAAPGCGEGQMTCSSGHCLPLALLCDRQDDCGDGTDEPS--YPCPQG ...:: : :::. : : : .. :..:.:. :: ..::::..:: : . 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KIAA01 GPECQQ---QCECVRGRCSAASGECTCPPGFRGARCELPCPAGSHGVQCAH--SCGRCKH 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 KIAA20 EEGCAAPGCGEGQMTCSSGHCLPLALLCDRQDDCGDGTDEPSYPCPQGLLACADGR-CLP .: :. : : .: : : : . :. : :: : : : : :. : : KIAA01 NEPCS-PDTG----SCES--CEPGWNGTQCQQPCLPGTFGES--CEQQCPHCRHGEACEP 280 290 300 310 320 360 370 380 390 KIAA20 PALLCD----G--HPDCLDAADE----ESCLGQV--TCVPGEVSCVDGTCLGAIQLCD-G . :. : : : : :.: :.. ::: : . : : :. :. : KIAA01 DTGHCQRCDPGWLGPRCEDPCPTGTFGEDC-GSTCPTCVQGSCDTVTGDCV-----CSAG 330 340 350 360 370 400 410 420 430 440 450 KIAA20 VW------DCPDG--ADEGPGHCPLPSLPTPPASTLPGPSPGSLDTASSPLASASPAPPC : .:: : ... : : :.: :. :: ::: : .: .: KIAA01 YWGPSCNASCPAGFHGNNCSVPCECPEGLCHPVSGSCQPGSGSRDTA---LIVGSLVPLL 380 390 400 410 420 430 460 470 480 KIAA20 GPFE-FRCGSGEC-TPRGWRCDQE-EDCADGSDER----------GCGGPC--------- : . : . : .::. :. .: : : . : :: KIAA01 LLFLGLACCACCCWAPRSDLKDRPARDGATVSRMKLQVWGTLTSLGSTLPCRSLSSHKLP 440 450 460 470 480 490 490 500 510 520 530 KIAA20 ---APHHAPCARGPHC-VSPEQLC----DGVRQCPDG--SDEGPDACVEAPAPPAMRGPP . :: : . : . : . :. . :.. .:: : :: : .: : KIAA01 WVTVSHHDPEVPFNHSFIEPPSAGWATDDSFSSDPESGEADEVPAYCV--PPQEGMV-PV 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 KIAA20 GQAGGPTSSRAPS--PP----SPPEAQGEGRKGQERSRTHLTVPAGSTQLPLCPGLFPCG .:::. .: : . :: : : : . . . .: .. :. : . : KIAA01 AQAGSSEASLAAGAFPPPEDASTPFAIPRTSSLARAKRPSVSFAEGTKFAP--QSRRSSG 550 560 570 580 590 600 600 610 620 630 640 650 KIAA20 VAPGLCLTPEQLCDGIPDCPQGEDELDCGGLPALGGPNRTGLP--CPEYTCPNGTCIGFQ . :..: : . :.:.. . ::... : : . :. . : . KIAA01 ELSSPLRKPKRLSRGAQSGPEGREAEES------TGPDEAEAPESFPAAASPGDSATGHR 610 620 630 640 650 660 660 670 680 690 700 710 KIAA20 LVRVGVGGGGGSAMLPPSTRALTPLPPQVCDGQPDCGRPGQVGPSPEEQGCGAWGPWSPW .: KIAA01 WPPLGSRTVAEHVEAIEGSVQESSGPVTTIYMLAGKPRGSEGPVRSVFRHFGSFQKGQAE 670 680 690 700 710 720 >>KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202 aa) initn: 407 init1: 130 opt: 311 Z-score: 167.5 bits: 43.2 E(): 0.00033 Smith-Waterman score: 480; 25.939% identity (47.227% similar) in 559 aa overlap (681-1191:690-1196) 660 670 680 690 700 KIAA20 QLVRVGVGGGGGSAMLPPSTRALTPLPPQVCDG-QPDCGRPGQVGPSPEEQGC---GAWG ::. .: :: .::. . .: ::: KIAA14 DGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWT 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 KIAA20 PWSPWGPCSRTCGPWGQGRSRRCS-PLGLLVLQNCPGPEHQSQAC-FTAACPVDGEWSTW ::: :. :: .:: : :.: :: : . : : .. . : .. ::: :..: KIAA14 PWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASW 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 KIAA20 SPWSVCSEPCRGTM-TRQRQCHSPQNGGRTCAALPGGLHSTRQTKPCPQDGCPNATCSGE . :: :: : : : .:.: :.. : .: : :. . : : .:::.. . 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